前面講拿破崙1813年-1814年的戰績，感覺拿破崙失敗了特別糟心，所以還是說說拿破崙勝利的戰役來開心一下吧。
在奧斯特里茨戰役的慘敗之後，奧地利軍隊的屈服和沙俄軍隊的撤退似乎證實了法國軍隊有無限的才能來履行其指揮官們的指揮權力。
拿破崙一舉廢除了神聖羅馬帝國，取而代之的是一個以法國為導向的萊茵邦聯，並且向巴登、符騰堡和巴伐利亞這樣中等大小的邦國開出價碼，讓他們無法拒絕：在領土上獲得利益並且在法國的保護下享有主權地位。
1806年8月1日神聖羅馬帝國議會宣佈自行解散，8月6日奧地利皇帝弗朗茨二世根據拿破崙的要求，宣佈放棄神聖羅馬帝國皇帝的稱號，使始建於公元962年的神聖羅馬帝國壽終正寢。
耶拿—奧爾施塔特戰役戰前雙方佈局
此期間拿破崙將約瑟夫扶上那不勒斯王位，派路易做荷蘭國王。此舉立即引來英國的極大不滿，眾所周知，光榮革命之後荷蘭執政威廉夫婦成為英國國王和王后，如今拿破崙抄了人家的老窩，刨了人家祖墳，那還不得氣得跳腳。
而神聖羅馬帝國解體，奧地利神聖的哈布斯堡家族在拿破崙面前成為了一個笑話，儘管特拉法爾加海戰讓法國海軍從此陽痿，再也沒有雄起過，但是拿破崙的政治威望依然達到了頂峰。
歐洲大陸此時已經沒有對手，拿破崙將視線轉向了普魯士。
十多年來，普魯士的國家戰略一直是避免與法國開戰，利用其備受推崇的軍隊作為其威懾力量。儘管來自法國和奧地利的壓力巨大，普魯士並未加入第三次反法同盟的行列。作為酬謝，來自法國巴黎方面給出了一項提議：即繼續保持中立，或許能夠得到漢諾威選帝侯國的領土作為回報，而漢諾威選帝侯國自1803年被法軍佔領以來，一直是緊張局勢的根源。
結果，普魯士軍隊沒有遭遇抵抗就進入了漢諾威的領地——恰好就在奧斯特里茨戰役打響並且由此產生範式轉變的數週之前。神聖羅馬帝國即將解體，也引起了北德的政治真空，普魯士無法穩定局勢。
耶拿-奧爾施塔特戰役局勢 1806年
通過一系列的單方談判，此時拿破崙正與沙俄開戰，普魯士不得不為拿破崙提供資源物資，關閉供英國船隻停泊和商品貿易的港口，並交出其東部和北部的領土。
普魯士的最後一根救命稻草，出現在1806年的夏季，當時拿破崙提出恢復漢諾威選帝侯國的主權，以此換取和英國的同盟。儘管在此以前，他已將該地割讓給了普魯士。這種口是心非，兩面三刀的做法在7月底傳到普魯士政府的耳朵裡，於是雙方就勢在必戰了。
同年8月9日，普魯士發佈動員令，普魯士陸軍總數約在二十萬人以上，扣除預備隊和留守兵力之後，餘下的部隊分為三個野戰軍團：第一軍團由不倫瑞克指揮，人數為七萬；第二軍團由霍恩洛赫指揮，人數為五萬；第三軍團由魯赫爾和布呂歇爾指揮，人數為三萬。
為了增強兵力起見，普魯士又與薩克森和赫斯-卡斯-色爾談判同盟條約，前者勉強同意支持普魯士。9月13日，霍恩洛赫到達德累斯頓，於是有兩個師的薩克森軍加入他的軍團，每師一萬人。
而腓特烈•威廉三世國王派遣使者向拿破崙遞交一封書信，信中指出，即使為時已晚，但還是希望在互相尊重的基礎上實現和解，拿破崙認為這封信件是種侮辱，遂將其駁回，並且公然宣佈普魯士的現有形勢將會在一個月之內發生改變。
首先是俄國沙皇拒絕與法國媾和，英俄又同普魯士恢復了談判，瑞典後來也加入了談判。這樣，到了1806年9月，大英帝國、俄羅斯帝國、普魯士王國、瑞典四國組成第四次反法聯盟。
