《諸病源候論》是我國現存第一部論述各科病證的病因、病機、證候內容的專著。對於本書的作者、成書年代及卷數，目前學術界的共識為本書由隋朝醫官巢元方等編撰，成書於隋·大業六年（即公元610年）。全書共50卷，分為67門，1739候。
上述觀點源於宋朝，而在宋代以前的史志中，對於本書作者及卷數，則著錄不一，故令後世歧說較多。最早輯錄本書的是《隋書·經籍志》，志載《論（當為“諸”）病源候論》五卷、《目》一卷，吳景賢（此醫家《隋書·麥鐵杖》中有載）撰。在《舊唐書·經籍志》中則為《諸病源候論》五十卷，吳景（當為“吳景賢”，吳景在《隋書》《舊唐書》中均無從考證）撰。而至《新唐書·藝文志》中則為《吳景賢諸病源候論》五十卷，與《巢氏諸病源候論》五十卷、巢元方撰，兩書並存。至《宋史·藝文志》，則只有巢元方《巢氏諸病源候論》五十卷一種記述，而無吳景賢或吳景編撰的《諸病源候論》記載。
對於以上史志中的不同記述，《四庫全書提要》雲：“巢氏《諸病源候論》五十卷，隋大業中太醫博士巢元方等奉詔撰。考《隋書·經籍志》有《諸病源候論》五卷，《目》一卷，吳景賢撰；《舊唐書·經籍志》有《諸病源候論》五十卷，吳景撰。皆不言巢氏書。《宋史·藝文志》有巢元方《巢氏諸病源候論》五十卷，又無吳氏書，惟《新唐書·藝文志》二書並載，書名、卷數並同。不應如是之相復，疑當時本屬官書，元方與景，一為監修，一為編撰，故或題景名，或題元方名，實止一書，《新唐書》偶然重出。觀晁公武《讀書志》稱隋巢元方等撰，足證舊本所列不止一名，然則《隋志》‘吳景’作‘吳景賢’，‘賢’或‘監’字之誤。其作‘五卷’，亦當脫一‘十’字，如止五卷，不應目錄有一卷矣。”即言《諸病源候論》是隋朝官府組織編寫的醫著，由巢元方和吳景（當為“吳景賢”）2人作為監修或總編撰，致使隋唐史志中的記載不統一。丹波元胤按曰：“吳景賢名，見於《隋書·麥鐵杖傳》，則《提要》有吳景監撰之說者，實系臆測。然以是書為巢、吳同編，理似當然。姑據《新唐志》並載二家之書，以俟後考。”
據文獻記載，《諸病源候論》一書在北宋以前一直在流傳，如王燾的《外臺秘要方》在每門類之前多先引《諸病源候論》之觀點闡釋疾病概念以及病因病機，後列治病諸方，在40卷《外臺》中，有28卷341處引錄了《諸病源候論》三十餘卷中的文獻，可見在王燾供職的弘文館即藏有該書。而日本醫家丹波康賴撰成於公元982年（相當於北宋太宗時）的《醫心方》，亦仿《外臺秘要方》之體例，於每門之前引錄《病源論》（即《諸病源候論》）的“病候”內容，全書30卷中，有24卷直引《諸病源候論》五百四十餘處，陸百四十餘條，可見，在北宋之初，《諸病源候論》已流傳至日本。可惜由於唐宋之間連年戰亂，北宋以前的傳本均佚。
北宋政府對醫學是比較重視的，當時曾頒令天下，向廣大的民間徵集各種治病的醫方、單方、驗方，購買和徵求獻出醫書。宋朝政府對此書極為重視，曾把它同《素問》《難經》《脈經》《千金翼方》《龍樹論》等一起作為“醫學”（宋代醫學教育的專門機構）必讀教材，同時規定，試補“醫學”考試，也要從此書中選題，正緣於此，宋朝政府在成立“校正醫書局”（此機構成立於北宋嘉祐二年，即公元1057年）之前，便把此書連同《素問》《難經》一起刊行於世。《玉海》卷六十三曰：“天聖四年（即公元1026年）十月十二日乙酉，命集賢校理晁宗慤、王舉正校定《黃帝內經素問》《難經》《巢氏病源候論》；五年四月乙未，令國子監模印頒行，詔學士宋綬撰《病源》序。”此記述與宋綬序文中所載完全吻合。是知宋代初刻此書的時間是天聖五年（即公元1027年），早於成立“校正醫書局”三十年。此刊本稱為北宋本，但此本亦未保存下來。現存世的該書傳本，是南宋以後的各種刊本。
其一為南宋版本系統，此版本“蓋南宋人從天聖校刊本而重刻者”（《經籍訪古志》），但據宋·陳言《三因極一病證方論》載，《巢氏病源》當為一千八百餘候，與現行刊本之候數有出入。該版本自元代以後，國內已失傳，但日本既知的卻有兩部：其一是懷仙閣藏本(現存日本宮內廳書陵部)；其二是酌源堂藏本（此本20世紀後下落不明）。故現存該類傳本，主要為日本醫家據此二本影寫及抄本。現存之刊本有日本天保四年（公元1833年）丹波元堅據懷仙閣藏本配補酌源堂本影寫本、小島寶素據懷仙閣及酌源堂兩本影寫本（現存臺灣“故宮博物院”）、日本無名氏據南宋本抄本（現也存臺灣“故宮博物院”，但僅存卷14～19）等。此外，1981年日本刊行的《東洋醫學善本叢書》中所收該書，主要是據懷仙閣舊藏南宋本影印。
