所谓“农产品”的范围，指的是初级农产品，具体范围依据《财政部、国家税务总局关于印发的通知》（财税字[1995]52号）来界定。关于企业取得农产品发票的进项税抵扣，可以总结为以下两类情形：
一、凭票抵扣
1、取得一般纳税人开具的专用发票
纳税人购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。2019年4月1日以后，农产品的适用税率调整为9%，企业按发票注明的税额抵扣即可。
申报注意：取得此类发票要扣税需在发票开具之日起360天内，在增值税发票综合服务平台上进行申报抵扣勾选。
2、进口农产品取得海关进口增值税专用缴款书
纳税人购进农产品,取得海关进口增值税专用缴款书的，以海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。2019年4月1日以后，农产品的适用税率调整为9%，企业按海关进口增值税专用缴款书注明的税额抵扣即可。
申报注意：海关进口增值税专用缴款书实行“先比对后抵扣”的管理办法，增值税一般纳税人进口货物取得海关进口增值税专用缴款书，应自开具之日起360日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
二、计算抵扣
1、从小规模纳税人处取得的专用发票
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。此类发票不是按照票面注明的税额来扣税，而是计算税额抵扣。比如:取得一张征收率是3%，价税合计金额是10300元的农产品专用发票，销售额（不含税金额）10000元乘以扣税率9%，计算得出的900元作为进项税额，而实际支付的价税合计金额10300元减去900元的余额9400元作为成本费用入账。
申报注意：现取得此类发票用于抵扣，在综服平台上直接选择“不抵扣勾选”，然后计算出的税额直接填写在：增值税申报表（附表二）的第六栏“农产品收购发票或者销售发票”。2、购进农业生产者自产的农产品取得（开具）的销售发票或收购发票
2、购进农业生产者自产的农产品取得（开具）的销售发票或收购发票
增值税一般纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。此类发票税率栏显示的是免税。从票面形式看就是一张增值税的普通发票（收购发票左上角有“收购”二字），可抵扣的税额需要计算得出。比如：取得一张金额是10000元的农业合作社开具的农产品发票，购买方可抵扣的税额=10000×9%=900（元），10000减去900的余额9100元作为成本费用入账。
申报注意：此类发票是增值税普通发票，所以无需在综服平台上进行抵扣勾选，其税额的抵扣也没有时间限制，需要抵扣时直接填写：增值税申报表（附表二）的第六栏“农产品收购发票或者销售发票”。
另外还要补充三点：
1、对于取得上述两类可用于抵扣的农产品扣税凭证，如果农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，2019年4月1日以后，在领用农产品环节，可再加计1%作为进项税额。加计的1%直接填写：增值税申报表（附表二）“8a”栏。
2、上述两类农产品进项税额以及符合条件可加计的1%进项税额，都可以做为生产、生活性服务业纳税人或生活性服务业纳税人适用加计抵减政策，计算可加计抵减额的计算基数。
3、如果纳税人按照《关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税[2012]38号），纳入农产品核定抵扣试点范围，试点纳税人购进农产品不再凭前述增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，而采取核定扣除的方法计算抵扣进项税。
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