法國此時也在積極備戰當中。當8月份威廉·腓特烈開始動員之際，在貝西埃爾指揮之下（皇帝本人在慕尼黑）的法國大軍團的兵力分佈如下：第一軍20,000人，由貝爾納多特指揮，位於安斯巴赫和紐倫堡；第三軍27,000人，由達武指揮，在諾爾德林根的附近。第四軍32,000人，由蘇爾特指揮，在因河上。第五軍22,000人，由勒菲弗爾指揮，在美因河下游地區。（以後改由蘭納斯指揮。）第六軍20,000人，由內伊指揮，在依里爾河和上多瑙河。第七軍17,000人，由奧熱羅指揮，位置在法蘭克福周圍。老近衛軍和青年衛軍，共16,400人，由歐丁洛特指揮，留駐巴黎，後改由勒菲弗爾指揮。騎兵軍共有28,000人，由繆拉指揮。
1806年9月5日，拿破崙委派路易-亞歷山大•貝爾蒂埃準備一份關於軍隊現狀的報告，並且開始偵察各個區域的道路分佈網情況，並頒發他的第一號作戰命令。
在9月10日，拿破崙向路易-亞歷山大•貝爾蒂埃下達初步命令，在維爾茨堡集結3個軍的兵力，很快便有情報顯示，普魯士的大軍正在向薩克森運動。拿破崙開始向他的部隊指揮官們下達第一道指令，部隊隨時準備開拔，並且配備好野戰司令部。
9月18日，他得知普軍已經於9月13日進入薩克森，認為這就是宣戰的表示，遂於當夜十一點鐘命令近衛軍沿著驛站，從巴黎向馬因斯進發。同時，他又寫了一封長信給他的繼子歐仁親王，命令他注意提防奧地利的動向。歐仁親王此時指揮意大利境內的軍事行動，他所轄的部隊有駐在意大利北部的馬塞納軍，共70,000人，以在達爾馬提亞的馬爾蒙軍，共12,000人。
拿破崙在9月18日和19日，一共口述了一百零二封信件、通信和命令，由他的軍政部長克拉克將軍筆錄。其中最重要的是《有關大軍團集中的一般性指示》----這就是耶拿戰役的基本文件。根據這個文件，大軍團所佔領的位置是這樣的：
第一軍（貝爾納多特）於10月2日佔領紐倫堡。
第三軍（達武）於10月3日佔領班門堡。
第四軍（蘇爾特）於10月4日佔領阿姆堡。
第五軍（勒菲弗爾）於10月3日佔領肯尼斯西芬。
第六軍（內伊）於10月2日佔領安斯巴赫。
第七軍（奧熱羅）於10月2日佔領法蘭克福。
輜重縱隊於10月3日集中在沃爾茲堡。
野戰司令部於10月3日設立在班門堡。
這個命令十分冗長而詳細；它是在9月20日發出，在慕尼黑的貝爾蒂埃於9月24日才收到。
同一天，他在弗蘭德又成立了一個新軍，第八軍，由莫提爾指揮，與路易合作共同擔負據守萊茵河的任務。
9月21日，拿破崙從路易-亞歷山大•貝爾蒂埃處獲悉，普魯士軍隊正在向西南方挺進，橫渡了易北河，在9月24日到25日夜間，在皇后和塔里茲德隨伴下，拿破崙由巴黎向馬因斯進發，並於9月28日抵達。
第二天，他從貝爾蒂埃那裡得知直到9月27日普魯士軍還逗留在埃森拉赫、梅林根和希爾德堡豪森等地附近，所以他有充分時間進入薩克森境內而不會受到嚴重干擾。這也正是拿破崙所希望知道的消息，所以他在9月29日，指示貝爾蒂埃命令貝爾納多特佔領薩克森隘路，勒菲弗爾監視弗爾達道路；因為如果敵人企圖切斷他的交通線，一定會取道弗爾達，然後打擊在沃爾茲堡或馬因斯方向上。
10月7日的黃昏時，大軍團的兵力分佈是這樣的：“在右翼方面，蘇爾特的第四軍在貝勞斯，內伊的第六軍在他後面相隔一天的行軍距離。中央方面，貝爾納多特的第一軍和騎兵預備隊的主力（由繆拉指揮）已經到了克羅拉赫附近，達武的第三軍和近衛軍跟隨其後。左翼方面，拉納的第五軍正接近柯堡，後面跟著的是奧熱羅的第七軍。
