水體生態平衡由菌相平衡和藻相平衡決定，科學的水質管理方式是定期向水體補充益生菌調節菌相平衡，向水體適量補充C、N、P等大量元素和Fe、Zn、Mn等微量元素保持藻相平衡。
隨著水產養殖向著集約化、高密度模式的發展，養殖水體惡化帶來的問題越來越多，水產養殖病害不斷加劇，嚴重製約水產養殖行業的發展。如何保持水體生態平衡，促進水產健康養殖成為亟待解決的問題。
養殖水體由生產者（藻類）、消費者（養殖動物和浮游動物）、分解者（細菌）組成一個生態系統，三者之間相互影響、相互制約保持整個水體的生態平衡。一旦水體惡化，整個生態平衡被打破，就會使養殖動物產生應激反應，出現食慾下降、免疫力低下、疾病暴發等。
水體生態平衡的關鍵因素是生產者（藻類）和分解者（細菌），即水體生態平衡由菌相平衡和藻相平衡決定。科學的管理方式是定期向水體補充益生菌調節菌相平衡，向水體適量補充C、N、P等大量元素和Fe、Zn、Mn等微量元素保持藻相平衡，保障水體的生態平衡，使養殖動物處於良好的生長環境，從而提升水產養殖效益。
一、菌相平衡
水產養殖水體的淨化可以分為物理過程（絮凝、沉澱等）、化學過程（氧化、還原等）和生物自淨過程（微生物分解、轉化等），其中生物自淨過程最為重要。自然界水體中魚蝦很少發病主要靠水體生物自淨過程，現代高密度、集約化的水產養殖過程大量殘餌、糞便等轉化為有機質，嚴重超出水體自淨能力，調節水體生物自淨過程（平衡菌相）成為水產養殖成敗的關鍵。
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2、常見益生菌在水體中的作用
常用於水產養殖環境改良的有益菌有芽孢桿菌、光和細菌、乳酸菌等，每種有益菌都有自己獨特的作用。
光合細菌能直接利用養殖水體中有機物、氨氮、硫化氫等，並可通過反硝化作用去除水中的亞硝酸鹽等有害物質；有研究表明光合細菌能明顯降解養殖水體氨氮和亞硝態氮的含量、穩定水體pH值，亞硝態氮的降解率可達41.18%。
芽孢桿菌通過其自身的分解代謝及產酶作用能迅速分解水體中的殘餌、糞便等有機質，降低水體中的氨氮和亞硝酸鹽含量；有研究表明使用枯草芽孢桿菌後，水體中氨氮和亞硝酸鹽的含量顯著降低，氨氮的最大降解率為59.61%，亞硝酸鹽的最大降解率為86.7%。
乳酸菌種類繁多，厭氧或兼性厭氧生長，主要分解水體中的小分子物質；有研究表明，添加乳酸菌後各實驗組水體中的亞硝酸鹽、硝酸鹽從實驗第1天到第4天一直處於下降趨勢。單一菌種的微生物製劑侷限性大，複合微生物製劑中各有益菌互惠互利、共生共存、淨化環境的作用更全面。因此，複合生物製劑用於水產養殖改良環境成為微生態製劑的發展趨勢。
二、藻相平衡
養殖水體的藻相平衡由藻的種類、藻的數量、有益藻和有害藻比例等多種因素決定。不同水色的水體藻相差別較大，同種水色不同水體差別也較大，而且不同養殖對象對藻相也有不同要求。在養殖過程中需要科學的分析水體藻類組成，從而判斷水體氮、磷、鉀等元素需求量；科學的施肥和平衡水體營養才能促進水體藻相平衡，保持“肥、活、嫩、爽”的優良水質。
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