回軍自同、西二府失敗以後，分兩路撤退，一路經禮泉、乾州而達州；另一路經興平、戶縣而達周至。後一路希望與入陝的太平軍及捻軍聯合，沒有成功。所以最後都到了甘肅隴東的董志原。 同年回民馬佔鰲、馬桂源、馬文祿等各自在甘肅境內起兵，哲合忍耶派教主馬化龍也在金積堡起兵。
陝西回民起義前後，曾派人前往甘肅，聯絡各地回民，共謀起事。等到陝西回民起義發展到陝甘邊境時，甘肅各地回民即紛紛起事響應。在很短時間內，起義就擴展到甘肅全境，當時甘肅管轄現在的寧夏。1862年9月，為了呼應陝西回民，寧夏同心城回民反叛，對寧夏漢人展開了血腥屠亣殺，隨後聯繫哲赫忍耶總教主馬化龍在金積堡反清。1862年，伊斯蘭教哲合忍耶總教主馬化龍，以總大阿訇的身份在寧夏響應陝西回民，寧夏回族殺死地方政府官員，對漢人展開了血腥屠殺。1862年11月，回民軍將領穆生華率部在秦安酸茨坡擊敗清軍，斬秦州知府托克清阿；回族起事後，大量漢族從鄉間逃入有清軍和民團防守的城市逃避殺戮。1863年正月，回軍攻陷固原城，“城內官民男婦共死者二十餘萬人”。馬化龍率部於1863年4月攻克靖遠，殺10萬人；1863年7月，馬化龍詐降清軍，騙開城門克寧夏府、靈州，人口損失140萬。
1863年8月，回軍攻陷平涼府城，“官員死節者百餘，士民死者數十萬”。1863年10月，回軍在寧夏府城屠城，“漢族十餘萬被屠殆盡”。同月馬化龍的回軍進攻靈州城，有城內回族作內應而攻陷靈州城，“屠戮二萬餘人”。同年鞏昌府“城內回族二千餘人，俱為漢族殺盡”。1864年二月，回軍攻陷渭源縣城，“屠毒生靈以數萬計，滿城官員皆死之”。
1864年初，陝西回民軍陸續進入甘肅，甘肅回民起義的聲勢更加壯大。清統治者驚呼：“現在甘肅之平涼、靜寧、隆德、安定（今定西），省南之鞏昌（今隴西）、秦州（今天水市）、伏羌（今甘谷）、清水，省北之寧夏（今寧夏銀川市）、平羅、靈州（今寧夏靈武）、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蟻聚，滋蔓難圖，綿延地方數千裡”。
民族英雄多隆阿戰死後，清軍喪失了主帥，不能銳意西進，減輕了對甘肅回民軍和已經進入甘肅的陝西回民軍的壓力。1864年5月、6月間，清政府調福建水師提督楊嶽斌充任陝甘總督接手鎮壓回亂，此人在中法戰爭中，率湘西苗兵協助左宗棠作戰，每戰必身先士卒。光緒年間，時任陝甘總督楊嶽斌奉旨主持臺灣軍務，率水師橫渡臺海，勇猛作戰，擊敗法軍，收復寶島臺灣。這都是後話，以後小編會撰文寫關於他的事。
劉蓉督辦陝西軍務，都興阿督辦甘肅軍務。陝西提督雷正綰幫辦甘肅軍務，率同甘肅提督陶茂林及總兵曹克忠等“專討”甘肅回民軍。
1864年清軍攻陷回民武裝佔領的固原、鹽茶廳（今寧夏海原）、平涼等地，但回軍的實力卻未受到大的損失。陝西、甘肅回民軍互相配合，幾次打敗進剿的清軍。
閱讀更多 日月晨雲 的文章