10月8日，大軍團越過了薩克森邊界，繆拉的輕騎兵向羅本斯坦和薩爾堡前進，擊退了在他們前面的普軍騎哨。第二天，貝爾納多特的先頭部隊與在希萊茲的託恩欽的薩克森師發生接觸，後者喪失了秩序，向霍恩洛赫的主力所在地米提爾、普爾尼茲退卻。
為了支援託恩欽，霍恩洛赫首先命令越過薩爾河進行全面進攻；接著他又收回命令，可是已經遲了，這使得路易·菲迪南親王無法從薩爾菲爾德撤出。10月10日，他在那裡遭遇拉納的部隊，全軍覆沒，他自己也戰死了。當他戰死的消息傳到了耶拿後，普魯士上下都大為震驚，這種恐怖現象一直蔓延到了魏瑪。
此時，因為害怕敵人的前進，霍恩洛赫已經退向卡拉，而威廉·腓特烈和不倫瑞克則正在擔心他們與易伯河之間的交通線。在獲知路易·菲迪南在薩爾菲爾德失敗的消息後，就決定在魏瑪集中全軍兵力。
霍恩洛赫又從卡拉向耶拿轉進，10月12日，當他的軍隊從耶拿再次撤退時，又發生了另一個恐怖現象，因為拉納的前衛正從南面逼近。此時，在埃爾弗特有謠言說法軍已佔領勞姆堡。等到下午，這個謠言被證實了，普王馬上召開戰爭會議。
這次開會的時間是在10月13日清晨，會議決定取道奧爾施塔特，弗萊堡和梅爾西堡，向易伯河撤退，並且在途中吸收在瑪內的溫森伯格公爵的預備隊約15,000人。
大約在上午十時左右，在霧中，霍恩洛赫聽到從南面傳來槍炮聲，他命令他的步兵預備隊上前接近敵人。當這個命令正在執行時，馬森巴赫單騎趕來，帶來了國王的命令，囑咐霍恩洛赫不要與法軍發生任何激烈的戰鬥，因為他的任務是防守。
對拿破崙而言，真是十分僥倖。因為如果霍恩洛赫前進，並用相當的兵力佔領了南德格拉芬堡，這是一個可以俯瞰耶拿的高原，那麼10月14日的會戰就可能會有完全不同的結果。
10月12日的上午，拿破崙從繆拉方面獲得了普軍並未在吉拉集中的消息；同時從俘虜的口中也得知普王仍留在埃爾弗特，手中尚有二十萬人的兵力。
10月14日上午六時，拿破崙發出攻擊令。在濃霧掩護下，蘇爾特的師從右面進向羅斯維茲；加桑的師從左面進向柯斯佩達。到八點半鐘，這兩個村落連同魯茲羅達，都已落入他們手中。半小時後，在舒切特的右面，蘇爾特的領先師也從羅本斯提德出現，向柴維提勒森林挺進，在那裡面對著霍爾曾多夫。
同時，在加桑的左面，奧熱羅的領先師也取道繆爾沙爾前進，達到弗羅堡，以便展開在加桑師的左面。所以到了大約九點時，當霧開始消蝕時，拿破崙已經使其戰役計劃的第一部分完全實現了：他已經獲得了足夠的空間，可以展開他的兵力。所以他現在決定暫停前進，好讓他的部隊有時間到達他們的指定位置並構成戰線。第六軍已經到了耶拿，因為等得不耐煩和擔心喪失參加會戰的機會，內伊不等命令到達，就先率領了三千精兵趕去助戰。
在遇見託恩欽師的逃兵之後，霍恩洛赫才知道他所面臨的已不僅是一個法軍側衛。他留下三個薩克森旅在重要的魏瑪大路上，命令他們不惜代價死守，接著就命令格拉維爾特將軍率領大部分普魯士步兵，去奪回託恩欽已經丟失的陣地。
為了支援他，又命令狄希爾將軍的薩克森旅跟隨後面前進。他又命令託恩欽的潰兵在後方集合，並補充他們彈藥。在向魯歇爾發出了求救的緊急呼籲之後，他就率領他的騎兵和騎炮兵前進，以掩護格拉維爾特展開。
