棚室的氣候特點是高溫、高溼、弱光，在這種條件下極易引起棚室番茄的莖葉過於繁茂，側枝大量發生，形成瘋秧，從而導致成熟偏晚，且果小、品質差，所以必須及時對棚室番茄進行整枝。整枝的主要目的是協調好營養生長與生殖生長的矛盾、改善棚室的通風透光條件、減少病害發生、提高番茄產量和品質。
番茄的整枝主要是通過打杈和摘心來實現的，不同的打杈和摘心方法就形成了各種不同的整枝方法。
1 單幹整枝法
每株只留一個主幹，將所有的側枝都陸續打掉。等主幹留有一定的果穗數後，在封頂果穗上部再留2片葉摘心。單幹整枝的優點是枝葉少，適於棚室早熟、密植栽培，但因保苗數量大，故育苗成本也相應提高，這是目前棚室番茄生產上普遍採用的一種整枝方法。單幹整枝法根據定植密度和單株留果穗數又可分為3種類型。
（1）適度稀植： 3.3～5.25萬株/hm2，每株留果8～12穗，這是棚室長季節和冬春茬越夏延秋栽培的常用形式，但由於靠上部的花序坐果率低，果實較小，病害較重，因此這種栽培形式對品種的要求嚴格；
（2）中度密植：5.25～7.5萬株/hm2，每株留果2～3穗，這是番茄生產最主要的形式；
（3）高度密植：7.5～12萬株/hm2，每株留果1～2穗，冬春棚室早熟栽培的常用形式，這種形式雖然用苗量很大，但提早成熟，且熟期集中，前期產量較高，經濟效益較好。
2 雙幹整枝法
選留第一花序下的第一側枝，作為第二主幹結果枝，由於這個側枝生長髮育快，很快就可與原來的主幹平行生長，故稱雙幹。
雙幹整枝適用於生長勢強、種子價格昂貴的中晚熟品種；對於潮溼多雨，勞力較少，育苗條件不足的地區，也可採用雙幹整枝法。雙幹整枝法的優點是可增加結果數和產量，節省種子及育苗費用，缺點是熟期嚴重推遲，早期產量和總產量偏低，故生產上應用較少。
3 一干半整枝法
保留主幹上第一花序下的第一個側枝，在側枝上留果1～2穗，封頂果穗前留2片葉摘心。該整枝法兼有單幹和雙幹整枝法的優點，即早熟又高產，因為第二側枝上的第一穗果的生長髮育早於主幹上的第三穗果。在棚室生產中，如果株距偏大或缺苗斷壠時，邊株可採用一干半整枝法進行補救。
4 改良單幹整枝法
整枝方法同一幹半整枝，即在主幹進行單幹整枝的同時，保留主幹上第一花序下的第一側枝，並留2～3片葉掐尖，這個側枝僅作營養枝使用，該法適用於生長勢弱的早熟品種。
5 二穗間歇整枝法
在主幹第二穗花上留2片葉摘心，保留主幹第二花穗下的第一個側枝，在側枝的第二穗花上也留2片葉摘心，打掉其他所有側枝。在棚室早熟栽培同樣留4穗果的情況下，這種整枝方法與主幹上連續留四穗果的整枝方法相比，前兩穗果早熟，後兩穗果晚熟，就可將番茄果實的上市時間與別人番茄的產量高峰錯開，有利於提高產品的競爭能力。
長季節栽培的棚室番茄，當主幹結果穗數超過4穗時，上面的花穗由於離根部漸遠，坐果率漸低，果實發育漸差，且易產生空洞果、腐爛果等。針對這一問題，可在第二花序的第一朵花即將開放時，在第二花穗後留2片葉摘心，以此作為第一基本結果枝；保留第一花序下邊的第一個側枝，在側枝的第二穗花上也留2片葉摘心，作為第2個基本結果枝；保留第三花序（第三基本結果枝上的第一花序）下的第一側枝，在側枝的第二穗花上也留2片葉摘心，作為第三個基本結果枝。每株番茄保留4～5個甚至更多的基本結果枝。基本枝選留好以後，其他側枝應及時打掉。
