1994年4月1日清晨8点，浙江省淳安县公安局接到报警：千岛湖内有一艘游船失火！这艘海瑞号上有24个台湾游客，另外还有6个船员和2个导游。大火扑灭后这32人去向不明。
淳安县出动２０余艘船艇、千余人，对案发水域及附近４０多公里的水面、山湾、岛屿进行搜寻，几小时寻找无结果，淳安县不敢隐瞒，立即向杭州市政府进行汇报。杭州市知道24名台湾游客失踪，也立即向浙江省政府汇报。在省政府命令下，驻浙空军出动了飞机，东海舰队也派人参加搜寻救援。
在上千人四面艰苦搜寻的时候，负责清理乘船的消防员和公安员们在清理底仓的时候发现一共有32具尸体，就是失踪的那32个人。情况立即层层汇报，各级政府一时都傻了眼，不知道该如何处理。改革开放以后，虽也有零星外国人在大陆遇害的案件，还从来没有一起案件死过24个人之多。
对于大陆方面是游船意外失火的解释，台湾媒体和政要立即给予大肆攻击。台湾媒体认为，很可能是这些人的钱财露白，被强盗盯上送了命。一时间，台湾群情激奋，给中国政府带来很大的压力。这些压力，由完全转移到浙江省公安厅和省政府头上。此时的中央政府，对千岛湖事件也非常重视！
在4月5日下午，时任国务委员、国务院秘书长的罗干同志指示：请公安部派专家组务必于今天赶到案发现场。十万火急！公安部调兵遣将，火速组成包括三名法医、一名痕迹、一名照相在内的专家组。斟酌再三，公安部把指挥权交给了陈世贤。陈世贤是我国十大高级刑侦专家之一，是全国最厉害的法医专家，是我国现代法医人类学开创人之一。
随后两天，陈世贤和同事们经过反复细致的检查和讨论，多次去案发现场查看，终于得出了一致结论。这些人死于武装暴力抢劫，并非什么政治谋杀，寻仇杀人。
之所以尸体一半炭化，一半完好，恰恰说明他们是活活烧死。根据尸检，这些人被一氧化碳熏了半小时左右，才窒息而死，并不是当场就死。陈认为，歹徒是打开消防栓，试图放水将他们淹死。失败以后，才火火烧人。他们被烧的时候，底仓已经进了一部分水。受害者身体一半沉在水里，一半则被漂浮在水上的浮油烧，才出现这种现象。那么问题来了。如果他们在大火中痛苦的挣扎了半个小时，为什么不设法从底仓逃出去呢？唯一的解释，就是他们被歹徒关在底仓，无法逃生，只能被烧死。
陈世贤还拿出现场照片。照片表明，遇害的32个人中，女性距离着火点很远，男性则距离着火点很近。看起来，是遇害者中的男人主动保护女人，让他们尽量远离大火，只是最终没有成功。这客观说明，32人是被赶到底仓以后，才被歹徒纵火杀害。在歹徒纵火以后，游客似乎做出了一定程度抵抗和自我保护，男人主动保护了女人但全部无效。这32人痛苦的在大火和烟雾中挣扎了30分钟之久，最终惨死。
综上所述，陈世贤认为，这是一起特大抢劫杀人纵火案。
根据陈世贤的分析，浙江省公安厅的干警们，立即展开调查。很快，所有矛头指向一个人，无证从事摩托艇营运的吴黎宏。当地加油站的女开票员反应，案发当天，吴黎宏从他们哪里买了三桶汽油，警方马不停蹄赶到加油站，提取了同型号的汽油桶，发现和案发现场完全一致。吴黎宏的邻居汇报，案发前，吴向他借了一支猎枪。奇怪的是，在借猎枪之前，吴就曾经在淳安一家渔猎商店购买过大量猎枪子弹和部分民用炸药。更重要的是，案发的3月31日下午，港口有人看到吴黎宏驾驶摩托艇载其他两个人进湖，似乎带着一个汽油桶。
由此，吴黎宏基本符合陈世贤对歹徒的描述。
经过对他的财物调查，发现吴黎宏的摩托艇是贷款买的，目前负债6万元，而2个月后就是还款期，他根本没钱还。
