光线王艾斯
清朝的军机处不过是顾问机构，最终的决策权还是窝在皇帝的手中。慈禧能凌驾于皇帝之上，是她善于利用大臣间的矛盾，扶持自己势力，从而达到她独裁专制的目的。
咸丰11年，咸丰皇帝在内忧外患中驾崩于热河行宫。临终前，他留下遗旨:年幼载淳（后来的同治皇帝）继承大统 ，另八位顾命大臣辅佐载淳。同时又将两枚象征君权的印章交给慈安太后和懿贵妃（也就是后来的慈禧）。咸丰这样做，即不能使八大臣权倾朝野，又可避免后宫干政，起到相互制衡。
然而，谋事在人，成事在天。早就对皇权垂涎三尺慈禧，终于等到一展身手的这一天。可是这八臣顾命大臣，仗着咸丰遗嘱，飞扬跋扈，根本不把慈禧放在眼里，于是，慈禧联合慈安、恭亲王发动宫廷政变，将八位顾命大臣杀的杀，流放的流放，这就是历史上有名的辛酉之变，这年慈禧仅仅26岁，在晚清的政坛开始锋芒初露。
恭亲王因为拥立之功，被两宫太后封为议政王。这个曾在咸丰朝被打压的抬不起头的王爷，此时，达到他人生的巅峰，成了大清王朝的顶梁柱。后来，随着慈禧的权力越来越大，她与恭亲王之间的争权夺利逐渐白炽化，这两个曾经一个战壕的战友，几乎闹到了水火不容的地步。慈禧利用手中权力，支持保守派对洋务运动的攻击诬陷，培植自己的势力。使洋务运动举步维艰，近乎流产。同治四年，两宫太后罢免了恭亲王”议政王”的头衔，但仍让继续他推行洋务运动。经此一事，慈禧终于挤进权力的核心，实现了她独裁统治的第一步。
光绪十年，（公元1884年），中法战争爆发。清朝在胜利的情况下，与法国签订城下之盟。一时举国不平，弹劾恭亲王的奏章像雪片一般飞进紫禁城，慈禧异常震怒，将恭亲王的官职一撸到底，让他闭门思过。不仅如此，慈禧是拔出萝卜带出泥，捎带把恭亲王朝中的亲信全部罢免官职。从此以后，恭亲王在政坛销声匿迹，直到终老。慈禧这回之所以敢对恭亲王大开杀戒，是因为恭亲王的重要支持者慈安太后，已在三年前暴病身亡，这年，慈禧49岁。
扫除了恭亲王这个最大的绊脚石后，慈禧终于如愿以偿的登上清朝权力的巅峰，开始了她长达二十多年祸国殃民的独裁统治，预示着腐朽的清王朝踏上灭亡的不归路。
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军机处与确保“皇帝至上”没有必然的联系。军机处只是贯彻“皇权至上”的机构，它自然处于皇权的代表管理之下，因此，慈禧坐在军机处上边很正常。
（1）军机处臣服于皇权，皇帝如果想“代表皇权”，首先就要“亲政”
皇帝是“皇权”的主要代表，但皇权却包括后宫和外戚、太监、宗室三大方面。在某种情况下，它们可以代替皇帝充当“皇权”的代表。充当多长时间就主要靠“权力斗争”了。慈禧就是代表皇帝充当“皇权的代表”，而真正的代表皇帝则长期因为“政治斗争”失利而无法履行“皇权”。
那么斗争失利的关键就在于“权位与利益”。慈禧掌权35年，光绪“亲政”之初，全天下都是慈禧的人，都受慈禧“恩惠”，那么，不听慈禧的能听谁的呢。
同治、光绪登基时年幼（6岁、4岁）登基无法“亲政”，只能由慈禧进行“垂帘听政”。皇帝只有“亲政”才能“代表皇权”。但问题是“亲政”时间是没有标准的。
