“清君側”是指清除君主身旁的親信、奸臣。 唐朝詩人李商隱在《有感》詩云：“古有清君側，今非乏老成”。“清君側”的本意是正義之舉，但在歷史上總是成為叛亂髮動者反抗中央政府的主要理由。
歷史上第一次著名的清君側是西漢初年，漢景帝年間，御史大夫晁錯向皇帝上疏，建議削藩，為漢景帝所採納。而當時的各藩國中，以吳、楚的實力最強，吳王劉濞準備充分，兵力又強，還有六國幫忙，以“誅晁錯、清君側”為名，發動叛亂。史稱“七國之亂”，漢景帝為了平息叛亂，只好將晁錯殺掉，但叛亂並沒有因此而停止。最終被漢將周亞夫擊敗。
唐朝天寶十四年(公元755年)，身兼范陽、平盧、河東三節度使的安祿山，發動屬下唐兵以及同羅、奚、契丹、室韋共15萬人，號稱20萬，以“憂國之危”、奉密詔討伐楊國忠為藉口在范陽起兵。唐玄宗急調李泌、郭子儀、李光弼等大將迎敵。最終，安祿山被其子安慶緒所殺， 史思明被其子史朝義斬首，唐軍平定叛亂。安史之亂歷時八年，席捲半壁江山的戰火不僅成為唐朝的轉折點，更是整個中華文明由開放轉向保守的轉折點。
孛羅帖木兒為元末將領，蒙古散只兀氏，四川行省左丞相答失八都魯之子。至正二十二年(1362年)，升中書平章事。孛羅帖木兒和另一系軍閥擴廓帖木兒均捲入了元末宮廷的黨爭。第二年，他與王保保爭奪山西和河北地。次年被皇太子削官，便為順帝外援，發兵攻大都。皇太子與王保保攻大同，他率兵至京師，為元順帝命為中書右丞相，節制天下軍馬。至正二十四年(1364年)，孛羅帖木兒打著“清君側”的名義，攻入大都，太子流亡到王保保的屬地太原。1365年，皇太子領軍進攻京師，孛羅帖木兒戰敗，被元順帝密遣人刺殺。
明太祖朱元璋在位時把兒孫分封到各地做藩王，藩王勢力日益膨脹。因太子朱標早逝，洪武三十一年(1398年)，皇太孫朱允炆繼位，是為建文帝。 建文帝與親信大臣齊泰、黃子澄等採取一系列削藩措施。與此同時，也在北平周圍及城內部署兵力，把明太祖第四子燕王朱棣的護衛精兵調出塞外戍守，準備削除燕王。
1399年7月，燕王朱棣起兵反抗，造反的藉口也是“清君側”,其實是以聲討齊泰、黃子澄為名，矛頭直指建文帝的皇位。當時，朱棣所能調動的軍隊只有800多人，這麼少的兵力根本無法與建文帝的平叛大軍抗衡。於是，朱棣想到了握有重兵的寧王朱權。
朱權是朱元璋第十七子，封地為寧國(今內蒙古寧城)。朱權帶有元朝降明的甲兵八萬，戰車六千，所屬蒙古兀良哈三衛騎兵均驍勇善戰。朱權多次會合諸王出塞作戰，以善於謀略著稱。
一天，朱棣裝扮成衣衫不整的樣子騎馬來到寧王府的大門外求見朱權，朱棣進入寧王府後，先是勸朱權與自己一起造反，並且承諾事成後與朱權共分天下。但是深受儒家思想薰陶的朱權不僅無意反叛，還勸朱棣不要造反。朱棣在寧王府住了7天后要走，朱權送到寧王府不遠處的一座名為千秋橋上，朱棣再次勸說朱權與自己一起造反，朱權依然不從。
於是，朱棣一揮手，埋伏在千秋橋下的士兵一擁而上包圍了朱權，朱權的親兵見狀與朱棣的伏兵殺在了一起，喊殺聲立即驚動了城內的官兵。城內一位姓朱的大將率兵前來支援，也被朱棣的伏兵殺死。朱權一看情況不妙，急忙向蒙古兀良哈三衛呼救。燕王朱棣卻大笑著說：“你的蒙古兀良哈三衛已經變成我的人了”。朱權一看，蒙古兀良哈三衛果然已經站在了朱棣的一邊。原來，朱棣在寧王府見無法說動朱權，便在暗中策反了蒙古兀良哈三衛的首領。朱權見狀，只好束手就擒。於是寧王朱權及其王妃被朱棣劫走，此後再也沒有能夠回到寧王府，大寧城變成了一座空城。
由於朱元璋的猜忌心特別強，稱帝后總是擔心與自己征戰多年的武將造反奪權，便實施重文輕武的政策，一些能征善戰的武將早已經被殺的殺，貶的貶。朱棣用計劫持了朱權後，大大增強了自己的力量。公元1403年，朱棣率領大軍攻入南京時，建文帝手中早已經沒有了像幫助漢景帝平叛的周亞夫那樣的良將了。於是，朱棣沒費多大周折就奪取了政權，建文帝從此下落不明。這就是歷史上著名的“靖難之役”。
朱棣奪得政權後稱帝，史稱明成祖，也稱“永樂皇帝”。後來朱棣遷都現在的北京，還主持編著了《永樂大典》。朱棣為了報答蒙古兀良哈三衛幫助其奪取皇位的功勞，還把寧王朱權在大寧的封地賞賜給了蒙古兀良哈三衛做了牧場。
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