雛形
明朝最初沿襲元朝制度，設立中書省，置左、右丞相。 洪武十三年（1380年），胡惟庸案之後，明太祖朱元璋廢除了中書省和宰相，分中書省之權歸於六部。原中書省官屬盡革，惟存中書舍人。同年九月，朱元璋設置四輔官，以儒士王本等為之。從明代起，由皇帝直接掌管六部百司的政務，實際上等於兼任宰相，把君主專制擴大到了頂峰。 洪武十五年，再次撤銷，而仿照宋朝制度，設置華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，其中禮部尚書邵質、檢討吳伯宗、翰林學士宋訥、典籍吳沉分別為四處大學士。 之後，又置文華殿大學士，徵耆儒鮑恂、餘詮、張長年等人擔任，以輔導太子，品秩為正五品，其主要權力只是顧問。這就是內閣的雛形。
成立
建文年間，改大學士為學士，悉數罷免大學士，各設學士一人。此後改謹身殿為正心殿，設正心殿學士。 大明永樂帝雖有洪武帝一樣獨攬大權的雄才偉略，但一次又一次的御駕親征讓他不能真正意義上地總攬政事，於是一個幫助皇帝的“助手”機構——內閣應運而生。明成祖即位後，特派解縉、胡廣、楊榮等入午門值文淵閣，參預機務，稱為內閣。內閣制度至此建立。 過去，宰相擁有決策權、議政權和行政權，明成祖成立內閣以後，把原來宰相擁有的決策權牢牢把持在自己手中，議政權分給內閣，行政權分給六部。地方上分三司，分管司法、軍事、行政，直接對六部負責。 在明成祖掌控之下，內閣與六部各司其職，國家最高行政命令從紫禁城發出，通過全國1936處驛站，全長143700公里的驛道，層層下發到帝國每一個角落。 然而，“閣臣之預務自此始，然其時，入內閣者皆編、檢、講讀之官，不置官屬，不得專制諸司。諸司奏事，亦不得相關白。”也就是說：內閣此時仍然只是皇帝的私人秘書，不是權力機構。
發展
永樂中期以後，內閣職權漸重，兼管六部尚書，成為皇帝的最高幕僚和決策機構。 後明宣宗朱瞻基時期，權力開始上升（三楊輔政），形成了更為完善的政務流程：全國大大小小的奏章，甚至老百姓給皇帝提出的建議，都由通政使司彙總，司禮監呈報皇帝過目，再交到內閣，內閣負責草擬處理意見，再由司禮監把意見呈報皇上批准，最後由六科校對下發。 1425仁宗朱高熾時，明仁宗因楊士奇、楊榮等為東宮舊臣，升楊士奇為禮部侍郎兼華蓋殿大學士，楊榮為太常卿兼謹身殿大學士，之後楊士奇、楊榮等人均兼有尚書職位，雖然身居內閣，其頭銜均以尚書為尊。。自此，內閣權力加重，逐漸受到重視。 明代宗朱祁鈺的景泰年間，王文以左都御史進吏部尚書後進入內閣，自後後，誥敕房、制敕房俱設中書舍人，六部承奉意旨，內閣權力更大。 雖有明英宗朱祁鎮的正統末年的反覆，可到成化年、弘治之際，內閣在已經成為足以對抗皇權的文官政府代表。 正德年間，明武宗朱厚照所行之事被認為多荒謬不經。可也有有楊廷和等閣老撐著，未成大亂。 明世宗朱厚璁的嘉靖時，改華蓋殿為中極殿，謹身殿為建極殿，將大學士的朝位班次，列在六部尚書之前，地位大大提高。明代之內閣大學士雖無宰相之名，實有宰相之權。到嘉靖二十一年，權臣嚴嵩任武英殿大學士後，專擅朝政二十餘年，內閣的權力已經完全與從前的宰相一樣了。
頂峰
經過嘉靖、隆慶的發展，萬曆早期應該是內閣權力極盛的時期，張居正改革讓內閣成為政府運轉的中樞，張居正的實際上已經接近於現代首相的地位。
運作方式
內閣大臣的建議是寫在一張紙上，貼在奏章上面，這叫做“票擬”。而皇帝用紅字做批示，稱為“批紅”。按照規定，皇帝僅僅批寫幾本，大多數的“批紅”由司禮監的太監按照皇帝的意思代筆。以往，按大明祖制，太監讀書識字是被嚴令禁止的。大明宣宗不僅改了這個規矩，而且在他的鼓勵下，宮裡還成立了專門的太監學堂。後人猜測：明宣宗這一做法，其目的就是讓太監牽制內閣的權力。久而久之，一種奇怪的政治格局出現了。 我們發現明朝內廷、外廷的機構完全對稱。外有內閣，內有司禮監，外有三法司，內有東廠、錦衣衛，外廷有派往地方的總督、巡撫，而內廷派往地方的也有鎮守太監、守備太監等等。這樣，內廷、外廷相互制約，才能確保皇帝的決策地位。但是，這也造成了內外兩大政治勢力的爭權奪利。 北京紫禁城東部的這片建築在大明朝叫做文淵閣。明朝的內閣就設在這裡。在明朝萬曆年間，內閣首輔張居正讓這個紫禁城裡最不起眼的房子成為聲名顯赫的所在。在文淵閣辦公的內閣成為實際上的政務決策者。 表面上，例行的政務流程似乎並沒有改變，但決策權卻出現了轉移。張居正做到這點，理由是： 首先，當時的大明萬曆皇帝還是個孩子，張居正身為皇帝的老師，很容易影響皇帝的決策。 再者，萬曆帝的“批紅”是在司禮監馮保指導下完成，而馮保跟張居正關係密切。 內閣首相張居正把自己的意見授意他人，寫成奏章，再由自己“票擬”贊同。幼年皇帝的批紅自然毫無問題。 結果 就這樣，大臣的“奏章”，閣臣的“票擬”，皇帝的 “批紅”，由內閣首輔張居正一手操控，達到空前一致。他的新政也就毫無障礙地順利推進。其實張居正的新政推行的並不是十分順利，改革必定面臨利益衝突的爭鬥，而張本人、馮保、萬曆（實際上是萬曆生母）三個權力體系代表者協作，尤其是萬曆年幼，馮保、張居正素有交情，二人不對峙，使得張居正掌閣初期擁有絕對的權力，可是萬曆成人之後，情況則有了變化。 自明朝初期以來，明朝的政務中心就在紫禁城這幾個地方轉換，權力的交替，左右著明朝的國運。宮闈重重之中、爭權奪權的陰謀時有發生。 通過明朝幾代皇帝的努力，明朝曾經形成了一套完整的內閣政務體系，它在權力平衡方面堪稱完善。
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