黑水城始建於西夏時期，位於河西走廊的北端，今內蒙古自治區額濟納旗達賴庫布鎮東南約25公里處的荒漠中，歷史上這裡曾是一片宜農宜牧的綠洲。當時西夏王朝在這裡築城設防，設置了“黑水鎮燕軍司”，發展到元朝時，忽必烈進行了擴建，在此設置“亦集乃路總管府”。這是一座用党項人語言命名的城市，西夏語稱黑水為“額濟納”，黑水城就是額濟納城，蒙古語則稱為“哈拉浩特”。
元朝滅亡以後，昔日的綠洲被沙漠吞噬變成荒漠，黑水城也就成為了一座廢城。黑水城在夏元時期繁榮穩定發展了350餘年，留下了大量珍貴的文獻，因黑水城極度乾旱的內陸性沙漠氣候，使得埋藏在地下荒漠中的文獻得以保存下來，這就是揚名海內外的“黑水城文獻”，直到20世紀才被發現。
1908年，俄國皇家地理學會會員科茲洛夫受沙皇指派來到中國，此時的中國正處清朝末期，政治十分腐敗。科茲洛夫率隊來到西夏黑水城遺址，買通當地的清政府官員，獲得了在中國的文物發掘權。在黑水城遺址，他們挖掘出大批西夏文獻，運回了當時俄國的首都聖彼得堡，此時俄國的專家們還無法認識這批文獻中的西夏文字，但推測這種文獻應該具有很大的科學價值，所以指令考察隊回黑水城繼續挖掘。
1909年，科茲洛夫率隊再次進入黑水城遺址，對黑水城進行了更為廣泛的挖掘。在這個時候，他發現了城外的一座佛塔，打開以後，裡面藏著大量的藏書、經卷、畫像等古書。兩次挖掘，科茲洛夫獲得8000多號文獻，近千件藝術品，取得了舉世聞名的重大發現。這些文獻資料現存放在俄羅斯科學院東方學研究所聖彼得堡分所，文物藝術品則存放在愛爾米塔什博物館。值得注意的是，科茲洛夫雖然在黑水城文獻的挖掘上取得巨大成功，可是兩次挖掘，他都沒有事先計劃，沒有詳細地記錄當時的文物及其出土地點，致使文物處於雜亂無章的狀態，後人無從追溯。
1914年，英國探險家斯坦因也來到黑水城進行考古活動。他從黑水城裡的寺廟和廢棄的佛塔裡發現了大量的西夏寫本，其中包括西夏文寫本1100件，西夏文印本300件，漢文寫本59件、印本19件，吐蕃文寫本13件。此次挖掘成果頗豐，現藏於英國國家圖書館東方部和印度事務部，數量達4000號以上。
值得一提的是，斯坦因的發掘與科茲洛夫不同，他在挖掘的過程中，還是比較嚴格地遵守了考古挖掘的程序，在挖掘過程中做了詳細的記錄，以至於後人可以追溯他的挖掘過程。也可以說斯坦因的發現是對當初科茲洛夫的挖掘成果的一種補充。
1924年，美國華爾納到黑水城進行發掘，撰寫出《遙遠的中國之路》（TheLongRoadinChina）。
1927年，由瑞典人斯文赫定和中國北京大學教務長徐炳昶組成中瑞西北科學考察團，兩人共同擔任團長，考察了以黑水城為中心的額濟納河下游地區。在這一次的考察活動中，中方的考察人員黃文弼發現了許多殘片，現在也收藏在中國社會科學院考古研究所，這可以說是中國人第一次參與考察黑水城遺址。
新中國成立以後，國內對黑水城遺址進行了多次考察。1962年和1963年，內蒙古文物工作隊先後兩次派人員對黑水城遺址進行考古發掘，於1963年秋挖掘到少量文書，現收藏於內蒙古文物考古研究所。
1978年，甘肅省博物館與中國科學院沙漠研究所等單位聯合到黑水城遺址進行了考察，1979年，甘肅省文物工作隊在黑水城內獲得少量文書，兩次發掘到的文書一同收藏在甘肅省博物館。1983年和1984年，內蒙古自治區的文物考古研究所和阿拉善盟的文物工作站組成考古隊，先後兩次對黑水城遺址進行了大規模挖掘，出土近3000件文書，其中漢文文書達2200餘件，還有西夏文、畏兀兒體蒙古文、巴斯八字、藏文、古阿拉伯文等其他民族文字的文書，現分藏於內蒙古自治區文物考古研究所、阿拉善盟博物館和額濟納旗文物管理所，這是中國考古工作者第一次對黑水城遺址進行全面、系統、科學的考古發掘。
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