1.名稱與機構隸屬關係的區別
軍統的全稱是國民政府軍事委員會調查處，後發展成為軍委會統計調查局、國防部保密局，因其隸屬於軍隊，故稱其為軍統。
中統的全稱是國民黨中央黨部統計調查處，中央黨部調查委員會，國民政府統計調查局， 因其隸屬於為國民黨中央組織部，故稱其為中統。
2.兩者工作內容與職責的區別
軍統主要任務是收集各類情報，對軍隊監視整治，對敵對勢力逮捕暗殺。
中統的主要任務是監控國民黨機關內部情況，打擊國民黨之外的黨派，控制社會輿論和思想。
中統是黨內，軍統是軍中，如果收集到的情報和線索屬於對方職責範圍內的，必須移交給對方。
3.掌控人不同
軍統主要由蔣掌控。
中統主要由國民黨內大老陳立夫、陳果夫叔侄掌控，在人事上蔣不能直接干涉。
4.國民黨逃臺後兩組織的變化
軍統改組為軍事情報局，以對大陸為主，重點是對大陸偵察、派遣、破壞和武裝襲擾。
中統改組為國家安全局，以對內安全為主，重點是偵查島內的中共組織。
到了蔣經國後期國安局逐漸取代軍事情報局，成為島內最大的情報機關，並開始主導對大陸的特務與情報活動，軍情局變成了單純的軍事情報機構了，主要負責對大陸軍事系統的情報工作。
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