中醫思想至《黃帝內經》的玄學化和金元以降的尊經崇古的兩次劇變，基本奠定了格局，就是玄學和崇古。更直白的說，是極度害怕變革心態下的"維穩"，穩定壓倒一切。陰陽五行，五運六氣，歷三千年而不動搖。然而，外來醫學的衝擊一浪更比一浪高，至明清達於極點，穩態終於不可能繼續，遂引發第三次思想劇變。
清以前，外來醫學的影響微乎其微，主要體現在“技”的層面。古印度和阿拉伯醫學的藥物早在漢代就大量傳入中土，外科手術尤為引人注目，華佗是其代表。古印度醫學的外科異常發達，據大歷史學家陳寅恪考證，華佗及其事蹟就是印度佛經故事結合中土實際而糅合的產物。甚至有印度眼科醫生來華執業，唐劉禹錫《贈眼醫婆羅門詩》說明了這一情況：“三秋傷望眼，終日哭途窮。兩目今先暗，中年似老翁。看朱漸成碧，羞日不禁風。師有金篦術，如何為發矇。”所謂“金篦術”就是“金針撥障術”，影響悠久。杜甫《秋日夔府詠懷奉寄鄭監李賓客一百韻》：“金篦空刮眼，鏡象未離銓。”《二十年目睹之怪現狀》：“只為金篦能刮眼，更將玉尺付君身。”清程杏軒《醫述》：“丹溪立相火之論...至慎柔，乃集先賢之法，以虛損、勞瘵分為兩門，而金篦家始煌然添一炬矣。”一直到解放後，據說毛澤東主席的白內障還是“金針撥障術”給治好的。
儘管如此，“技”層面的影響不動中醫之根本，儘可以拿來；“道”，即理論的影響則不然。 與中醫理論根本的陰陽五行學說相似，古希臘有四元素（氣火土水）四體液（血、粘液、黃疸、黑膽）說，古印度有“四大”（風火地水）說，均曾傳入中國。
南朝陶弘景《肘後百一方》：“佛經雲，人用四大成身，一大輒有一百一病。”唐孫思邈《備急千金要方》：“經說：地水火風，和合成人。”唐王燾《外臺秘要》：“身者，四大所成也。地水火風，陰陽氣候，以成人身八尺之體，骨肉肌膚，塊然而處，是地大也；血淚膏涕，津潤之處，是水大也：生氣溫暖，是火大也；舉動行來，屈伸挽仰，喘息視暝，是風大也。四種假合，以成人身。”這些佛醫學的理論和“五行（金木水火土）”學說有很多矛盾處，但古代中醫拿來直接用，並不覺得有何問題。
清初王宏翰《醫學原始》中採納了古西醫的“三魂說”（草木之生魂，禽獸之覺魂，人類之靈魂），更試圖把四元素四體液說和中醫五行五臟學說相結合：氣、火、土、水對應肺、心、脾、肝腎。把肝腎併為一個以對應水，正如中醫於四季中別出一個長夏以對應土，都 是生硬的為了對應而對應，是拍腦袋的產物。王宏翰的“四行四液五臟相屬論”矛盾百出，最後仍然不得不回到陰陽五行。
無論“四大”還是“四行”，與“五行”都是兄弟，貌離神合，沒人當他一回事，影響非常微弱。三千年歷史上，真正試圖中西醫根本理論“結合”的僅王宏翰一人而已。
直到以維薩里解剖學為代表的現代科學醫學傳入中國後，才掀起了驚濤駭浪。科學醫學的實質與傳統醫學的根本是對立的，一個實證，一個玄想。“實證”註定是“玄想”的敵人，前者必欲滅後者而後快。
