一、轉基因食品有農藥
因為轉基因種子一般都是抗蟲性的，這使得在其周圍的雜草也會有抗蟲性，因此我們需要使用更多的農藥來殺死雜草，因此轉基因食品也會經歷大量農藥的洗禮，最後這些食物被我們吃了。
二、未知毒素
轉基因種子和食品可能含有未知的毒素，也可能會引起人們過敏。1989年生產的左旋色氨酸添加劑就造成了37人死亡，添加劑中的細菌經過了基因重組，使得添加劑中產生了新的有毒氨基酸。許多食品生物本身就能產生大量的毒性物質和營養因子，如蛋白質抑制劑、溶血栓、神經毒素等以抵抗病原菌和害蟲的入侵。現有食品中毒素含量並不一定會引起毒效應，但是轉基因食物可能產生各種毒性。
三、缺乏研究
目前轉基因食品缺乏長期研究，信息比較少，目前對於轉基因食品是好還是不好，專家也說不清。日本禁止進口美國轉基因大米，印度停止轉基因茄子商業化。在美國，轉基因食品已經佔了1/4以上，在市場上並沒有標記是否為轉基因食品。目前，我國的轉基因食品沒有商業化，但是央視廣告部門官微稱禁止對非轉基因廣告使用“更健康、更安全”等誤導性廣告。非轉基因食品就是沒有在天然食品原種中置入外來基因，種植生成的原料，用其原料生產加工成的食品。那麼非轉基因食品的好處是什麼呢?
非轉基因食品是所有的人類及地球動物依靠正常的農作物已經平安生活了上千萬年。所有的動物包括人類都離不開非轉基因食物。如非轉基因食用油：
非轉基因食用油裡有大量我們人類所需的不飽和酸，常吃會防止低人體的膽固醇、血脂、血糖升高。而且非轉基因食用油裡還含有很多植物本身的無機鹽、氨基酸、維生素，特別是三級油，幾乎上保留了植物本身所有的營養，比較適合人們食用。
關於植物油，人們通常食用大豆油為多，所以我們就以非轉基因大豆油來說說。非轉基因大豆油裡面含有比較高的不飽和脂肪酸，較容易被人體吸收。此外，它還含有有益於人體健康的亞麻酸、亞油酸、豐富的維生素E等多種營養成分。其中，亞油酸是人體所必需的脂肪酸，有清理人體內“垃圾”的功能，但是亞油酸人體不能夠自身合成，必須要從食用油裡攝取，所以常食用非轉基因大豆油能夠強身健體，還可以滋潤我們的肌膚。另外，非轉基因大豆油裡還含有棕櫚酸7-10%、硬脂酸2-5%、花生酸1-3%、油酸22-30%、亞油酸50-60、亞麻油酸5-9%，它的脂肪酸構成比例較好，有降低人們血清中膽固醇含量的作用，有預防心血管疾病的功效。
萬物生長都有它的規律，自然才是最好的東西！轉基因也不是一無是處，我們吃的糧食現在便宜吧？轉基因更便宜成本更低，這就是轉基因最好的存在理由！
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