宗教改革後，歐洲信仰新教和舊教的人之間甚至國家之間都產生很大的分歧和矛盾。當時哈布斯堡家族一直佔據神聖羅馬帝國皇帝的位置，史稱哈布斯堡王朝。但在其統治下的德意志皇權已經日益衰微，各邦諸侯割據稱雄。信奉新教的諸侯和信奉舊教的諸侯相互爭鬥，並分別組成“新教聯盟”和“天主教聯盟”。
哈布斯堡王朝極力限制新教活動，爭取舊教諸侯重振帝國皇權，這引發了新教徒的反抗。衝突最先從波希米亞開始，波希米亞指的是中歐的一些地區，其中包括捷克的一部分。波西米亞於1526年併入神聖羅馬帝國，自那時起，波希米亞國王由神聖羅馬帝國皇帝兼任。1617年，神聖羅馬帝國皇帝馬任命哈布斯堡皇室的斐迪南大公為波希米亞國王，斐迪南是一名狂熱的天主教徒，他對波希米亞的新教徒進行大規模的迫害。於是在1618年5月23日，波希米亞首都布拉格的新教徒發動起義，併成立臨時政府，宣佈波希米亞獨立
1619年6月波希米亞起義軍進兵至哈布斯堡王朝的首都維也納近郊，並與當時已繼位為神聖羅馬帝國皇帝的斐迪南二世進行談判。斐迪南逼於形勢，在表面上假意答允進行談判，實際上在暗地裡向天主教同盟求助。不久，天主教同盟即出兵，起義者被逼退回波希米亞。
神聖羅馬帝國皇帝斐迪南在解除維也納之圍後隨即出兵反攻，而天主教同盟之一的西班牙亦出兵進攻幫忙。1620年11月8日，波希米亞軍隊與天主教同盟軍決戰，終為天主教同盟軍所敗，波希米亞則重新納入神聖羅馬帝國的版圖。1621年至1623年，天主教同盟軍再度擊敗新教諸侯的軍隊。至此戰爭的第一階段—捷克階段以哈布斯堡皇室為代表的天主教同盟軍獲勝為結束。
捷克階段的戰事雖然告終，但法國並不能容忍哈布斯堡帝國重新強大；而荷蘭則於1621年與西班牙開戰，仍未結束。丹麥和瑞典則不願看到神聖羅馬帝國皇帝再度在全國實施有效的統治。
因此 1625年法國提議英國、荷蘭與丹麥結成反哈布斯堡聯盟，丹麥負責出兵，而英國與荷蘭則在幕後支持，由此戰爭的第二階段—丹麥階段正式展開。
1625年信奉新教的丹麥王克里斯蒂安四世在英、法、荷三國的支持下與新教聯盟共同向神聖羅馬帝國皇帝發動進攻，很快便佔領德意志的西北部，與此同時，由英軍則佔領波希米亞西部。
開始時新教聯軍可說是節節獲勝，但是在1628年，神聖羅馬帝國皇帝僱用聲名顯赫的波希米亞貴族華倫斯坦為統帥軍，華倫斯坦不負其所望，於該年4月擊敗英軍，其後再擊敗丹麥，丹麥被迫於與神聖羅馬帝國皇帝簽定和約，並保證不再插手德意志事務。戰爭第二階段仍以神聖羅馬帝國勝利告終。
神聖羅馬帝國獲勝後，由於瑞典國王害怕從此神聖羅馬帝國會超越瑞典，取得在波羅的海的優勢地位。因此瑞典在法國的資金援助下，於1630年7月出兵，從而開始了戰爭的第三階段—瑞典階段。
瑞典軍隊由國王古斯塔夫二世·阿道夫率領，開始時打敗了神聖羅馬帝國的軍隊。1632年初，神聖羅馬帝國軍的統帥蒂利伯爵在列赫河戰敗身亡，瑞典軍佔領美因茨，在4月再攻陷奧格斯堡和慕尼黑。
