察合臺汗國從察合臺時代的領土是西遼舊地，包括天山南、北麓與裕勒都斯河和瑪納斯河流域及今日阿姆河、錫爾河之間的地區。但主要是草原牧場，中亞地區的城市和農業地區卻屬於大汗汗廷直轄。察合臺原本要把汗位傳給自己和父親成吉思汗都十分疼愛的兒子莫阿禿幹。豈料天有不測風雲，在成吉思汗西征花剌子模的時候，年輕的莫阿禿幹立功心切，戰死在範延城下。
1241年，察合臺病故，將汗位傳給莫阿禿幹之子合剌旭烈。除了莫阿禿幹，察合臺還有其他兒子，舍子傳孫是統治者的大忌。結果合剌旭烈只當了五年可汗，在1246年繼位的蒙古帝國第三任大汗貴由便藉口不當舍子傳孫，將他廢黜，改立與自己友善的察合臺第五子也速蒙哥為察合臺汗國之汗。
貴由汗去世後，也速蒙哥與窩闊臺系諸王一起反對選立蒙哥為大汗。這是典型的政治押寶，押中自然會缽滿盆溢，可一旦押錯就會血本無歸。結果，也速蒙哥滿盤皆輸，蒙哥還是成為了新任大汗。剛一即位，便命擁護自己的合剌旭烈回國復位。合剌旭烈在途中病逝，其妻兀魯忽乃回到阿力麻裡，出示大汗詔書，殺也速蒙哥，自任監國。
到忽必烈與阿里不哥爭位之時，兀魯忽乃監國原本冷眼旁觀，結果阿里不哥派阿魯忽回到察合臺汗國，將她囚禁，奪取了汗位。然而阿魯忽可不是個甘居人下，不識大勢的人，當他看到阿里不哥鬥不過忽必烈時，便又倒向忽必烈。這個過程在前文說過，這裡不再贅述。
忽必烈對阿魯忽大加賞賜，阿魯忽也積極對付阿里不哥，弄的阿里不哥顧此失彼，狼狽不堪。不過，阿魯忽不會忠於阿里不哥，卻也不會死心塌地的忠於忽必烈，去維護帝國的統一。他以察合臺正統後裔自居，積極的想要擴充察合臺汗國的疆土。對忽必烈還不能翻臉，但自己西方的金帳汗國卻似乎要好對付一些。於是，阿魯忽把眼光投向了金帳汗國控制的阿姆河以北之地，。
海都想背靠金帳汗國徐圖發展恢復窩闊臺汗國，別兒哥想教訓旭烈兀，阿魯忽想搶別兒哥汗的地盤，忽必烈和阿里不哥都恨不得把對方打得永世不得超生。這些各懷心腹事的兄弟們一點點把父祖留下的帝國推向徹底崩潰的深淵。而當1264年阿里不哥的戰敗投降，忽必烈取得了“大汗”名位，事情似乎有機會再回到過去，他想召開新一屆的“庫裡臺大會”，讓大家坐下來重新商議統一之事，確定自己合法大汗的身份。
可是，忽必烈忘記了，要想成為整個帝國的大汗，光是大家坐在一起開個會，被兄弟們口頭承認為老大就算的。他忽略了一個重要問題——蒙古帝國作為一個統一國家的基礎，在他和阿里不哥爭位之時，已經不復存在。
從成吉思汗開始，歷任大汗之所以能夠在廣袤的帝國上有效實行統治，並不僅僅是因為分封兄弟子侄為屏藩的分封制度，這種制度算然可以在短時間內形成對距離中央較遠的地區的有效控制，但時間一長，分出去的地，潑出去的水，封國們的獨立傾向就會越來越嚴重。
成吉思汗時代，長子朮赤便被懷疑在封國圖謀不軌，成吉思汗甚至想親自討伐，要不是朮赤恰到好處的病死，父子相殘恐怕無法避免。貴由汗時代，金帳汗國可汗拔都不願承認其合法地位，貴由汗也想親自討伐，結果在中途暴死，戰爭才沒有爆發。僅僅兩代，血緣關係還相當緊密時尚且不能避免同室操戈的傾向，到第三代，分離傾向簡直就成為大勢所趨。
因此，分封和集權並行一直是蒙古帝國的既定國策。成吉思汗各子都有自己的汗國，但各汗國的封地仍由大汗委以長官統管，諸子在其封地上只享有一定數量的賦入。其行政權、軍事權很大程度還屬於中央直轄。而沒有分封給兒子們的土地和城市，則有達魯花赤管理，直接向汗廷負責。到窩闊臺汗時代，更是確定了行省制度，各行省的官員全部由汗廷委派，且不許世襲。
例如，蒙哥汗時代，別失八里等行省的行尚書省行政長官是馬思忽惕；阿姆河等處行省的行尚書省是阿兒渾；伊朗等地，最高軍事長官是綽兒馬罕，他死後拜住接任，最高行政官是成帖木兒。這些官員都是直接受大汗汗廷委任，當汗廷有物資、軍事等方面的命令時，他們要無條件服從。同時，這些穿插於各封國之間的行省，也是對封國的有效監視和制約。
然而，隨著蒙哥汗之死，忽必烈和阿里不哥只顧著互相攻伐，當初的一切行政關係全都亂了套。金帳、察合臺、窩闊臺的汗王們迅速吞併朝廷直轄的行省土地，當地官員要麼被驅逐，要麼服從於新主人，各汗國汗王一躍而成為自己封地的真正“國家首腦”。等到忽必烈降服弟弟，以為大勢已定的時候，各汗國已經完全具備了獨立國家的所有要素。這個時候再來謀求統一，只能如祖父成吉思汗一樣，帶兵打過去。
1264年，當忽必烈和阿里不哥兩個親兄弟的戰爭塵埃落定之時，卻是黃金家族各系堂兄弟們徹底撕破臉皮的開端。家務事引發的世界大戰，在這一年正式爆發。
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