公元前20世紀前後，閃米特族的迦南人定居在巴勒斯坦的沿海和平原。
公元前13世紀末希伯來人各部落遷入定居。
公元前11世紀猶太人建立希伯來王國，後亞述、巴比倫、波斯等外族都曾佔領巴勒斯坦。
公元前1世紀羅馬共和國侵入，絕大部分猶太人流亡世界各地。
公元7世紀成為阿拉伯帝國的一部分。阿拉伯人不斷移入，並和當地土著居民同化，逐步形成了現代巴勒斯坦阿拉伯人。
1099年十字軍攻陷耶路撒冷建國，由封建領主建立起來的法蘭克式的封建國家。
1174年著名的耶路撒冷傳奇國王，鮑德溫四世即位，後於1185年因麻風病英年早逝，年僅24歲。
1187年9月2日，在薩拉丁的進攻下，耶路撒冷守軍投降，薩拉丁選在登霄節這一天進入耶路撒冷，以紀念先知穆罕默德在耶路撒冷登霄。
二戰後，猶太人大量從其他地區遷入，同時驅逐巴勒斯坦人，改變了當地的人口成分。 1948年以前，耶路撒冷主要是巴勒斯坦人為主，城市也由巴勒斯坦人所控制。隨後幾年裡英國開始資助猶太人向巴勒斯坦移民，耶路撒冷的猶太人數量開始增加。 1948年，巴以分治，耶路撒冷劃到巴勒斯坦境內。隨後戰爭爆發，以色列入侵併佔領了西耶路撒冷，東耶路撒冷處於約旦的管理之下。以色列定都特拉維夫。
1967年，第三次中東戰爭以色列佔領了整個耶路撒冷，並強迫當地的巴勒斯坦人離開耶路撒冷。
1980年，以色列國會立法確定耶路撒冷是該國“永遠的和不可分割的首都”。但是，除了美國以外沒幾個國家承認耶路撒冷是以色列的首都，認為該市的最終地位尚未確定，有待以色列和巴勒斯坦雙方談判決定。大多數國家都將大使館設在特拉維夫。而1988年巴勒斯坦自治政府也宣佈耶路撒冷將是未來巴勒斯坦國的首都。因此，耶路撒冷仍然是巴以衝突的中心。
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