建文帝即位之後，一改洪武時期的緊張氣氛，使中國大地吹過了一陣清風，他重用黃子澄、齊泰、方孝儒等文人，對先朝的政治實行改革，為無論是百姓，還是官吏都創造了一個寬鬆的環境。在改革中的一項重要措施就是削番，當時的番王多是朱允炆的叔叔，而且手中都有兵權，他們在自己的番地為非作歹，有的甚至摩拳擦掌準備造反。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，當時朱元璋的前三個兒子都已經亡故，朱棣成為了皇子中的最長者，而且隨著朱棣在對蒙古作戰的過程中不斷壯大，他已經成為了皇權最大的威脅。
可以說建文帝的削番就是針對燕王一人的。但建文帝的軟弱害了他，在重大問題的決策上，這是他的第一個錯誤。他並沒有先削燕王，而是從其他親王下手，這樣即引起了親王們的岌岌自危，還打草驚蛇，使得燕王加緊做出準備。在建文帝決定對朱棣下手的時候，為時以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖難的大旗。在最初的戰鬥中朝廷的兵力佔絕對優勢，但由於李景隆的指揮不當，明軍屢遭敗績。但由於兵力所限，燕軍佔領的城市都是很快的放棄，因此雙方展開了拉鋸戰。
在此期間明軍中湧現出了一批比較優秀的將領，他們的頑強抵抗給朱棣造成了極大的威脅。但是朱允炆的軟弱再一次顯示出來，他的一道聖旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃過了多次劫難，建文帝的婦人之仁最終將朝廷推向了深淵。經過四年的拉鋸戰之後，燕王正確分析了形勢，只要建文帝在一天，地方軍對就會抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻佔了南京，趕走了建文帝，那麼自己就可以成為一國之君，相信也沒有多少人反對，因為大家都是觀望的態度。
於是燕軍繞過大城市、一路南下，當時的建文朝廷已經亂作了一團，很多地方將領按兵不動，很快燕軍就攻到了南京城下，城內的親王與某些將領又擅自開門投降，南京終於被佔領，建文帝不知所終，而且正如朱棣所料，地方上幾乎沒有人反對。朱棣的靖難之役宣告成功，自己也登上了皇位，年號永樂。而在朝廷內卻是另一番情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑，或自殺卻有千人。永樂朝廷幾乎無人可用，可見建文帝在文人心目中的地位是相當高的。
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