以維薩里為代表的現代解剖學早在明末就傳入中國了。最早有二書，《人身說概》和《人身圖說》，隻影響少數醫家。如清溫病四大家之集大成者王士雄，一家四代均受《說概》和《圖說》的影響，甚而因此懷疑中醫臟腑學說。如王士雄之父王大昌說：“人身經絡臟腑，雖靈樞素問言之鑿鑿，然上古聖人...不過以天縱英明，推測其理而已...若非泰西之書入於中國，則臟腑真形，雖飲上池水者，亦未曾洞見也。”這樣對黃帝岐伯扁鵲的暗諷極為罕見，只有王清任的直接痛詆可堪匹敵：“嘗閱古人臟腑論，及所繪之圖，立言處處自相矛盾...自恨著書不明贓腑，豈不是痴人說夢；治病不明贓腑，何異於盲子夜行！...其言彷佛似真，其實臟腑未見，以無憑之談，作欺人之事，利己不過虛名，損人卻屬實禍。竊財猶謂之盜，偷名豈不為賊！千百年後豈無知者！”
自然，相反的反應更多。嘉慶道光年間的大學者俞正燮讀了《說概》和《圖說》後大不以為然，認為是中西人體的臟腑長得不一樣之故。他認為，中國人肝在左邊，洋人肝在右邊；中國人兩個睪丸，洋人四個睪丸等等。一直到晚晴，葉德輝還認為：“西人之論胞胎也，謂兒在母腹其足向天，其頭向地……中國則自生民以來，男女向背端坐腹中……是知華夷之辯，即有先天人禽之分。”這些可笑之論並非因為愚昧，相反是太“聰明”了，聰明到完全憑想象就可以產生各種理論，不需要任何實際的觀察和實驗；胎兒是不是頭向下，問問接生婆有那麼難嗎？中醫的問題正在這裡，所有的理論都不需要觀察和實證。
然而到了晚清，西醫已經發生了脫胎換骨天翻地覆的變化，不但理論完全與自然科學融為一體，實際醫療成就（尤其在傳染病領域）也前無古人；中醫瞠乎其後。尤在鴉片戰爭、甲午戰爭之後，洋務、維新、革命風起雲湧，如俞正燮和葉德輝般的愚蠢解釋固然無濟於事，繼續漠視也已不可能。一大批中西醫匯通、中西醫折衷學派應運而生，如唐容川、羅定昌、朱沛文、陳定泰、唐宗海、張錫純等等。他們高唱“中華儒者精於窮理”“西洋智士長於格物”“各有是非、不能偏主”等等論調，這是中國知識分子最擅長的“中庸”之道。
可惜，中庸之道也無濟於事！中國已經出現了一批精通現代醫學的大家，他們的存在已不容匯通和折衷的餘地。
1910年，東北大鼠疫對中西醫是前所未有的具有特別意義的實戰考試。歷史上，傳染病是人類也是中醫的主要“敵人”。中醫對傳染病的理論從《傷寒論》到金元四家，尤其再到清代溫病學，可以說已經達於中醫自認為的“至矣盡矣,蔑以加矣”的境界。以至於直到今天，中醫對清溫病學仍然極其自信。著名國醫大師鄧鐵濤曾經宣稱：“中醫不怕流感，早在1700年前的漢代張仲景已留給我們有效的學術與經驗，加上明清醫學家的研究成果，我們胸有成竹!”事實上，面對非典、甲流、H7N9、中東呼吸綜合症、埃博拉等等新型傳染病，今天的中醫確實還在沿用溫病學說來解決。不同的是，1910年的東北大鼠疫是傳染性極烈的肺鼠疫，死亡率接近100%，混是混不過去的。實戰考試結果讓中醫極其難堪：中醫在這場“溫病”面前不堪一擊，清政府不得不任命年僅31歲的劍橋醫學博士伍連德擔當重任。伍連德帶著從全國各地召集來的可憐兮兮的30個西醫，運用當時世界上最先進的傳染病和公共衛生防疫理論，硬是控制住了鼠疫，為中國贏得史無前例的世界性科學榮譽。這場戰役中醫務人員的傷亡數據令人尋味，西醫49名（包括醫學生）只殉職2名，殉職率4.1%；中醫近200名，殉職高達80名左右，殉職率40%以上。中醫群體死亡率之所以比西醫甚至其他雜役都高得多，主要是因為他們的信仰。他們相信的是傷寒溫病學說，是“正氣存內，邪不可幹”；結果，他們正氣凜然的不戴口罩，然後就被細菌“幹”了。這場考試顯示了極其顯著的差異，其所帶來的影響也極為深遠，因為大家都看到了。但中醫仍然若無其事的存在著。
