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各地規定不同，企業執業藥師缺口不同。
根據國家藥監局執業藥師資格認證中心執業藥師官方註冊平臺數據，截至2019年3月26日，全國執業藥師註冊總人數為478477人，在經營環節（包括批發和零售）註冊執業的為462548人，數據看似不錯，但這其中卻包含著大量的註冊未執業的執業藥師（即掛證執業藥師），行業的真實現狀或許更讓人擔憂。
據瞭解，全國藥店完成“一店一師”的要求尚且困難，更別提一些地方的“一店兩師/多師”的規定，比如藥房同時出售中藥和西藥，需要聘請至少2名執業藥師的規定，蘇州最新要求醫保藥店至少有2名以上執業或從業藥師、中藥師（包括符合規定的遠程審方藥師），等等。而全國大部分城市的要求為至少一名執業藥師。
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不同地方規定不同，執業藥師的缺口也不同。
以發達地區深圳和欠發達地區貴州為例，據深圳某連鎖總經理介紹，截至2018年12月31日，深圳市有藥品零售企業6598家，註冊登記的執業藥師有6758人。但如果按分級分類管理模式，則需要24000名單獨的藥師，缺口其實很大；而貴州一家連鎖老總表示，截至3月22日，貴州零售藥店14352家，註冊在零售藥店的執業藥師僅為3924人，缺口10428人。駐店藥師也只能延長到2020年前，距離國家規定的每家銷售處方藥的藥店至少配備一名執業藥師的目標要求仍有缺口巨大。
“如果‘一刀切’的按現有執業藥師的相關要求去執行到位的話，中國將有上萬個鄉鎮未來一家藥店都沒有，超過10萬家中小藥店得關掉，或將帶來數以萬計的藥店停業以及數以萬計的藥店人員失業，大量農村的老百姓買藥都成了問題。”一位行業大佬表示。
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薪資上漲，經營成本飆升。
這次整治帶來的最直接的影響是執業藥師薪資迅速上漲，但高薪同樣招聘困難，各企業爭搶，甚至到了只要有證不論經驗的地步。
參考來自不同渠道的數據，2018年全國執業藥師的平均月薪在5100-5590之間，但是2019年3月份之後漲幅明顯，作為315事件的事發地，重慶執業藥師的月薪從4千多迅速漲到8千左右。在零售藥店比較活躍的江蘇、湖南等地，長沙由於考取了職業藥師證的人比較多，月薪維持在6千，但其他市州存在緊缺情況，一些地方全職執業藥師年薪已達到十萬，比如縣級市寧鄉。蘇州企業人力資源成本上漲厲害，到手月薪從以前的七八萬攀升到10-12萬。北京甚至一度傳出“店長兼執業藥師薪資待遇8000至22000元上不封頂，執業藥師薪資待遇6000至15000元上不封頂”的招聘消息，就連地處偏遠的貴州某地市也因為外來企業的爭搶，執業藥師崗位津貼翻了一番。在這種嚴查下，“掛證”的費用也水漲船高，據瞭解陝西某地級市掛證費用也由6千漲到了1.2萬。
薪資畸形上漲下，導致企業的人力資源成本居高不下，同時由於處方藥銷售下降，業績下滑明顯，很多企業苦不堪言。“人工成本在原有店數不變的情況下，每年一個門店人工成本就要增加2萬，如果門店以前執業藥師不在崗，現在需要重新配置執業藥師的話，成本則要增加七八萬。同時，為了穩定企業原有執業藥師，他們的薪資和福利也要增加，足額配備執業藥師之後，老闆給執業藥師打工的說法也不誇張。”一位西北地級市連鎖老總表示。
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區域配備差異化明顯。
根據《中國藥店》研究數據，按“一店一師”的最低標準框算全國零售藥店執業藥師配置率為92.18%，但執業藥師配備另一個不容忽視的現實問題是——區域發展的不平衡性。配置率較高的，比如上海、福建、陝西、天津、河南五省市，執業藥師配置率都超過120%；配置率偏低的，比如重慶、內蒙、海南等省市執業藥師配置率不足60%，而偏遠地區如雲南、貴州更是分別低至32.56%和30.60%。
鮮明的數據將執業藥師配備的地區差異展露無疑，面對這種巨大的差異性，如果用全國統一的標準要求所有企業則有失公平，在顧及政策嚴肅性的同時，各地結合實際情況推出一些靈活性措施，是行業主管部門制定政策不得不考慮的問題。
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銷售下滑，消費者不滿增加。
據多地藥店反映，目前應對自查和抽查、暗訪的方法就是停止銷售處方藥，一些地區連鎖嘗試用遠程診療系統或微信、視頻方式與醫生連接，雖然得到當地藥監局的默許，但由於不是很成熟，收效甚微。企業因無處方來源或無執業藥師，處方藥銷售業績損失20％的大有人在。
隨著整治展開，藥店不賣處方藥，立即引起尤其是慢病顧客的不滿，他們不得不到藥店排起長龍開處方，嚴防嚴控卻忽略了患者對便捷購藥的需求。“無處方不能買處方藥後，消費者反映很強烈，有的甚至反映國家一直說的要解決老百姓看病難、看病貴的問題，現在變成老百姓買藥難了，對於這個問題顧客非常不理解、不滿意，導致對我們連鎖的滿意度也有部分影響。”一位山東連鎖老總無奈的說。
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“掛證”猶在，政策嚴查下鋌而走險。
在執業藥師儲備數量難以瞬時增加、招聘困難的情況下，花離譜高價挖來閒置的執業藥師顯然一些企業也承受不起，同時，在國家嚴查的風聲下，仍有一小部分企業鋌而走險，選擇掛證。據悉，河北某知名大藥房執業藥師配備率是業界公認最高，但其執業藥師在職在崗數只能達到80%，此外，河北許多縣域及以下的連鎖藥店執業藥師在職在崗數甚至未達20%。企業無奈掛證的情況，仍較為普遍現象。
國家嚴管下，一些企業表示沒辦法，只能等政策。執業藥師缺口一時間難以補足，而就算費勁補足也沒有處方來源，左右都是死路，只能期待國家出臺合理的過渡政策，否則，查的太嚴只能逼著企業關門。
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