围绕国家农业高新技术产业发展战略和热带地区黎药南药产业发展需求，以热带药用植物、微生物（内生菌、高等真菌）、海洋生物等药用资源为研究对象，以有机化学、天然产物化学、微生物学、生物学与分子生物学为基础，运用现代分离、分析方法与技术手段，开展热带药用生物资源中天然产物的分离纯化、结构鉴定、生物活性与生态功能、结构修饰与构效关系、生物合成及其代谢调控等方面的科学研究，以及特色药用资源的繁育、种植与新产品研发，为我国热带药用资源的可持续创新利用以及实现黎药南药现代化提供科技支撑。
中国热带农业科学院热带生物技术研究所天然产物化学研究室下设黎药资源与天然产物、药用植物及其内生真菌次生代谢、真菌资源及天然产三个研究组，现有3个PI，重点建设院一级学科生物工程和二级学科天然产物化学，归口管理平台包括海南省黎药资源天然产物研究与利用重点实验室、海南省沉香工程技术研究中心。
一、黎药资源与天然产物
海南拥有药用植物约3100种，其中黎药有800余种。过去的十年，研究组对海南特色黎药资源做了较为深入系统的挖掘和整理，编写了《黎族药志》（一至三册）和《海南黎族民间验方集》 ，对沉香、血竭、降香、见血封喉、黄皮、高良姜、裸花紫珠、小叶地不容、灵芝、细花百部、海南石斛等30余种黎药中的活性天然产物进行了研究，从中分离鉴定了1000多个天然产物（新化合物200余个），发现抗肿瘤、抗菌、抗HIV、抗氧化、神经保护、降血糖、抗农业病原微生物、杀虫等生物活性成分150多个。对重要黎药资源高良姜、沉香、龙血树、益智等进行了规范化示范种植，并开发出益智酒、益参酒、沉香酒、沉香精油、沉香高效接香剂、黎草妇康抑菌洗液、益智咖啡、益智椰奶等创新产品。
二、药用植物及其内生真菌次生代谢
从海南粗榧、见血封喉、沉香等多种热带药用植物以及分布于热带、亚热带海岸潮间带的红树林植物中分离出内生真菌300多株，筛选出抗菌、抗肿瘤细胞活性菌株56株，对其中的19株真菌的次生代谢产物进行了研究，分离鉴定了150多个天然产物（新化合物40多个），发现抗肿瘤、抗菌、降血糖、抗农业病原微生物等生物活性成分60多个。
三、真菌资源及天然产物
海南野生灵芝资源有80余种（中国103种），从海南10种野生灵芝中已分离鉴定了300余个天然产物，包括50个新化合物，发现抗肿瘤和神经保护活性成分35个；采集灵芝标本30余份。
四、论文专利
发表论文300多篇，其中SCI收录160多篇。出版专著5部。申请发明专利40多项，授权22项。代表性论文专利如下：
1. Organic letters, 2013, 15 (7): 1492–1495. IF = 6.142
2. Organic letters, 2013, 15 (12): 2898-2901.
3. Journal of Natural Products, 2016, 79, 2599−2605.
4. Phytochemistry, 2015, 110 (2): 133-139
1. 一种生产沉香的方法. ZL 201310150138.5
2. 一种人工诱导血竭的方法. ZL 201310207182.5
3.一种沉香香水及其制备方法. ZL200710121128.3
4. 一种具有解酒作用的中药. ZL200710181307.6
五、科技奖励
“海南黎药资源的收集保护、物质基础与创新利用研究”海南省科技进步奖一等奖
“海南药用植物及其共附生微生物资源研究” 获海南省科技进步奖一等奖
“海南药用植物及其共附生微生物资源研究与开发”获农业部中华神农奖二等奖
“高良姜产业化关键技术研究与示范”获海南省科技进步奖二等奖
“见血封喉中的强心苷及其抗肿瘤活性研究”获海南省科技进步奖二等奖
“真菌发酵提高沉香油产量的研究”获海南省科技进步奖三等奖
“海南粗榧内生真菌抗肿瘤活性次生代谢产物的研究”获海南省科技进步奖三等奖
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