於是，餘雲岫出現了。餘雲岫（1879～1954）和伍連德一樣，他們本是中國近代醫學史上最耀眼的巨星，卻長期以來被刻意的遺忘了。餘雲岫27歲赴日本留學,學體育和物理3年後入大阪醫科大學預科。期間1911年辛亥革命，餘雲岫一腔熱血，不惜休學回國參加戰場救護工作。回國前做餞別詩曰：“一身歸國知悲憤，萬死投艱在倔強。少別群公休悵悵，男兒事業本沙場。”這首詩是他一生的寫照，他畢生的事業就是戰鬥在反中醫的“沙場”上。回國5個月後返回日本繼續醫學修業，到1916年38歲時歸國。1917年即出版批中醫的獨一無二之經典《靈素商兌》。與自俞樾《廢醫論》以來的眾多中醫批評相比，《靈素商兌》是真正刺入心臟的匕首投槍，因為其作者餘雲岫是受過嚴格專業訓練的職業殺手。從求學經歷可知，餘雲岫讀了3年物理，8年醫科，加上又精通傳統文化和中醫，可謂內外兼修中西合璧的絕頂高手。《黃帝內經》是中醫的根本，尤其自金元以來，更被視為千秋萬代不可逾越的頂峰。因此，餘雲岫出手就直掏肺腑，把《黃帝內經》批了個稀巴爛。他的目的非常赤裸裸，就是“發《靈樞素問》之謬誤也！...擷其重要而尚為舊醫稱說之中堅者，而摧之也...《靈素》之惑人，兩千餘年於茲矣！...乃醫學之大魔障也。...吾輩以活人仁人為術，急起直追，斬艾餘孽，使群趨實學，勿為空論，以登斯民於壽域，天職也，義務也，仁術也。”“不殲《內經》，無以絕其禍根!”在這部奇書中，餘雲岫系統批駁了陰陽五行、臟腑解剖及生理、十二經脈和切脈、病原及病理等等基本理論。這種批評與《醫林改錯》有本質的不同，其所依靠的是強大的現代醫學之必殺技。比如十二經脈，餘雲岫以現代解剖學的精準知識一一予以揭示批駁，如“‘大腸手陽明之脈，起於大指次指之端，……入缺盆，絡肺、下膈、屬大腸，其支者，從缺盆上頸貫頰，入下齒中，還出挾口，交人中，……上挾鼻孔。’次指之端者，肺經之所終，而以大腸經承接之也。凡動脈無逆流而上者，其誤一也。肺部動脈，無自缺盆來者，自缺盆來，惟乳動脈，其誤二也。齒中動脈，皆發自頸動脈，與肺者無關，其誤三也。人中之動脈，雖亦從頸動脈來，而與齒動脈不同枝，非由齒而還走也，其誤四也。”可以想象，習慣於引經據典說文解字的中醫面對這樣的批評會是怎樣的瞠目結舌。
《靈素商兌》出版後，餘雲岫每天閱讀中醫典籍，磨刀霍霍，等待著中醫界的反擊；中醫界卻彷彿被打蒙了，完全無力還擊。這就像令狐沖連出四十餘劍，黑白子一招也還不了。一直等到六七年後，惲鉄樵才勉力還上一招。
