1368年明太祖朱元璋稱帝，建立明朝，國號為大明，因皇室姓朱，又稱朱明，定都於應天府（今南京）；1420年明成祖朱棣遷都至順天府（今北京），以應天府為陪都。明初歷經洪武之治、永樂盛世、仁宣之治等治世，政治清明、國力強盛；中期經土木之變由盛轉衰。明代疆域東北抵日本海、外興安嶺，後縮為遼河流域；北達戈壁沙漠一帶，後撤至明長城；西北至新疆哈密，後退守嘉峪關；西南臨孟加拉灣，後折回約今雲南境；明代極盛國土面積約達一千萬平方公里。明代手工業和商品經濟繁榮，出現商業集鎮和資本主義萌芽，文化藝術呈現世俗化趨勢。
東勝衛
明朝初年的洪武、永樂年間，屢次對退居漠北的故元勢力實行“犁庭掃穴”式的征戰，在沿邊一帶設立了許多防止蒙古侵擾的軍事衛所，鄂爾多斯地區曾屬於東勝右衛（今準格爾旗十二連城）和東勝左衛（今托克托縣）所轄。以後，明朝又陸續沿長城一線設置了九個軍事重鎮，稱為“九邊”，鄂爾多斯地區的明長城屬於明代延綏鎮（即榆林鎮）和寧夏鎮管轄。
十二連城古城東牆及夯土層
明蒙對河套的爭奪
15世紀中葉，在蒙古高原地區，故元勢力已衰弱，而蒙古各部的互相爭雄卻愈加激烈，其中主要有瓦剌、韃靼、兀良哈三部。在互相征戰中，西部地區的瓦剌部日益強大起來，並曾一度統一了蒙古。瓦剌部首領也先於1449年，與明英宗在土木堡（今河北省懷來縣）交戰，大敗明軍，俘獲英宗，明朝的勢力受到嚴重挫折，史稱“土木之變”。為了抑制瓦剌部的勢力，切斷它繼續向東擴張的通路；更因為鄂爾多斯地區宜農宜牧、水草豐美；從15世紀60年代開始，韃靼部的蒙古諸部先後入居鄂爾多斯地區，最終佔據了河套，明朝政府為了固守西北邊疆，曾多次用兵“剿套”、“搜套”、“復套”，這一斗爭延續了百年之久。
明朝棄套
面對蒙古諸部入居河套後欲戰不成、欲罷不能的局面，明朝延綏巡撫左副都御史餘子俊上奏說：到成化八年（1472年），屯駐延綏徵套的士兵已達8萬，一年之內就需糧銀94萬，草銀60萬，運糧運草又得耗銀825萬，而這樣的巨資耗費，卻不見成效，蒙古諸部反而在河套內的勢力越來越大。因此，他上書請明廷在河套南部築牆建堡，設一道防線以御蒙古，明憲宗准奏。餘子俊便在成化九年，乘滿都魯部等出套之機，立即興役修築邊牆，動用了4萬役軍，用了不到三個月的時間，修起一條“東起清水營（今陝西府谷），西抵花馬池（今寧夏鹽池）延袤千七百七十里”的邊牆。邊牆的修築雖然加強了對蒙古的防衛，卻用高牆壁壘隔絕了中原與邊疆的交通，阻礙了蒙古族與中原漢族人民的正常往來，也造成了明朝倚牆而守，任由蒙古諸部入居河套的形勢。這就是明史上所說的“棄套”。
鄂爾多斯明長城高峻牆體
鄂爾多斯部入居河套
“鄂爾多斯部”是成吉思汗汗庭、以及祭祀宮帳鄂爾多的守護群體。鄂爾多斯部為來自大蒙古國各萬戶、千戶選派出的，守護成吉思汗最忠誠的部隊。這支精銳衛隊，為成吉思汗四大鄂爾多服役，其後裔，世世代代繼承了祖先的職業，一直聚集在成吉思汗祭祀宮帳周圍，形成了守護諸多宮帳的部——鄂爾多斯。成吉思汗及其眷屬相繼去世以後，守護宮帳的這些人繼續為主人的宮帳服務，即守護和祭祀靈帳。15世紀中葉，大批鄂爾多斯人帶著成吉思汗四大鄂爾多，進入黃河寶日陶亥（河套）地區，定居在這裡。因而，河套地區也隨之稱為鄂爾多斯。
歷史上的成吉思汗八白宮
15世紀中葉，蒙古各部封建主的爭戰引起了廣大蒙古人民的不滿，他們渴望安定和統一。1468年，一些蒙古封建主推舉巴圖蒙克為可汗，稱達延汗。達延汗為了推行統一事業，進行了一系列征戰，對右翼三部進行討伐並收服，這其中就包括收服鄂爾多斯部。1510年，達延汗控制了蒙古各部，重新劃分了六個萬戶，達延汗設帳於右翼的察哈爾萬戶境內，任命他的第三子巴爾斯博羅特為統領右翼三萬戶的濟農，右翼三萬戶的鄂爾多斯萬戶駐河套地區。1532年，巴爾斯博羅特死後，他的長子袞必裡克墨爾根承襲濟農位，號稱徹辰汗，統領鄂爾多斯萬戶，這便是鄂爾多斯部封建立主的始祖。
從此以後，鄂爾多斯部一直沒有離開過河套地區，他們在這裡經營畜牧業，同漢族進行經濟文化交流，共同開發河套地區，對這一地區的歷史發展產生了深遠影響。
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