滾球佩
首先進化論的推演是不嚴謹的
一直是似是而非，都是看似有道理，但是仔細追究又不嚴謹，比如人是猩猩進化而來的，因為猩猩和人類最像，但是這種是沒有必然聯繫的。按進化論的來，進化是在一直進行的，但是人類這麼多年為什麼沒有一項記錄說有一隻黑猩猩進化成人類的。難道黑猩猩覺得人類已經進化的夠多了，所以它們就停止進化了？
人類一直沒有發現過進化過渡類型的化石
進化既然是一直在進行的，那總有中間物種吧，但是一直沒有發現。比如是人類，既然是猩猩進化成的人類，總不是突然一天一部分猩猩變成人類的吧 那就不是進化論了，可能是外星人施法變的了。沒有發現類人猿化石，其實基本人類是猩猩進化來的就是不成立的。
其實有很多直接的證據證明進化論是錯誤的，比如1880年，美國加利福尼亞的太波山下出土了許多精巧的石器工具，鑑定後確認這是5500萬年前的遺蹟，完全打破了進化論里人類進化的體系。
雖然進化論不太完美，甚至有很多漏洞。但是人類從哪裡來，到哪裡去這個問題是人類的終極問題。在沒有更有說服力的理論之前。人類只能給自己一個自圓其說。
散修
很高興回答你的問題。
其實進化論是現在最科學和經得起考究的一門學科了。在任何高校裡，反對進化論的都很少。考古、古氣候學、基因學等層面的研究，都在一定程度上支撐著進化論。
那麼進化論還存在什麼樣的漏洞，或者bug呢？
仔細研究下進化論，就不難發現，這個問題的核心來自於：
進化的中間產物。
是的，鹿進化成長頸鹿的話，那麼你見過半長不長的中間體的化石麼？蟲子進化成魚，你見到了有報道發現有腮的蟲子的化石麼？
所以，這種進化中間的副產品、或者說異類，如果數目過少，那麼就很難在基因表達上佔優，也就不存在後面新的種族。但如果數目很多，就不應該在考古過程中，無法找到證明這個進化中間產物存在的證據！
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畢竟，我辣麼萌~
不哈韓的小韓
按照地球生命進程來看，人類發現的最早的生物化石證明，地球生命起源於35億年前，17世紀，有一位學者寫下了著名的“生命配方”：把一件髒衣服放進容器，接著添加一些小麥，發酵21天，老鼠就會從中誕生。
然而最近，科學家在格陵蘭西部地區發現的證據顯示，生命可能早在大約38億年前就已在地球上存在。他們便是微生物生命。不可思議的是，它們在地球所遭遇的有史以來最猛烈的轟炸中，竟然能存活下來。而就是在這次轟炸中，一個像火星般大小的巨型岩石衝撞了地球，地球的外層因此氣化，碰撞產生的殘骸則聚合成了月球。這次碰撞的力度是如此之巨大，如果此前地球上存在過任何構築生命大廈的“磚頭”的話，這些“磚頭”都必定會在這次大碰撞中全軍覆滅。這就不由得讓人猜測：“生命大廈”的“奠基石”並不是在地球上鑄造的，而是來自於外太空。
需要經歷10億年至20億年時間，原始微生物所產生的氧氣數量才足以改變整個地球大氣層。正是因為細菌們長期不懈的辛勤工作，才為我們所熟悉的多細胞生物——動植物以及這些動植物所賴以生存的環境的出現奠定了基礎。總而言之，微生物統治地球達30億年以上，也就是地球歷史的三分之二。
那麼如此來推算的話，地球距今已經有46億歲了；
上圖為草履蟲，最早的單細胞微生物生命距今38億年；
根據不同時期說法不同，暫且算多細胞生物距今可能有21億年；
最早的脊椎動物化石，距今5.1至5.2億年左右。就是上圖的樣子。
最早的爬行動物，距今大約3億年。