慈禧答应光绪十三年（1887年）正月十五举行亲政大典，但后来又有了变化。醇亲王奕譞领衔申请慈禧继续垂帘，光绪的亲爹奏请谁还有啥说的？慈禧起先装模作样地没有同意。其后，礼亲王世铎又要求亲政后继续训政，慈禧只好说“俟皇帝亲政后，再行训政数年。”
什么意思？1887年正月十五亲政后，仍要垂帘数年。“数年”可就没谱儿。
（2）光绪“亲政”后的11年里，他从来没有真正地掌握过权力，支持光绪的大多是言官和少部分地方督抚，前者没实权，后者人数太少，军机处也是如此
在光绪亲政后11年里，光绪不仅宫内还是宫外都没有掌握大部分权力机构的人事权。在1896年亲政前，慈禧已经掌权35年，所有重要职位全是她的人，都是由其提拔，包括军机处大臣们。
1882年到1884年翁同龢进入军机处，首席是奕䜣，1884年借着“中法战争”被慈禧全部拿下。1885年到1894的首席军机则是慈禧的亲信礼亲王世铎，其他四五人皆是久受慈禧“恩宠”的大臣。
1894年到1898年，久被弃用的恭亲王进入军机并任首席，翁同龢也被任命为军机。这一时期的军机大臣比较多六到十人。翁同龢基本都是第三位之后，由此军机处内部就代表了皇权的三股势力——宗室代表、后宫和太监、皇帝。而恭亲王只是名义上的首席军机，不但没有实权，而且是“扛雷”的人。
军机处除了一两名纯粹事务型官员外，基本其他成员也都是“久受慈禧恩惠”的人。在这种情况下，军机处本身就被慈禧操控，光绪在宫廷内被太监宫女们监视，怎可能拥有实权？
军机处只承认“皇权”，也就是“权力斗争”的胜利者。
坐古谈今
我是萨沙，我来回答。
雍正设置军机处的目的，开始是为了对准噶尔的战争，是一种临时的国家最高军政机构，协助皇帝处理军政，可以跳过内阁。
但雍正的根本目的，在于传承父亲康熙的南书房制度，废除议政王大臣会议。
议政王大臣会议是满清初期的一种制度，是满族上层贵族参预处理国政的制度。
初期的军政大事，多由议政王大臣会议做出结论，连皇帝也受他们左右。
这套制度早在清太祖努尔哈赤就已经形成，具备集体决策的很多优点，防止皇帝个人出现判断和决策失误，也平衡了八旗之间的利益。
但是，议政王大臣会议一定程度上夺去了皇帝的权力。所以从皇太极开始的历任皇帝，都试图削弱议政王大臣会议的权力。
雍正的这个军机处，说白了就是一个中央秘书处，负责执行雍正的命令和献策而已，不具备决策权，和议政王大臣会议是有本质的不同的。
最终，军机处取代了议政王大臣会议。
雍正七年设立军机处后，议政王大臣会议虽然继续存在，但所议之政，已只限于军务﹑皇帝出巡﹑旗务﹑少数民族事务及重大刑审案件等具体事务，无关乎军国大事。议政王大臣会议变成一些不当权的贵胄世爵挂靠之地，或是给予一些大学士、尚书之类官僚例兼虚衔的部门。
到了乾隆时期，干脆将它取消。
这样一来大权表面上转移给军机处，其实全部转移到皇帝一人手中。军机处只是奉命执行而已。
至于慈禧太后，她既然垂帘听政，也就是皇帝了，自然有凌驾于军机处之上的权力。
慈禧太后干掉顾命大臣以后，作为一个28岁仅有私塾文化的妇女，她对军政国务并不了解。
无奈之下，慈禧任命一起对付肃顺的恭亲王奕訢被授予议政王，在军机处担任领班大臣。
由此，军机处的权力一度大大提升，具有一定的决策权。
但奕訢并无野心，而且很快遭受慈禧打压，失去了权力。
随着太平天国的失败，清廷政局逐渐稳定下来，慈禧太后的统治地位也日趋巩固，于是就处心积虑地要削弱奕訢的权力。
