- 一級學科國家重點學科
復旦大學（11個）：哲學、理論經濟學、中國語言文學、新聞傳播學、數學、物理學、化學、生物學、電子科學與技術、基礎醫學、中西醫結合。
上海交通大學（9個）：船舶與海洋工程、機械工程、生物醫學工程、力學、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、控制科學與工程、計算機科學與技術、管理科學與工程。
- 二級學科國家重點學科
復旦大學（19個）：產業經濟學、金融學、政治學理論、國際關係、歷史地理學、中國近現代史、計算機軟件與理論、內科學、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、婦產科學、流行病學與衛生統計學、藥劑學、社會醫學與衛生事業管理。
上海交通大學（11個）： 生物化學與分子生物學、凝聚態物理、光學、遺傳學、電磁場與微波技術、通信與信息系統、兒科學、內科學、外科學、口腔臨床醫學、病理學與病理生理學。
- 世界一流學科建設學科
復旦大學（17個）：哲學、政治學、中國語言文學、中國史、數學、物理學、化學、生物學、生態學、材料科學與工程、環境科學與工程、基礎醫學、臨床醫學、中西醫結合、藥學、機械及航空航天和製造工程、現代語言學。
上海交通大學（17個）：數學、化學、生物學、機械工程、材料科學與工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、土木工程、化學工程與技術、船舶與海洋工程、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、藥學、電子電氣工程、商業與管理。
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