圍繞國家農業高新技術產業發展戰略和熱帶地區黎藥南藥產業發展需求，以熱帶藥用植物、微生物（內生菌、高等真菌）、海洋生物等藥用資源為研究對象，以有機化學、天然產物化學、微生物學、生物學與分子生物學為基礎，運用現代分離、分析方法與技術手段，開展熱帶藥用生物資源中天然產物的分離純化、結構鑑定、生物活性與生態功能、結構修飾與構效關係、生物合成及其代謝調控等方面的科學研究，以及特色藥用資源的繁育、種植與新產品研發，為我國熱帶藥用資源的可持續創新利用以及實現黎藥南藥現代化提供科技支撐。
中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所天然產物化學研究室下設黎藥資源與天然產物、藥用植物及其內生真菌次生代謝、真菌資源及天然產三個研究組，現有3個PI，重點建設院一級學科生物工程和二級學科天然產物化學，歸口管理平臺包括海南省黎藥資源天然產物研究與利用重點實驗室、海南省沉香工程技術研究中心。
一、黎藥資源與天然產物
海南擁有藥用植物約3100種，其中黎藥有800餘種。過去的十年，研究組對海南特色黎藥資源做了較為深入系統的挖掘和整理，編寫了《黎族藥志》（一至三冊）和《海南黎族民間驗方集》 ，對沉香、血竭、降香、見血封喉、黃皮、高良薑、裸花紫珠、小葉地不容、靈芝、細花百部、海南石斛等30餘種黎藥中的活性天然產物進行了研究，從中分離鑑定了1000多個天然產物（新化合物200餘個），發現抗腫瘤、抗菌、抗HIV、抗氧化、神經保護、降血糖、抗農業病原微生物、殺蟲等生物活性成分150多個。對重要黎藥資源高良薑、沉香、龍血樹、益智等進行了規範化示範種植，並開發出益智酒、益參酒、沉香酒、沉香精油、沉香高效接香劑、黎草婦康抑菌洗液、益智咖啡、益智椰奶等創新產品。
二、藥用植物及其內生真菌次生代謝
從海南粗榧、見血封喉、沉香等多種熱帶藥用植物以及分佈於熱帶、亞熱帶海岸潮間帶的紅樹林植物中分離出內生真菌300多株，篩選出抗菌、抗腫瘤細胞活性菌株56株，對其中的19株真菌的次生代謝產物進行了研究，分離鑑定了150多個天然產物（新化合物40多個），發現抗腫瘤、抗菌、降血糖、抗農業病原微生物等生物活性成分60多個。
三、真菌資源及天然產物
海南野生靈芝資源有80餘種（中國103種），從海南10種野生靈芝中已分離鑑定了300餘個天然產物，包括50個新化合物，發現抗腫瘤和神經保護活性成分35個；採集靈芝標本30餘份。
四、論文專利
發表論文300多篇，其中SCI收錄160多篇。出版專著5部。申請發明專利40多項，授權22項。代表性論文專利如下：
1. Organic letters, 2013, 15 (7): 1492–1495. IF = 6.142
2. Organic letters, 2013, 15 (12): 2898-2901.
3. Journal of Natural Products, 2016, 79, 2599−2605.
4. Phytochemistry, 2015, 110 (2): 133-139
1. 一種生產沉香的方法. ZL 201310150138.5
2. 一種人工誘導血竭的方法. ZL 201310207182.5
3.一種沉香香水及其製備方法. ZL200710121128.3
4. 一種具有解酒作用的中藥. ZL200710181307.6
五、科技獎勵
“海南黎藥資源的收集保護、物質基礎與創新利用研究”海南省科技進步獎一等獎
“海南藥用植物及其共附生微生物資源研究” 獲海南省科技進步獎一等獎
“海南藥用植物及其共附生微生物資源研究與開發”獲農業部中華神農獎二等獎
“高良薑產業化關鍵技術研究與示範”獲海南省科技進步獎二等獎
“見血封喉中的強心苷及其抗腫瘤活性研究”獲海南省科技進步獎二等獎
“真菌發酵提高沉香油產量的研究”獲海南省科技進步獎三等獎
“海南粗榧內生真菌抗腫瘤活性次生代謝產物的研究”獲海南省科技進步獎三等獎
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