第二次世界大战期间，德国在欧洲发动侵略，而日本在中国以及太平洋挑起战事，将全世界推向大战。当时不少美籍日裔移民在美国生活，而且落地生根已好几十年，美军认为这批日裔美国人视为威胁，强制他们迁移。
二战期间美军将日裔美国人，分批转移至集中营囚禁，认为这批日裔美国人是对国家安全构成威胁。 1942 年这批日裔美国人被囚于集中营管理，摄影师 Dorothea Lange 受雇于美国政府，拍摄当时营内的情况。不过，军方高层将大部分相片封存在国家档案局内，直至 2006 年才开始公诸于世，当中有大量未公开过的相片，掀露了当时营中的实况。
珍珠港事件发生后许多美国人十分愤怒并对所有日本人谴责这件事，美国社会开始散布出不利日裔美国人的谣言，声称有些日本人事先知道这起攻击且帮助日本军队。联邦调查局（FBI）及美国政府知晓这是个不正确的谣言，但并不对这表示任何意见。
在珍珠港事件发生的翌日，西海岸的加利福尼亚就开始了对普通美国籍日本侨民的排挤。正在正常履行职务的日裔律师、医生，被毫无征兆地吊销了执照，日裔人士的保单被保险公司莫名其妙地注销。原本以捕鱼为生的日裔侨民被禁止出海。在公共汽车上，日裔被禁止在座位上就坐；在邮政局排队购买邮票的队伍中，如果哪个日裔侨民排在了队伍的前头，他就会在“滚到后面去，日本鬼子”的训斥声中乖乖就范。加油站不肯把汽油卖给日裔侨民，送牛奶的工人拒绝给日裔侨民继续服务，连公共厕所也声称不接待日本鬼子。
与公开憎恨日本人相呼应，美国人把他们的冷幽默也用在对日本侨民的恐吓上。理发店窗子上挂的牌子公然写道：“日本鬼子来刮胡子，发生意外本店概不负责。”在新泽西州，一个农民雇佣了五个日本人，虽然这五个人是在美国本土出生的第二代日本人，但是当地的治保委员会还是把这个农民的谷仓付之一炬，并威胁说如果继续雇用日本人的话，就把他最小的儿子杀掉。
不仅如此，随着反日情绪日益见长，对日裔的迫害甚至蔓延到了教堂。在科罗拉多州的首府丹佛市，一个日裔姑娘历尽千辛万苦后找到了一份工作，她想到教堂做个礼拜，感谢上帝对她的帮助，但是牧师拒绝了她，并讥讽说：“你去你们自己的教堂不是更好些吗？”
在这样的政治氛围中，加利福尼亚政府兴风作浪，政府官员暗示日裔侨民，说他们应该接受政府的统一安排，迁居到内地去。所谓的“内地”，用一个专栏作家的话来说，是把“他们赶到一起，撵到穷山恶水的深处”。在20世纪的40年代，美国大陆深处穷山恶水的地方，比比皆是。
1942年2月19日，在日本人偷袭美国夏威夷珍珠港后的两个半月后，美国总统富兰克林·D·罗斯福下达了第9066号行政命令，授权美国陆军部部长确定国内某些地区为“军事区域”，并可以对生活在军事区域的人加以任何必要的限制，甚至可以把他们排斥在军事区域之外。
据不完全统计，在这次大迁徙中，日裔美国人损失了价值7000万美元的耕地和设备、价值3500万美元的水果和蔬菜，以及接近5亿美元的收入。储蓄、股票以及债券的损失更无法计算。
然后，政府安排运输工具，把这些日裔美国人集中送往集中营。
为了避免日裔美国人擅自离开禁区，美国政府禁止他们自银行账户中提款。日裔美国人被给予48小时离开集中营收拾简单的行李。他们只被允许带1个包包且不能携带收音机或相机。
同时，5000名服役的日裔美军士兵中，多数被迫退队。
这些拘留营位于各州最贫瘠、荒芜的土地上，四周围着铁丝网和瞭望塔，从外观上看，与德国纳粹的集中营并无二致，罗斯福总统都不止一次地把它们称为“集中营”。在拘留营内，分配给一个6口或7口之家的住房只有30平方米，房间里没有独立的煤气炉和自来水，数个家庭共用一个洗衣间、一个餐厅和一个厕所。露天的淋浴间也是数个家庭共用的，瞭望塔上的哨兵可以清楚地看到在淋浴间里洗澡的人。
联邦政府规定，拘留营内，每人每天的伙食费为50美分，糟糕的食物更是难以下咽。此外，不少被认为“可疑”的日裔居民，还遭到了“隔离审查”。
1944年12月17日，随着日本的节节败退，美国军事状况获得极大好转。鉴于日裔美国人的良好表现，美国陆军部宣布1945年1月2日结束限制行动，日本人可以回到西海岸。二战结束后，日裔美国人的拘留营被全部取消。与此同时，对美国政府这一举措进行批评的声音开始大量出现。
1945年，耶鲁大学法学教授、后来担任詹森政府的副国务卿尤金·罗斯托，发表了题为《日裔美国人案件：一大灾难》的著名文章，文章认为，没有可靠的证据支持拘留日裔美国人的决策，政府此举是对作为美国立国之本的自由精神“最沉重的打击”。
由于本身承受巨大的冤屈，加上受到美国国内舆论转向的鼓舞，从1945年开始，日裔美国人陆续对二战中遭到不公正待遇提起诉讼。1948年美国国会通过《美国日本人重新安置索赔法》。不过，到1962年，美国付出的赔偿仅有3600万美元。
到80年代，日裔美国人索赔的要求骤增。1987年10月，美国国会又给予日裔总额不超过5亿美元的赔偿。1988年4月，又通过决定将赔偿总额提高到不超过13亿美元。1988年8月10日里根总统签署档，就二战中日裔美国人的拘留营一事正式道歉，承认当时将日裔居民看成“外来的敌人”是出于战时的狂热和偏见，宣布给予曾经被关在拘留营中且仍在世的日裔美国人每人两万美元的补偿。2006年12月23日，美国总统布什签署法案，拨款3800万美元，用于维护日裔美国人拘留营的旧址，并对当年那段历史进行研究，提醒人们反思，永远牢记历史经验教训。
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