取了武昌，太平軍就面臨著未來是北上還是東下的問題。以前在嶽州時，領導層就發生過爭執，現在依然是各執己見。天王洪秀全力主北上中原，直搗北京。楊秀清則主張順江東下，取金陵。要說起來，兩派各有道理，下面就逐一分析利弊。
首先說東下，取金陵的好處是顯而易見的。攻下南京，東南半壁盡歸太平天國。江南是魚米之鄉，籌糧籌款很容易。同時，江南還是清政府財政收入的重要來源，運河漕運若被切斷，這對清廷財政打擊無疑是沉重的。鴉片戰爭時，英軍就是衝到南京城下，迫使清政府屈服的。
東下還有一個好處，就是剛剛組建的水師可以發揮作用。太平軍水師此時強盛一時，有大小船隻數千艘，在長江江面橫行無阻。如棄舟登陸，數千艘船隻將不得不遺棄焚燬，這無疑是個巨大的損失。因此，水師力主東下。
至於東下的缺點，最大的缺點就是滿清政府得到了喘息的機會。清軍雖然笨拙，清政府雖然腐敗。但它畢竟掌握著全國政權，它以全國人力和物資財富作為戰略後備，能逐漸將國家經濟和財政轉入戰爭軌道，不斷徵調後備資源，支援前線，從而轉化為戰場上的物質力量，以彌補與克服其素質低劣，士氣不振的弱點。江南的賦稅雖然收不上來，但是，曾國藩，胡林翼等通過增加湖北各省厘金的形式，仍然保證了湘軍的餉銀。所以，丟了江南，對清廷的打擊是沉重的，但不是致命的。
在現實中，太平天國最終選擇了東下，由於領導層的不斷失誤，東下的缺點被大大放大了。在很長一段時間，太平軍都侷限在長江流域，長期與湘軍對峙，並在這不斷的拉鋸戰中，耗光了自己的元氣。
再來說說北上，北上的好處也是顯而易見的。直搗清廷老巢，給清廷以致命一擊，這種誘惑也很大。這種打擊很可能瓦解滿清在全國的統治，導致清廷在全國的崩潰，最終各地群雄並起，各霸一方。
北上的缺點也不少。前面提到的水師無用武之地，是其中一個方面。過了襄陽，就是一馬平川，非常有利於騎兵的突擊，僧格林沁的蒙古騎兵一直護衛著京師，是清廷北方的重要力量。太平軍從一開始的畏懼清軍，到現在的蔑視清軍，輕視清軍。以至於定都天京後，兩萬多人就敢組成北伐軍，企圖攻下北京。事實證明清朝北方力量還是很強大的，北伐軍就是被僧格林沁的蒙古騎兵消滅的。太平軍從南方來，舟船多，騎兵少，而且隨軍還攜帶了大量家眷，行軍速度不會快，一旦被騎兵咬住，很難擺脫。若是坐船，則定然比徒步行軍快得多，也省力得多了。
還有一個很重要的問題，太平軍現在已不是最初的數萬之眾，僅士兵就有十萬人，加上隨軍家屬達數十萬之多，這麼龐大的人口，每天的糧食供應都是一個大問題，通過水路運輸兵員，物資顯然要比陸路運輸要省力得多，也節約得多。
還有一個觀點要澄清一下，很多人以為攻下北京，清廷在全國的統治就結束了，這個理解是不對的。誠然，太平軍攻下北京，可能會引發全國起義的高潮，但也可能很快被清廷鎮壓。當然，也有一種可能，清軍又積蓄力量反攻，將太平軍趕出北京，歷史上也不乏這樣的例子。咸豐，同治年間，清廷人才輩出，稱為同治中興，昏庸之人不少，有識之士也大有人在，太平軍若想在北京站穩腳跟，並不容易。
其實，太平軍所面對的，不只是滿洲貴族，自從太平軍創立拜上帝教，排斥孔孟之道，它的敵人就是整個地主階級，這必然是一個長期的反覆較量的過程，幻想畢其功於一役，只能是痴心妄想。誰能笑到最後呢，錯誤誰都要犯，無非是那個犯錯最少的一方才是勝利者罷了。
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