十點鐘時，霧已經完全消盡了，霍恩洛赫的騎兵共計四十五個中隊，已經接近了費爾曾海里根村，於是分為兩翼，當他們正準備向蘇希特和加桑兩個師的前進散兵群衝鋒時，卻突然遭到一個猛烈的攻擊，而不能不暫停前進。這個攻擊並不是由那兩位法國師長髮動的，而是內伊乘著大霧掩護，已經率領他的三千精兵前進到了拉納和奧熱羅之間，這是連拿破崙也不知道的。不久他就與普魯士騎兵發生了激烈的戰鬥，終於被完全切斷，於是被迫把步兵組成方陣以防止騎兵的衝殺。
此時在南德格拉蘇堡的拿破崙聽到在費爾曾海里根附近突然發生猛烈的槍聲，不禁大感詫異；再等他聽到這是內伊的行動，就更加莫明其妙，因為他還以為內伊仍留在後方。他立即派伯坦德率領兩團騎兵前進----這是他手中僅有的全部騎兵，因為繆拉還沒有趕到----同時他也通知拉納前進。拉納立即照辦，攻下了費爾曾海里根，到達與格拉維爾特戰線對峙的地位，後者正展開在該村北面。
在遭遇到猛烈的排槍火力之後，拉納的部隊就縮了回去，並在房屋和果園中，利用掩護物向普軍還擊，火力非常可怕。霍恩洛赫的幕僚們力勸他命令格拉維爾特發動突擊以奪回村莊，但是他卻不聽，決定等待魯歇爾來到，此時他也已經派馬森巴赫上校，去催促魯歇爾趕緊前進。一個外表極為壯觀的步兵方陣，人數約為兩萬人，在整整兩個小時中，站在開闊地上，暴露在法軍無情的火力之下，而法軍卻都躲在土牆後面，幾乎使他們找不到可以還擊的目標。結果到處死傷枕籍，只有少數還在繼續射擊。
當格拉維爾特的人員正在作無益的犧牲時，拉納和內伊的步兵已經透入了依斯爾斯提特爾森林，切斷了在魏瑪路上的薩克森旅與普軍中央兵力之間的聯繫。為了填塞這個缺口，霍恩洛赫將狄希爾旅以及他手中所控制的若干薩克森預備隊都投了進去。到一點鐘，除託恩欽師的殘部以外，他所有的全部兵力都已列成陣線以等候布呂歇爾到達。
奧熱羅的左翼正在與魏瑪公路上薩克森人交戰，這個地點叫作蝸牛灣----是個一連串的灣道。在右翼方面，蘇爾特的領先師，在聖希萊爾的領導下，除了留下少數部隊監視霍爾曾多夫以外，其餘兵力都向內旋轉以攻擊普軍左翼。此時，繆拉的騎兵也到達近衛軍後方，至於內伊和蘇爾特兩軍的主力也已集中在他們的側翼。所以在大約下午十二點三十分時，除已經交戰的54,000人以外，拿破崙手裡還有42,000人作為預備隊。
拿破崙監視著兩翼方面的發展，當他判斷會戰已經到了最高潮時，就命令全軍前進。他的部隊也都感覺到勝利是已經在掌握之中，於是立即迅速前進，壓迫敵軍向下退走，將他們趕到蘇爾巴赫河谷中。
最後霍恩洛赫承認大勢已去，命令部隊向大小羅門斯提德撤退。可是到了此時，他的人員是已經疲憊不堪，組織瓦解了，所以除了一個薩克森營方陣以外，其餘所有部隊都一鬨而散----他自己也就以那個方陣為避難所。法軍在逐步推進時，到處都可以收容到俘虜，全部炮兵都投降了。
現在只有一件事可以阻止霍恩洛赫軍團的完全毀滅，那就是魯歇爾能在卡普侖多夫與哈米爾斯提德之間的薩爾茨達赫河上構成一個防禦陣地，那麼所有殘部就都可撤到它的後面加以收容重組，然後等到夜間再向後撤。可是事實並不如此，魯歇爾剛一站住腳，就有一支法國輕型炮兵開始在斯普林斯堡的山頭出現，並立即向他們射擊。雖然如此，普軍還是繼續前進，突然，法軍步兵好象蜂群一樣湧來，在炮兵支援下，衝過設伏地，發射強烈的火力。一刻鐘後，法軍騎兵發動衝鋒，普軍就完全崩潰，向魏瑪逃竄。魯歇爾本人也受了致命傷。