同治四年（1865年），她以奕訢“目无君上”、“暗使离间”等罪名，下诏革除其一切差事。
从此，慈禧太后大权独揽，军机处和军机大臣的权力被削弱，再次恢复成秘书处的地位。
到了慈禧的后期，军机处已经不堪入目。左宗棠曾经担任军机大臣。
他本以为军机处是国家最高的军政机关，谁知道仅仅是几个老头子喝茶、聊天、扯淡的地方。
一切文件都只是直接转交给慈禧太后（名义上是光绪皇帝）批准，自己并不过目。慈禧下了批示以后，军机处再交给相关官员办理。
说白了，军机处变成了可有可无的机构，完全可以废除。
萨沙
慈禧一生共发动过三次政变，通过这三次政变慈禧一步步将大权逐渐掌控在自己手里，成为中国历史上权力最大的几个女人之一。
1861年，咸丰皇帝病故后，两宫皇太后与皇叔恭亲王奕訢，联手发动政变，罢黜咸丰帝指定的八位顾命大臣，改由太后垂帘听政，慈禧也由此登上了权力的舞台，而恭王则被封为议政王，主持军机处和新设立的总理各国事务衙门，此次事件即“祺祥政变”。此后，直至1884年前三个月，清政府行政中枢的领头人物，一直是恭亲王。
作为洋务派的领袖，奕䜣得到了地方大员曾国藩、李鸿章、左宗棠、张之洞等人的支持与拥戴，他自己和西方列强的关系还是分密切，但在1883年爆发的中法战争中，由于奕䜣主张对法国和谈，想通过和平方式解决冲突，致使在越北清军没有加强战备，在1884年3月的北宁之战中，前后只用了五天，清军便全面失利，弃城而走。接看太原、谅山、郎甲等地相继失陷。法军继续进攻西线的滇军，云贵总督岑毓英不战而退，将滇军撤至中越边界的河口、保胜一带，兴化、临洮、宣光也随之落入法国人手中，在这场战争中慈禧在张之洞、左宗棠等人的劝谏下是主战的，但奕䜣热衷于外交谈判，对慈禧备战固边的指令，只作例行公事对待。这让慈禧觉得受到了奕䜣的轻视，借着这次的大败，慈禧解散了以恭亲王奕䜣为首的军机处，并以“养病”为名永远将他隔离在权力核心外，是为甲申易枢，在这之后的清朝几乎已经完全被慈禧所掌握了。
1898年，已经成年的光绪皇帝想要夺回属于自己的权力，发动了维新变法，让慈禧觉得受到了威胁，于是发动了戊戌政变，粉碎了光绪皇帝仅仅百日的戊戌变法，维新派官员死的死，逃的逃，光绪皇帝也因此被囚禁，由是清庭再也没有任何人能制衡慈禧，直到她死去！
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雍正的军机处的设计立，正式的让皇权凌驾于一切国家权力部门之上，像明朝时期内阁拟票可以驳回圣旨的制度早已不复存在了。
而慈禧是怎么凌驾皇权的呢？并没有，慈禧凌驾于皇帝，将这种至高无上的皇权攥在了自己手里。
咸丰皇帝死时，曾立八位顾命大臣辅政，但皇帝并不是完全信任这些人，于是把盖玉玺的权力留给了两宫太后。
辛酉政变，八大臣失权，两宫太后正式垂帘听政，行皇权，但此时恭亲王为议政王大臣，而正宫慈安太后尚在，慈禧太后还未能完全展露头角。
同治四年，恭亲王被罢黜，两宫太后完全掌了皇权。慈安生性纯良，对权力并无过多欲望，于是这皇权就旁落给了慈禧太后一人之手。
同治皇帝的死，让慈禧遭受了有生以来最大的打击，作为皇帝生母，比失去儿子更苦痛的莫过于被小辈登基皇帝位后，自己退居太皇太后，从此再无理由执掌皇权。
