目前的抗乙肝病毒藥物多隻能減少病毒數量，不能完全清除病毒，對於許多乙肝病毒感染者，並不需要抗病毒，或抗病毒效果很差，甚至會篩選出耐藥病毒株，導致以後需要治療時更為棘手。
因此限定一些條件，選取部分乙肝病毒感染者進行抗病毒，以取得較好療效。這些條件主要包括三個：
1、慢性乙肝病毒感染，即表面抗原陽性超過半年，或在排除其他慢性肝病基礎上，發現有明顯的慢性肝病體徵（如肝掌、蜘蛛痣、肝病面容等等）。
2、有較明顯的肝臟炎症或（和）纖維化，比如ALT超過正常值上限2倍，或肝臟病理學檢查（需要肝穿刺取肝臟組織）顯示肝臟炎症和（或）肝臟纖維化評分達到2級或以上。
3、合適的HBVDNA水平，HBeAg陽性（俗稱大三陽）HBVDNA≥20000IU/mL（相當於10萬拷貝/ml）。
HBeAg陰性（俗稱小三陽或小二陽）患者，HBVDNA≥2000IU/mL（相當於1萬拷貝/ml）。
對於同時滿足以上三個條件的所有乙肝病毒感染者，均應進行抗乙肝病毒治療。
而對於明確的乙肝肝硬化患者，只要檢測出HBVDNA，無論ALT和HBeAg情況，均建議積極抗病毒治療。
應該重視的地方是，在開頭治療前應該消除合併別的病原體感染或藥物、酒精、免疫等其他因素所致的ALT升高，也應排除應用降酶藥物後ALT暫時性正常。
在一部分獨特的病比如服用聯苯結構衍生物類藥物者或者肝硬化，AST水平會比ALT要高，此時可將AST水平作為主要指標。
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