因為魯歇爾的潰退如此迅速，所以霍恩洛赫企圖收集他的殘部再去支援他的企圖也完全變成了泡影。於是，他退過了依爾姆河，向薩切豪森和利布斯塔特逃走。此時，薩克森軍在魏瑪公路上進行了非常英勇的戰鬥，拒絕放棄他們的陣地，結果不是被殺就是被俘，沒有一人倖免。
到下午四時，耶拿會戰已經結束，法軍開始追擊。繆拉的騎兵一口氣挺進到了魏瑪，又俘獲數以千計的普軍殘部。那天夜裡，拉納前進到了烏門費爾斯提德，奧熱羅和內伊進了魏瑪，蘇爾特到了士瓦本斯多夫。拿破崙和他的近衛軍又啟程回到耶拿，他深信已經擊敗了普軍主力。
在回程途中，拿破崙首先注意的就是傷員後送問題，直到夜幕低垂之際才回到總部，在那裡發現達武元帥的一位參謀正在那裡等他。參謀向皇帝報告說，第三軍已經單獨擊敗了七萬普軍，地點是在奧爾施塔特附近，率領普軍的主將是普王本人和不倫瑞克。這個消息使拿破崙大吃一驚，他不禁向這個參謀說：“你的元帥一定是把一個人當成兩個人來看的。”但是不久他就搞清了事實，於是對達武和他的部下大加讚揚。
10月15日上午，法軍開始進行歷史上最著名的追擊：繆拉、蘇爾特、內伊和貝爾納多特，分別痛剿敵軍殘部，並消滅其抵抗力；而拿破崙則率領達武、奧熱羅、拉納和近衛軍，沿大路向柏林進發。此外，路易和莫提爾也奉命向希斯進攻。
10月27日，拿破崙以勝利者的姿態進入柏林，雖然和約的條件已經討論並決定了，普魯士王還是接到聖彼德堡送來的一個通告，說如果他仍與俄國保持同盟關係，那麼沙皇就將親率十四萬人來援助他，所以他就拒絕批准和約。
這時，普國境內的要塞，都連續向法軍投降，其中包括著埃爾弗特、普林茲勞、斯潘多、斯特丁、昆士庭、馬德堡和哈米侖等地。11月7日，布呂歇爾也在盧貝克投降了。所以在二十四天之內，普魯士和薩克森的全部軍事力量都已經毀滅殆盡：戰死和負傷者共25,000人，被俘者為100,000人，其餘的兵力也都完全瓦解。法軍所獲得的戰利品更是多得無法計算，單單在柏林就有火炮4,000門，馬20,000匹和槍100,000枝。
這場戰爭普魯士輸的一點都不冤，單從軍事上來說，普魯士備戰期間積極從俄國購買了大量的武器彈藥，但是普魯士的軍隊存在一種很搞笑的狀況，就1806年前的普魯士獵兵（獵兵在所有國家步兵中都屬於射手一類，因而其訓練彈藥供應都是最多的）來說，每年只能拿到足夠射擊九次的火藥，並需要自己提供鉛彈，原因是鉛彈可以重複使用。
而且由於步槍後坐力太大，他們射擊的時候大部分情況都是不抵肩，不瞄準的，跟現在非洲黑叔叔的打法基本類似，中不中全靠信仰。
普魯士步兵
而被尊稱為西方兵聖的普魯士軍事理論家，軍事歷史學家，近代軍事戰略學的奠基人克勞塞維茨也評價過“1806年普魯士步兵的步槍是全歐洲最差的。”
而指揮上的糟糕更是將問題無限放大，普魯士的高級指揮可以說是一個多頭怪物。它的權力分別由不倫瑞克公爵（71歲），霍恩洛赫親王和魯歇爾將軍來掌握。沙恩霍斯特將軍是不倫瑞克的參謀長，而馬森巴赫上校則為霍恩洛赫親王的參謀長。
為了減輕這五個人之間的摩擦，威廉·腓特烈親自擔任名義上的統帥，因為他自己對於戰爭實在是一無所知，所以又選定了八十二歲的莫倫道夫元帥作他的親信顧問，同時又把戰時內閣也帶上了戰場，這個內閣由各部部長和訓練總監組成。因為每個指揮官和顧問都可以向國王提出他自己的計劃，結果就是永遠的爭持不決。
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