但慈禧接下来的举动却让她抱住了自己手里的权力，将醇亲王的儿子年幼的载恬过继过来，自己继续做太后，这样，垂帘听政仍旧合法，皇权依旧在慈禧的手里。
等到光绪帝成年，慈禧太后虽然交出了部分皇权，但当时的朝廷大员仍旧是唯慈禧懿旨是从，这在年轻的皇帝心中越发难以容忍。
终于在戊戌年，光绪帝与康梁等人在戊戌变法中发动政变，在事情败露后被慈禧软禁。
从此光绪帝有了“谋母”之嫌疑，朝中废帝的呼声屡见不鲜，慈禧太后虽未响应，但皇权再次全部攥在手里，继续用训政的方式把持着大权。
说句中肯的话，若放在以往的封建时期，慈禧太后未必不是孝庄太后那种名声，但此时的中国在经历着千年未有之大变局，以一个老太太的政治眼光，远远无法承担如此之使命。
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明离子
军机处于雍正七年（1729年）因用兵西北而设立。雍正十年（1732年），改称“办理军机处”。设军机大臣、军机章京等，均为兼职。乾隆帝时期复设军机处，从此成为清朝的中枢权力机关，一直到清末。军机处总揽军、政大权，成为执政的最高国家机关。完全置于皇帝的直接掌握之下。同时，军机处在权力上是执政的最高国家机关，而在形式上始终处于临时机构的地位。
原定制親王不入军机处。如嘉庆四年（1799年）清仁宗颙琰命成亲王入军机办事，后因与定制不符，免去。咸丰年初，清文宗奕詝命恭亲王奕訢入直，但也鉴于嘉庆朝事，旋亦出直。
辛酉政变后，慈禧太后垂帘听政，因担心压不住众臣子，便笼络亲王以巩固自己的统治地位，廷议恭亲王为议政王，总理军机大臣。慈禧也算有手腕，敢大胆改变前朝定制，比嘉庆皇帝利害。后虽奕訢去位，但亲贵执政已为慈禧立为定例。从此至清末，亲王担任领班军机大臣，成为常事。
咸丰在世时，总理大臣权位日重。甲申易枢之后，慈禧太后力图使两机构分离，但终究未能完全废止军机大臣兼领总理衙门大臣的成法。咸丰死时临终遗诏肃顺等顾命八大臣辅政，两宫太后加盖玉玺。。经过辛酉政变两宫太后垂帘听政，此时两宫太后因皇帝年幼不能亲政合法的暂行皇权，同时在同治四年罢黜恭亲王议政王的头衔，极大减少了对手中皇权的制衡。
同治亲政后太后交出皇权，但多年培植的满朝文武都是太后的人，谁敢反对。同治病死，慈禧又耍手腕将醇王子载恬过继给咸丰继位，再度垂帘听政重掌皇权，此后直到光绪亲政。慈禧在光绪亲政后虽交出皇权，但又同时分割了皇权，朝廷一二品官员任命仍须太后懿旨，这一过程直到戊戌政变。
戊戌政变后，慈禧再掌皇。光绪虽然还是皇上，但已名存实亡了，慈禧借着清理戊戌变法叛党之名把反对她的人杀的杀贬的贬，朝中上下又都是她的人了，光绪只有当儿皇帝，一切听从太后的摆布，虽名曰是垂廉听政，实则是执政，从后台走到前台来了。形成这种原因可归纳以下几点：
一、爱欣觉罗氏皇族一代不如一代，到了咸丰，同治软弱，遇事无主张，听由大臣摆布，为慈禧的野心扩张畄下了空隙。
二 ，咸丰，同治等贪色多病早亡给慈禧涉猎皇权，培植党羽有了更多机会，咸丰親信大臣肃顺颇有能力，在巩固咸丰皇位以及发展经济充实国庫方面出了不少力，但咸丰死后肃顺与几位顾命大臣扶棂从承德返京路上被慈禧与六王爺奕訢半路早安排的人马逮捕然后斩于北京莱市口，这是慈禧联合六王爺奕訢的一次政变。
