美國和巴沙爾.阿薩德存在根本利益上的矛盾，這就是巴沙爾.阿薩德與美國之所以你死我活的原因，也是美國在敘利亞三番四次發起空襲，製造分裂的原因。
這種矛盾，並不是通過政治談判能夠解決的，它必須在殘酷的戰爭中得到結果，阿薩德政權是否能夠堅挺下去，關係到美國對敘利亞的態度。畢竟，影響國際關係的關鍵因素是國家利益，影響國際地位的關鍵因素則是國家實力的強弱。
（阿薩德夫婦）
首先是意識形態領域上的矛盾。巴沙爾.阿薩德是前總統哈菲茲.阿薩德的兒子，敘利亞父傳子的形式成為了美國批評敘利亞政府的理由。但實際上，這並不是美國痛恨阿薩德的真正原因。在阿拉伯國家中，父親把一切交給兒子繼承是非常常見的事情，也由此誕生了許多政治世家。比如黎巴嫩的哈里里家族，沙特家族，阿布扎比王室和美國關係都很好，他們都沒有因為父死子繼，兄終弟及而與美國發生衝突。
敘利亞倡導的，是阿拉伯社會復興主義，這是一種泛阿拉伯主義，主張建立一個大的阿拉伯民族聯合國家。在20世紀，復興黨通過軍事政變，推翻王權，相繼在敘利亞，伊拉克等國掌權。阿薩德父子便是如此。這一點對於實行王權政治的海灣君主國沙特，阿聯酋來說，是一種災難和威脅，而這些國家，都是美國的盟友，在中東的支點。
（巴沙爾總統）
由於阿薩德家族是信奉阿拉維派的少數社群，這個教派沒有太多的清規戒律，因此被很多人認為不是穆斯林。一直以來，連什葉派都不承認阿拉維派的地位。因此，阿薩德家族奉行的是世俗化政策，這種世俗化政策引起了國內穆兄會，以及遜尼派教法團的不滿。由此引發的哈馬事件，霍姆斯事件成為了後來美國攻擊阿薩德政府的口實。
20世紀70年代，由於敘利亞規定只有穆斯林才能擔任總統，這讓阿薩德非常著急。此時此刻，伊拉克什葉派的領袖人物，大阿亞圖拉（這是什葉派學位中最高的一級，全世界只有幾個人才有）薩德爾（正是現在的薩德爾的父親）與阿薩德家族交好，與伊朗一同承認了阿拉維派屬於什葉派十二伊瑪目派的分支。
1979年伊朗霍梅尼革命後，敘利亞投入了伊朗懷抱，不惜在兩伊戰爭中支持伊朗，一下子得罪了幾乎所有阿拉伯國家，連美國也受到了波及。
（敘利亞政府軍）
在巴以問題和黎巴嫩問題上，敘利亞和美國，以色列存在根本矛盾。
幾次中東戰爭，並不是整個阿拉伯國家都在和以色列打仗。出力最多的是埃及和敘利亞，敘利亞因此丟失了戈蘭高地，一直被以色列強佔。這是以色列與敘利亞永遠繞不開的問題。美國支持以色列，而敘利亞支持巴勒斯坦人，這導致以色列與敘利亞一直髮生衝突。雙方還曾經展開了著名的貝卡谷地大戰。
而在黎巴嫩問題上，敘利亞和以色列衝突更加明顯，以色列支持黎巴嫩的基督教馬龍派，而敘利亞則支持黎巴嫩什葉派武裝真主黨，與遜尼派的總理哈里里家族也維持了不錯的關係。敘利亞和以色列都曾多次介入黎巴嫩戰爭。而在2011年敘利亞戰爭爆發後，大量的敘利亞難民湧入黎巴嫩。當年受到阿薩德家族支持的黎巴嫩真主黨和巴勒斯坦人也都選擇了支持阿薩德。
而以色列，是美國在中東不可缺少，極力維護的棋子。
（敘利亞政府軍）
再者是庫爾德問題。美國支持敘利亞的庫爾德人自治，或者獨立建國，而敘利亞政府認為這是在侵犯敘利亞的領土完整。
敘利亞的庫爾德人不在任何一個省和地方佔據人口優勢，根本沒有自治的資格。但美國在2011年以來不請自到，受到庫爾德人帶路，在敘利亞境內修築了20多座軍事基地，扶持庫爾德人佔據了東部大片土地，還控制了代爾祖爾的產油區。這對敘利亞政府造成了極大的傷害。
敘利亞政府軍與庫爾德武裝多次交戰，遭到了美國的空襲。美國還帶來了英法和意大利作為幫手，試圖將敘利亞問題國際化。
而敘利亞政府與俄羅斯的接近更讓美國難受，俄羅斯在拉塔基亞省塔爾圖斯的軍事基地是美國急需拔除的。
（敘利亞難民們）
這些原因導致了美國在戰爭中選擇扶持敘利亞各路反對派武裝，試圖推翻敘利亞政府。說到底，還是國家利益上的矛盾。
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