宗教改革后，欧洲信仰新教和旧教的人之间甚至国家之间都产生很大的分歧和矛盾。当时哈布斯堡家族一直占据神圣罗马帝国皇帝的位置，史称哈布斯堡王朝。但在其统治下的德意志皇权已经日益衰微，各邦诸侯割据称雄。信奉新教的诸侯和信奉旧教的诸侯相互争斗，并分别组成“新教联盟”和“天主教联盟”。
哈布斯堡王朝极力限制新教活动，争取旧教诸侯重振帝国皇权，这引发了新教徒的反抗。冲突最先从波希米亚开始，波希米亚指的是中欧的一些地区，其中包括捷克的一部分。波西米亚于1526年并入神圣罗马帝国，自那时起，波希米亚国王由神圣罗马帝国皇帝兼任。1617年，神圣罗马帝国皇帝马任命哈布斯堡皇室的斐迪南大公为波希米亚国王，斐迪南是一名狂热的天主教徒，他对波希米亚的新教徒进行大规模的迫害。于是在1618年5月23日，波希米亚首都布拉格的新教徒发动起义，并成立临时政府，宣布波希米亚独立
1619年6月波希米亚起义军进兵至哈布斯堡王朝的首都维也纳近郊，并与当时已继位为神圣罗马帝国皇帝的斐迪南二世进行谈判。斐迪南逼于形势，在表面上假意答允进行谈判，实际上在暗地里向天主教同盟求助。不久，天主教同盟即出兵，起义者被逼退回波希米亚。
神圣罗马帝国皇帝斐迪南在解除维也纳之围后随即出兵反攻，而天主教同盟之一的西班牙亦出兵进攻帮忙。1620年11月8日，波希米亚军队与天主教同盟军决战，终为天主教同盟军所败，波希米亚则重新纳入神圣罗马帝国的版图。1621年至1623年，天主教同盟军再度击败新教诸侯的军队。至此战争的第一阶段—捷克阶段以哈布斯堡皇室为代表的天主教同盟军获胜为结束。
捷克阶段的战事虽然告终，但法国并不能容忍哈布斯堡帝国重新强大；而荷兰则于1621年与西班牙开战，仍未结束。丹麦和瑞典则不愿看到神圣罗马帝国皇帝再度在全国实施有效的统治。
因此 1625年法国提议英国、荷兰与丹麦结成反哈布斯堡联盟，丹麦负责出兵，而英国与荷兰则在幕后支持，由此战争的第二阶段—丹麦阶段正式展开。
1625年信奉新教的丹麦王克里斯蒂安四世在英、法、荷三国的支持下与新教联盟共同向神圣罗马帝国皇帝发动进攻，很快便占领德意志的西北部，与此同时，由英军则占领波希米亚西部。
开始时新教联军可说是节节获胜，但是在1628年，神圣罗马帝国皇帝雇用声名显赫的波希米亚贵族华伦斯坦为统帅军，华伦斯坦不负其所望，于该年4月击败英军，其后再击败丹麦，丹麦被迫于与神圣罗马帝国皇帝签定和约，并保证不再插手德意志事务。战争第二阶段仍以神圣罗马帝国胜利告终。
神圣罗马帝国获胜后，由于瑞典国王害怕从此神圣罗马帝国会超越瑞典，取得在波罗的海的优势地位。因此瑞典在法国的资金援助下，于1630年7月出兵，从而开始了战争的第三阶段—瑞典阶段。
瑞典军队由国王古斯塔夫二世·阿道夫率领，开始时打败了神圣罗马帝国的军队。1632年初，神圣罗马帝国军的统帅蒂利伯爵在列赫河战败身亡，瑞典军占领美因茨，在4月再攻陷奥格斯堡和慕尼黑。
神圣罗马帝国皇帝在这危急存亡之际，再度起用原被贬斥的华伦斯坦为统帅，在纽伦堡会战挫败古斯塔夫。华伦斯坦在该年11月与瑞典军进行会战，可是瑞典再度获胜，但同时瑞典军的主帅古斯塔夫二世国王亦阵亡，从此瑞典军丧失进攻能力，而华伦斯坦则退回波希米亚。
神圣罗马帝国皇帝借此机会联合西班牙盟军，在1634年9月大败瑞典军，逼使瑞典军撤回波罗的海沿岸。战争第三阶段—瑞典阶段还是以哈布斯堡皇帝获胜而告结束。
哈布斯堡皇室再次获胜使得法国大为震惊，法国终于直接出兵，与瑞典联合对哈布斯堡王朝作战。从此战争进入第四阶段—全欧混战阶段。
1636年～1637年，西班牙出兵法国，与神圣罗马帝国由南北两路夹攻，并且一度进逼至法国首都巴黎，但最后为法军所败。1638年8月法国海军打败举世闻名的西班牙海军，1639年10月西班牙海军的主力更被原来籍籍无名的荷兰海军歼灭。1643年5月，法军击溃西班牙陆军的主力，法国陆军由此取代西班牙成为欧洲第一陆军。
瑞典军也再度击败神圣罗马帝国军，但此时丹麦王却嫉妒瑞典军的成果，并恐惧瑞典强大后，丹麦受其所制，因此乘瑞典军攻进南德意志之际，向瑞典宣战。丹麦曾于1644年击败瑞典与荷兰的联合舰队，但其后丹麦海军却被重新组建的瑞荷联合舰队全歼。其后丹麦被迫停战求和。
1645年3月，瑞典军在波希米亚大败神圣罗马帝国军同年8月法军也击溃神圣罗马帝国军，神圣罗马帝国皇帝的德意志领土大部份被占领。
1648年，法瑞两国联军再次完胜神圣罗马帝国军。但战至此时，双方于该年10月双方达成和解协议，缔结了《威斯特伐利亚和约》，至此三十年战争完全结束。
三十年战争，推动了欧洲近代民族国家的形成，是欧洲近代史的开始。《威斯特伐利亚和约》的缔结承认了神圣罗马帝国统治下的许多邦国是独立的主权国家。于是，在欧洲出现了为数众多的独立的主权国家。条约还确立了国际关系中的国家领土、主权与独立等原则，被认为是近代国际关系的开端。威斯特伐利亚体系的影响持续到现在。
这场战争也改变了各国在欧洲的状况，荷兰的独立受到保障，荷兰不仅正式独立，而且成为新的海上霸主。西班牙在战争中不论陆战还是海战均告失败，从此失去了欧洲一等强国的地位。法国在这场战争中获益最大，成为欧洲霸主。瑞典取得了德意志的波罗的海沿岸的大片土地，并因此成为了德意志的诸侯，可以随时插手德意志的内部事务，并从此一跃成为北欧强国。
由于德意志是三十年战争的主要战场，其经济遭到极大破坏。这场战争使德意志各邦国大约被消灭了60%的人口，战后神圣罗马帝国只不过是一个空壳。帝国哈布斯堡家族皇帝的实际权力仅局限于他们的家族领地
这场战争还产生了两位著名的军事家，一位是瑞典国王古斯塔夫·阿道夫，被称为“现代军事之父。另一位是华伦斯坦。一名德国化的捷克贵族，他具备优秀的统帅能力和组织才能。
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