对财税〔2017〕37号第二条
部分内容的理解与困扰
《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条规定如下：
二、纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：
（一）除本条第（二）项规定外，纳税人购进农产品,……从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；……。
（二）营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。
（五）纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工17%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
假设，某公司购进农产品进行初加工（即生产销售税率9%的货物）和深加工（即生产销售税率为13%的货物），供应商全部是小规模纳税人，且能够取得按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的专用发票。
个人理解：
1、2019年4月1日之后，纳税人自小规模纳税人处购进农产品，取得按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的专用发票，除用于深加工外，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
2、纳税人自小规模纳税人处购进农产品，取得按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的专用发票，用于深加工， 2019年4月1日之后，按当期领用材料已抵扣进项税额/9%*1%（不考虑2019年4月1日之前购进且已按当时扣除率抵扣进项税额的情形）加计扣除。本条即所谓为了避免因进项抵扣减少而增加税负，进行的农产品深加工加计扣除。
3、 如果纳税人2019年4月1日之后，自小规模纳税人处购进农产品，取得按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的专用发票，所购进农产品既用于深加工，又用于初加工，应当分别核算用于深加工和初加工的农产品进项税额，才可以按增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额，并对深加入部分加计扣除。否则，只能按增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
个人困扰：
1、本条第（二）项规定了用于深加工货物，可以加计扣除。
2、本条第（一）项规定了除了用于深加工货物外，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
3、如果纳税人所购进农产品既用于深加工，又用于初加工，出于各种原因，未分别核算用于两种税率货物生产或委托加工的农产品进项税额，可不可以不进行加计扣除，而只以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额？只能按增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额的原因是什么呢？惩罚性的吗？
可他并没有去偷逃国家税款啊，国家给的深加工优惠不要还不行吗？
4、更为重要的是，文件要求分别核算用于深加工和初加工的农产品进项税额。
怎么样分别核算进项税额？我们知道，如果企业只有农产品加工销售业务，其当期应缴税额基本计算公式为：当期销项税额-当期可抵扣进项税额+进项税额转出。难道分别核算的时候，当期的进项税额只能抵扣当期相应税率货物的销项税额？
农产品的收获具有季节性特点，所以农产品的收购也具有季节性特点，所以农产品加工企业的进项税额也会在农产品收获季节增加很多，变成留抵税额。如果一家农产品加工企业能够分开核算深加工和初加工的农产品进项税额，但是，在收获之后的相当长一段时间内他们只是做初加工，是不是被分别核算为深加工部分的进项税额不能抵扣？
5、更为重要的是，有没有企业会在凭票扣除的时候，说我不能分别核算用于生产销售或委托受托加工17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，从而按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的专用发票上注明的增值税额为进项税额？
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