基本枝的摘心時間是在各基本枝的第二花序的第一朵花即將開放時進行，這樣不僅使第二花序易坐果、果實易膨大，而且在時間上也與以後將要利用的從基本枝長出的側枝的時間相吻合，易於整枝。
6 結果枝確定以後還要做好“扭枝”工作，這對形成基本株形極為重要。扭枝是在第一花序開花時，用手捏住主莖和結果枝的分杈處，把莖輕輕向右或左擰半圈，扭枝應在下午高溫時進行，並分兩次到位，以免扭傷結果枝。扭完枝後結果枝與主莖呈直角或微微下垂，並分佈到植株兩邊的大小行間。通過扭枝可以大大增加結果枝的承載能力，提高坐果率，促進果實膨大。若不扭枝，則結果枝會因果實的不斷增重而易從分枝部位折斷。
此法又可根據各結果枝留果穗數的多少分為連續兩穗果摘心整枝法，即每個結果枝都留2穗果；連續2穗和3穗交替摘心整枝法，即第一、三、五結果枝各留2穗果，
7 換頭再生整枝法
棚室番茄由於受品種和栽培條件的限制，單株同時留果數往往不能太多，同時秋茬番茄因高溫育苗困難。針對這些情況可採用換頭再生整枝法，可以使生產繼續進行，又不影響早熟性和早期產量，經濟效益顯著提高。
7.1 基部換頭再生
也叫留二茬果或老根再生。在頭茬番茄採收完以後，馬上在靠近地面10cm左右處將植株剪掉，然後加強肥水管理，大約10d左右即發新枝，選留1個健壯的枝條，採用單幹整枝法繼續生產。這種方法頭茬果與二茬果的採收間隔70d左右（正是每年番茄價格最低的時期），使棚室番茄的產量形成間斷的2個高峰，可用於棚室番茄春提早越夏延秋栽培。其缺點是頭茬果與二茬果的採收間隔太長，故不適於溫室越冬栽培。
7.2 中部換頭再生
也叫留枝等果整枝法。當主幹上第三花序上面留2片葉摘心，選留第二和第三花序下面的兩條第一側枝進行培養，並對這兩條具有較強生長優勢的強壯側枝實行“留1片葉後摘心的等果抑制措施”，即側枝長出後留1片葉摘心，待這片葉的葉腋長出二級側枝後，再留1片葉摘心，一般情況下連續打頂2～3次即可。待主枝果實採收約50%～60%時，引放這兩條側枝，不再摘心，讓其儘快生長、開花結果，每條側枝可視情況各留2～3穗果，並在花穗後留2葉摘心。
7.3 上部換頭再生
單幹整枝，在主幹的第三花序上面留2片葉摘心，打掉第二穗花序以下的所有側枝，第二花序以上的側枝均留1片葉摘心，側枝再發的側枝再留1片葉摘心。當第1穗果開始採收或植株長勢衰弱時，同時引發第二穗果以上的所有側枝，每株選留1～2個長勢強壯、整齊、花序發育良好的側枝作為新的結果枝繼續生產，其餘側枝均打掉。新的結果枝每條一般留2～3穗果後留2片葉摘心，隨著新的結果枝的生長，逐漸摘除下部的老葉、病葉，以利通風透光。此法適用於溫室番茄栽培，主幹上的第三穗果和側枝上第一穗果的採收間隔期一般為15d左右。第四穗果採收後，還可再培養側枝作為結果枝繼續生產。
如果主幹第二穗果以上的側枝引放不出來時，也可留下部側枝作結果枝，但留枝應儘量高，不宜太低，否則植株鬱閉，通風透光不良，側枝將影響主幹的生長髮育，主幹也影響側枝的開花結果，所以一般要求主幹和側枝儘量互不遮擋。
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