其二為元刊本系統，元刊本《重刊巢氏諸病源候總論》（今北京圖書館及北京大學各存1部），是“據宋本重刊，而兼校改文字……唯標目增重刊巢氏及總字”（《經籍訪古志》）。據馬繼興考證此本系據宋本重刊，其篇目次序及內容與宋本不同。由於南宋刊本國內早已失傳，故後世刊本均自此本衍化而來。現存此係統之版本有：明·汪濟川、江瓘刊本《重刊巢氏諸病源候論》，署“隋太醫博士巢元方撰”，《經籍訪古志》考證，其體式同元刊本，“不記刊行年月，似萬曆以上物”。明·汪濟川、方鑛校刊本（歙方東雲校刻本於聚奎堂，扉頁作西爽堂藏板），書名《巢氏諸病源候論》，《四庫全書》所錄即為此本，此版本“版式全與前本（即汪濟川、江瓘刊本）同，文亦不差一字，案方鑛未詳何人，且汪濟川與江瓘共刻此書，無復刻之理，意是書估欲其易售，妄改校者姓名耳”（《諸病源候論解題》）。“又有汪濟川、方鑛校本，及吳勉學校本，俱是重刊前刻者（即汪濟川、江瓘刊本）”（《經籍訪古志》）。此外，明朝尚有嘉靖間刻本、萬曆吳勉學校刊本。
清代的刊本有：《四庫全書》本（文津閣本、文溯閣本；分為67門，1739候）；清乾隆五十一年丙午（公元1786年）抄本；清嘉慶十四年己巳（公元1809年）胡益謙經義齋刊活字本（簡稱《巢氏病源》），訛誤脫漏較多；清光緒元年乙亥（公元1875年）湖北崇文書局刻本，清光緒十二年丙戌（公元l886年)印本，清光緒十七年辛卯（公元1891年）湖北官書局重刻本，封面及扉頁均題《巢氏病源》，但每卷首尾又題《重刊巢氏諸病源候總論》，柯慎菴雲：“是據袁壽階舊鈔傳錄，差勝胡本。”清光緒十七年池陽周學海氏校刊本（序稱《新刻病源候論》，每卷首又題《巢氏諸病源候總論》），署“隋太醫博士巢元方撰”。周序稱：“以家藏舊本付梓，並取《外臺秘要》及日本刻本校之。”而《日本訪書志》考證：“光緒辛卯，池州周氏又刊此書，自稱以舊本付梓，實即胡益謙本也。”清光緒二十二年丙申(公元1896年)博文書局石印本。
此外，尚有日本正保二年（公元1645年）書林萬屋作古衛門刊行本，名為《巢氏諸病源候總論》，“雖互有異同，然文字體式，不失元本之舊，頗為可喜”（《經籍訪古志》），認為其為重刊元本。還有同年上村次郎右衛門刊本。
近現代的版本有1912年湖北官書處重刊本；《中國醫學大成》本，民國25年刊；1956年人民衛生出版社影印本；1957年人民衛生出版社鉛印本；1991年人民衛生出版社出版的丁光迪等校注本（以元刊本為底本）。
通過以上通檢，我們可以得出以下結論：首先，在北宋以前，對《諸病源候論》一書，稱謂不一，有六種之多，但“病源”這一關鍵詞則是一致的，自宋朝以後即統一稱為《諸病源候論》。其次，本書之卷目數自唐以後均為50卷，但“候”數有出入，導致這一結果的可能因素有：一是傳抄版本不一，可能有疏漏；二為歷代醫家在傳抄過程中，對相似的候目進行了刪除；三是將相似的候目進行了合併。同時，我們可以看出《諸病源候論》的成書對後世中醫學的發展產生了巨大而深遠的影響。在隋代以前，遠至《黃帝內經》一書著述的時代，對病因、病機問題，雖有諸多論述，但均系附論於有關篇章中，或其他論著中兼論病源。自隋代巢元方、吳景賢等《諸病源候論》問世，體現了中醫學術在病因、病機方面具有了系統的、全面的認識，在基礎理論文獻領域，填補了一項空白。其內容不僅學科齊全，而且對病與證的病因、病機、病候以至於病變類型等各個方面，均具有較為詳盡地論述，該書對後世影響較大，如唐·王燾的《外臺秘要方》、宋·王懷隱等編著的《太平聖惠方》、劉昉的《幼幼新書》、明·朱橚主編的《普濟方》以及日本醫家丹波康賴編撰的《醫心方》等醫學名著中有關病因、病機的內容，大多依據《諸病源候論》，或以此書作為重要的參考文獻，故《四庫全書總目》稱譽此書為“證治之津樑”。
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