随后，警方又走访吴黎宏附近的邻居。一个理发师说，4月1日一大早，吴黎宏来他的店里理发。他发现吴黎宏的右边额头的头发被烧掉一大块，头皮也有烧伤，询问他是怎么回事。吴黎宏说是在家烧火时候，没注意，被火星烧到头发。
由此，警方基本锁定吴黎宏有重大作案现役。
在4月15日，在他的家里抓捕了吴黎宏，而后连续抓捕了他的朋友胡志瀚、余爱军。在三人家里，警察找到了台湾受害者的摄像机、照相机、美元、台币、人民币、港币、手表、戒指、玉镯、项链等赃款赃物。其中美元有5000多元，还有十几万台币。在找到的摄像机照相机中，发现了受害者生前拍摄的东西，可以确定这就是他们的遗物。作案用的摩托艇、猎枪、子弹、剩余炸药等也一一被缴获。经过技术分析，可以证明这些都是赃物和凶器。经过一天的审讯，三人见罪证确凿，先后交代了抢劫杀人纵火的事实。由此，到了4月17日，警方宣布案件侦破。
3.31下午１７时３０分许，当开往毛竹源的“海瑞”号游船经过猴岛时，三人驾摩托艇尾随。到了阿慈岛附近水域，天黑了，雨越下越大，四下里没有其他过往船只。吴黎宏驾艇靠上“海瑞”号船尾右侧。余爱军和胡志瀚蒙面登上游船，此时约１８时３０分。余爱军手持猎枪冲到驾驶室，朝天开枪恐吓船员，将船员们赶入游船底舱。尔后，吴黎宏驾摩托艇、余爱军驾驶游船开至预定的沉船地点--黄泥岭水域深水区。途中，他同胡志瀚一起把通往底舱的铁梯扔进湖中。
在黄泥岭水域，吴黎宏登上“海瑞”号，用铁丝把底舱门拧死，又同余爱军将劫得的钱、物转移到摩托艇上。对于这么处理这些人，三人简单的商量了一下。本来三人没想将全船人杀死，只想抢了钱就逃走。发现他们都是台湾人以后，三个人决定要杀人灭口。因为持枪抢劫外国人的罪名很重，很可能会被枪毙。他们又是本地人，他们认为自己蒙面，也可能被导游或者船员认出来，必须杀人灭口。其中的余爱军曾经表示不要杀人，但被其他两人一顿：你不杀他们，就等于杀自己！也就同意杀人灭口了。
三犯便打开游船上的消防栓，欲向底舱灌水。但海瑞号的消防栓有问题，水进了一部分以后就不进了，没有得逞。于是，吴黎宏向底舱投扔一包炸药，但炸药包落入水中未爆炸。
三名歹徒凶相毕露，向底舱连开数枪，又向底舱扔下两包炸药。爆炸声起，油柜起火，但火势不大。吴黎宏见状，从摩托艇上取来一桶汽油，向底舱倾倒。刹那间大火喷出底舱，四散蔓延，燎着吴黎宏、余爱军的头发。歹徒被火烧伤以后，唯恐游船爆炸，仓皇扔掉已燃烧的汽油桶，驾艇逃离现场，途中将斧头、匕首和作案时所穿的服装等扔进湖中。当夜三名案犯逃到胡志瀚暂住处，对劫得的钱、物进行分赃。
4月17日在完全抓捕嫌疑人以后，浙江省公安机关才突然对世界宣布破案，公布是“特大抢劫纵火杀人案”，逮捕了三名嫌犯。
4月18日，当时的中国国务院总理李鹏发表谈话，对案件进行了说明。
４月２０日，吴黎宏、胡志瀚、余爱军被依法逮捕。６月３日，杭州市人民检察院向杭州市中级人民法院就千岛湖抢劫、故意杀人案提起公诉。
6月10日，杭州市中级法院终审。6月12日，宣布判决结果，三名犯罪嫌疑人吴黎宏、胡志瀚、余爱军均以抢劫罪、故意杀人罪罪名被判处死刑，剥夺政治权利终身
1994年由周润发主演的《赌神系列》香港电影的续集《赌神2》，故事初段的情节戏仿了千岛湖事件（电影中称为“千赌湖”，“赌”“岛”二字在粤语同音）。
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