三、戊戌变法光绪信任康有维，而康有为和战国时的赵括，三国时的马稷一样，只会纸上谈兵，並不懂得政治斗争的策略，光绪被囚軟禁，后成为真正的儿皇上，康有为应承担主要责任，结果慈禧一切权力凌驾于皇上之上了。
李伯禺
清朝自努尔哈赤起兵到顺治皇帝入关，皇位的继承都不是君主指定的，而是满族王公权臣相互妥协议定的。大家都知道，康熙晚年九龙夺嫡，直至去世未公开指定继位人，因此雍正的继位其合法性，正当性让人们充满了质疑。而进一步加强君主集权就是为了保证君王权威神圣不可侵犯，架空内阁，设立军机处就是为了防止大权旁落，再起萧墙之祸。
自第二次鸦片战争以后，咸丰皇帝病死承德，临终为了制衡慈禧，设立八大臣辅政，两宫听政，慈禧是个权利欲很强，富有谋略的女人，首先她联合恭亲王铲除肃顺等八大臣，把权利收回，后来又借中法战争打压恭亲王，自此再也没有人能制约慈禧。至于清朝开国之初设立的后宫不得干政的祖训，自同治皇帝死后形同虚设，自然可以独揽一切了
功成名就196135500
军机处:集军国大事及重大人事按排于己手，超然于老套的六部九卿制度，位不显而权重，满清帝国真正的中枢。
军机处的老板，只有一个，皇上。
如果有某种机缘，把皇帝"拿下了"，那么这个人就是军机处的实际老板，比如慈禧。
慈禧从伦理上，也是可以做军机处的合法老板的，军机大臣们畏威怀德，喏喏连声，顺理成章也。
有人问了:如果光绪废去太后，囚之瀛台，甚至必要时施之砒霜，何如?慈禧还会是军机处的老板吗?
答:可以的，虽然操作起来很难。
问题是光绪沒做到!
当然:
皇上还是"皇上″，一个专事休闲的"皇帝。
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军机处其实是雍正的一个创新，历朝都是以兵部会同宰相或丞相来行使管理权，统一由皇帝来定夺，弊病就是管的人多了反倒没人管了，如果集中到少数人手里那么又会出现专权乃至谋反。我们知道满清设满汉两个宰相，汉人深谋远虑但无实权，满相有权但韬略不足。这就行成朝堂之上互相推诿扯皮，康熙和雍正都出现了遗漏或扣押重要的军机文书奏折。鉴于此雍正成立军机处，大体类似于中央军委，所有军属以及各地总要文书均交由此，保证了皇帝集权又让大臣们不敢推诿。
而慈禧时代是旧中国封建王朝的一个怪胎，慈禧既不称帝又不放权，只做一个幕后操纵者，无论是同治，光绪，还是溥仪，都是他的提线木偶，稍有反抗就地正法。小小皇帝哪敢和经营紫禁城几十年的慈禧一较长短。只能卑躬屈膝，唯唯诺诺混日子罢了。
谢谢
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设立军机处和慈禧为什么能掌权没有联系。
雍正设立军机处，是为了总揽军、政大权，成为最高国家机关，军机处大臣无品级和俸禄，直接听命于皇帝，说白了就是皇帝的私人班子而已。
而慈禧能掌权几十年之久，是因为她是同治的亲生母亲，咸丰死后，同治年幼，她和慈安掌政，慈禧死后，她独揽朝政。清朝后期皇室人丁单薄，几乎无子嗣，再加上慈禧自己颇具手段和能力，凌驾在毫无根基和能力的光绪之上，也是很正常的事。
清朝还有后宫不得干政的祖制呢，慈禧不也照样破了吗。