神聖羅馬帝國皇帝在這危急存亡之際，再度起用原被貶斥的華倫斯坦為統帥，在紐倫堡會戰挫敗古斯塔夫。華倫斯坦在該年11月與瑞典軍進行會戰，可是瑞典再度獲勝，但同時瑞典軍的主帥古斯塔夫二世國王亦陣亡，從此瑞典軍喪失進攻能力，而華倫斯坦則退回波希米亞。
神聖羅馬帝國皇帝藉此機會聯合西班牙盟軍，在1634年9月大敗瑞典軍，逼使瑞典軍撤回波羅的海沿岸。戰爭第三階段—瑞典階段還是以哈布斯堡皇帝獲勝而告結束。
哈布斯堡皇室再次獲勝使得法國大為震驚，法國終於直接出兵，與瑞典聯合對哈布斯堡王朝作戰。從此戰爭進入第四階段—全歐混戰階段。
1636年～1637年，西班牙出兵法國，與神聖羅馬帝國由南北兩路夾攻，並且一度進逼至法國首都巴黎，但最後為法軍所敗。1638年8月法國海軍打敗舉世聞名的西班牙海軍，1639年10月西班牙海軍的主力更被原來籍籍無名的荷蘭海軍殲滅。1643年5月，法軍擊潰西班牙陸軍的主力，法國陸軍由此取代西班牙成為歐洲第一陸軍。
瑞典軍也再度擊敗神聖羅馬帝國軍，但此時丹麥王卻嫉妒瑞典軍的成果，並恐懼瑞典強大後，丹麥受其所制，因此乘瑞典軍攻進南德意志之際，向瑞典宣戰。丹麥曾於1644年擊敗瑞典與荷蘭的聯合艦隊，但其後丹麥海軍卻被重新組建的瑞荷聯合艦隊全殲。其後丹麥被迫停戰求和。
1645年3月，瑞典軍在波希米亞大敗神聖羅馬帝國軍同年8月法軍也擊潰神聖羅馬帝國軍，神聖羅馬帝國皇帝的德意志領土大部份被佔領。
1648年，法瑞兩國聯軍再次完勝神聖羅馬帝國軍。但戰至此時，雙方於該年10月雙方達成和解協議，締結了《威斯特伐利亞和約》，至此三十年戰爭完全結束。
三十年戰爭，推動了歐洲近代民族國家的形成，是歐洲近代史的開始。《威斯特伐利亞和約》的締結承認了神聖羅馬帝國統治下的許多邦國是獨立的主權國家。於是，在歐洲出現了為數眾多的獨立的主權國家。條約還確立了國際關係中的國家領土、主權與獨立等原則，被認為是近代國際關係的開端。威斯特伐利亞體系的影響持續到現在。
這場戰爭也改變了各國在歐洲的狀況，荷蘭的獨立受到保障，荷蘭不僅正式獨立，而且成為新的海上霸主。西班牙在戰爭中不論陸戰還是海戰均告失敗，從此失去了歐洲一等強國的地位。法國在這場戰爭中獲益最大，成為歐洲霸主。瑞典取得了德意志的波羅的海沿岸的大片土地，並因此成為了德意志的諸侯，可以隨時插手德意志的內部事務，並從此一躍成為北歐強國。
由於德意志是三十年戰爭的主要戰場，其經濟遭到極大破壞。這場戰爭使德意志各邦國大約被消滅了60%的人口，戰後神聖羅馬帝國只不過是一個空殼。帝國哈布斯堡家族皇帝的實際權力僅侷限於他們的家族領地
這場戰爭還產生了兩位著名的軍事家，一位是瑞典國王古斯塔夫·阿道夫，被稱為“現代軍事之父。另一位是華倫斯坦。一名德國化的捷克貴族，他具備優秀的統帥能力和組織才能。
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