惲鉄樵(1878年～1935年) 大餘雲岫一歲，中過秀才，專業是外語和文學，曾任商務印書館編譯和《小說月報》主編，純文科生。因為一連三個兒子死於中醫之手，惲鉄樵在38歲時憤而棄文學醫。惲鉄樵的學醫經歷與很多中醫大師類似，如金元四大家之劉完素、朱震亨和李杲均是因為母病而學醫。惲鉄樵學醫的方式與餘雲岫完全不同，他是從書本而學的醫，沒有物理化學等自然科學的基礎，更沒有解剖生理的實驗經歷；有的是絕頂的“聰明”和“悟性”。1922年，惲鉄樵發表《群經見智錄》，代表中醫界首次回應《靈素商兌》。沒有讀過醫科大學基礎課的惲鉄樵非常聰明，他不是正面迎戰，而是施展乾坤大挪移神功，轉移敵人攻擊的目標。
這一招高，真是高，簡直是太高了！這一招導致中醫思想的第三次劇變，從此徹底改變了中醫應對西醫質疑的戰略方向。
這一招就是把中醫臟腑虛擬化，概念化，符號化，去解剖化，去實體化。即著名的論斷“內經之五臟非血肉之五臟，乃四時的五臟”。意思是說，我大中醫的五臟根本就不是血肉實體意義上的器官，而只是功能符號，你西醫的解剖再精細再準確，也證明不了中醫臟腑的錯。
餘雲岫寂寞的等待了太久，“望之如空谷足音，求之而唯恐不得”，等來的卻是這樣一個荒謬的狡辯，但他仍然一本正經的回招。針對惲氏《群經見智錄》中大談五行甲子，餘雲岫以博大精深的現代天文學進行抽絲剝繭般的批駁，如不惜濃墨重彩論證惲氏論點“三百六十日為一氣候年”的荒謬。惲鉄樵看了不得不歎服“尊論推步之學，淵博浩瀚，以弟譾陋，不足為旗鼓相當之辯論。”承認“弟固知中國前此推步之學，已為陳跡，若欲求氣運之真相，非攻治近頃天文學不可。”然而，他還是堅持“至於四時的五臟，實有至理。”到底有什麼至理，只可意會，只可意會。
而餘雲岫不依不饒招招見血封喉：“今以《內經》之五臟與解剖之五臟相較，謬誤昭然，不可為諱。不得已乃造一四時氣化的五臟之說，以掩其非。然則《內經》所論之人，將非血肉之人，而為四時氣化之人？所論之病，將非血肉之病，而為四時氣化之病乎？......閣下苦心為之解脫，以為其五行甲子之說持之有效......夫解剖二字，出於《靈樞》，骨度、脈度非空想所能虛構，肝肺青白非目睹不能實指，古人何嘗專憑五行甲子，以虛造四時氣化之五臟，而不從事於血肉之研究乎？”面對餘雲岫的凌厲攻擊，惲鉄樵幾乎丟盔卸甲，回信中甚至說出近乎投降的話來：“總之中醫若廢，亦需經過一番討論也。”醫學史裡惲鉄樵大獲全勝的真相原來是如此這般。
惲鉄樵後又寫出《傷寒論研究》，進一步發揚臟腑虛擬精神，把六經六氣都虛擬化。而餘雲岫也不厭煩的一條條批駁，直指其說“得讀《內經》若和尚參禪大徹悟，皆誇大欺人語，真堪令人絕倒！”“惲氏自此入魔障矣。”“假古人之名，以逞一己之私說而已，對於古人何嘗有忠實尊崇之意哉？”餘雲岫可能沒有想到，“自此入魔障”的並不是惲氏一人而已，而是整個的中醫界。
中醫界整體，從惲鉄樵以後，虛上加虛，把幾乎一切人體結構都虛擬化了。五臟是虛擬的，六腑何嘗不是，不然“膽主決斷”何以立足？經絡是虛擬的，氣血又何嘗不是，不然周天如何循環？六淫是虛擬的，痰飲何嘗不是，不然怎樣“痰蒙心竅”？
為什麼現代中醫不惜背叛祖宗，也要跟著惲鉄樵，集體認定去解剖化的臟腑乃至一切人體結構？無他，逃避科學檢驗耳！惲鉄樵以後，中醫不單于病因病理是玄學，即人體自身結構也是玄學的。現代科學再發達，總無法檢驗玄學吧。
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