建文帝即位之后，一改洪武时期的紧张气氛，使中国大地吹过了一阵清风，他重用黄子澄、齐泰、方孝儒等文人，对先朝的政治实行改革，为无论是百姓，还是官吏都创造了一个宽松的环境。在改革中的一项重要措施就是削番，当时的番王多是朱允炆的叔叔，而且手中都有兵权，他们在自己的番地为非作歹，有的甚至摩拳擦掌准备造反。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，当时朱元璋的前三个儿子都已经亡故，朱棣成为了皇子中的最长者，而且随着朱棣在对蒙古作战的过程中不断壮大，他已经成为了皇权最大的威胁。
可以说建文帝的削番就是针对燕王一人的。但建文帝的软弱害了他，在重大问题的决策上，这是他的第一个错误。他并没有先削燕王，而是从其他亲王下手，这样即引起了亲王们的岌岌自危，还打草惊蛇，使得燕王加紧做出准备。在建文帝决定对朱棣下手的时候，为时以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖难的大旗。在最初的战斗中朝廷的兵力占绝对优势，但由于李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。但由于兵力所限，燕军占领的城市都是很快的放弃，因此双方展开了拉锯战。
在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。但是朱允炆的软弱再一次显示出来，他的一道圣旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃过了多次劫难，建文帝的妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。经过四年的拉锯战之后，燕王正确分析了形势，只要建文帝在一天，地方军对就会抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻占了南京，赶走了建文帝，那么自己就可以成为一国之君，相信也没有多少人反对，因为大家都是观望的态度。
于是燕军绕过大城市、一路南下，当时的建文朝廷已经乱作了一团，很多地方将领按兵不动，很快燕军就攻到了南京城下，城内的亲王与某些将领又擅自开门投降，南京终于被占领，建文帝不知所终，而且正如朱棣所料，地方上几乎没有人反对。朱棣的靖难之役宣告成功，自己也登上了皇位，年号永乐。而在朝廷内却是另一番情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑，或自杀却有千人。永乐朝廷几乎无人可用，可见建文帝在文人心目中的地位是相当高的。
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