現代人類最早的化石，僅僅在距今大約8萬至12萬年前。
按著這個發現的時間比例來講，從猿猴進化成人是不可能的，那麼所謂的進化，也僅僅是從原始人類進化成現代人類。
花馥郁水潺潺
說到進化論最被大家詬病的地方，大概就是“進化”這個詞了。因為現代綜合進化論認為，生物是隨環境變化產生的生存壓力而不斷演化的。這個“演化”和“進化”相差甚遠。因為演化是沒有從低級到高級這一說的，只是環境變化決定了生物的發展方向，而突變的基因使生物基因庫（基因庫指的是這個物種所有基因的出現頻率）頻率發生變化，最終發生質變的結果。比如說現在一些溶洞中發現的魚類和蝦類，因為不需要眼睛，所以紛紛退化了，身體也變得透明。這不是變低級了，而是依舊遵照演化規律。但可惜的是，進化這個詞被大家所熟悉，無法改變，所以就將錯就錯了。這跟大熊貓的叫法有些類似（按照分類，大熊貓應該是大貓熊）。當然，這些都不是事，最多容易誤導大家，覺得生物一直在有意識得進化一樣。
不過，說到漏洞，進化論當然也有，需要後人修修補補不斷完善，這很正常。任何理論都不是一次成型的，達爾文也只是發現了這個規律，但是在細節上有點讓現代的科學家頭疼。說幾個爭議比較大的給大家做一個參考吧。第一，按照達爾文進化論觀點，演化是一個漫長的過程，是不斷循序漸進發展出來的。所以，用它解釋寒武紀脊索動物成指數爆發出現有些困難。這就是達爾文當時沒有想到的。所以現代綜合進化論對這一點做出了修正，認為生物在突然獲得某種決定性轉變的時候，發展會出現跳躍式前進。比如當單細胞生物接納了線粒體（線粒體原本是原核生物，結果和其他細胞共生，變成了細胞的“能量工廠”）就是一個里程碑式的轉變。所以在物種演化上存在瓶頸效應，而這就是給達爾文進化論貼上的補丁。此外，為什麼找不到中間過渡物種，也可以用這種效應解釋。不過，說實話，人類對一種東西的演化歷程的把握，已經可以回答這個問題。那就是對於曾經人類的頭號殺手，鼠疫的研究。近萬年的演化過程之清晰，讓人咋舌。
所以，漏洞這件事，就是科學家在努力研究的東西。一個完美的理論只配寫在教科書裡，而科學家面對的永遠都是矛盾與困惑。
細思極趣
之前看過一個文章，最大的缺陷是地質化石證據的缺失，比如雞鴨鵝都是從同一種鳥類演化來的，那麼根據達爾文的理論，除了雞鴨鵝，中間進化的過程中還會有雞頭鴨身，鵝脖雞身，鴨頭鵝身等各種各樣的形態存在，最終雞鴨鵝被自然選擇存活到了今天。但是基因突變是隨機的，要產生雞鴨鵝這三種動物，可能需要產生數億個物種，打個比方，1到1000你隨意選擇3個數字，我來猜是哪三個，猜中的概率是十億分之一，那麼除了猜中的那次，剩下的數字算是廢棄品，同樣，產生雞鴨鵝的過程需要無數的廢品，都被自然選擇在億萬年中淘汰掉了，那麼如果你去挖，雞鴨鵝的化石一定是遠遠少於這些過渡物種的，可是事實是，我們從來沒有發現過這些過度物種的證據，這是這個理論最大的bug。達爾文的信徒以地質勘探不足為理由搪塞，實際上我個人覺得完全是扯淡，當然雞鴨鵝只是比喻，今天能挖出猛獁象的化石，怎麼就沒挖出一個物種向猛獁象演變的化石呢？按說進化過程中的廢品淘汰品數量級要遠超過最終成品呀！反正進化論我個人是不信的，只是現在學術界也沒有更靠譜的理論，大家只能選擇相信，哈哈
傾慕寒
一個西方人，一次去旅遊，在旅途中閒著無聊，看見幾只動物，然後就回家意想，是不是有幾隻差勁的猴子被猴群趕出了森林後，來到平原先是在地上爬行，後來慢慢直立行走，最後變成了類，聰明體格強壯的還在森林中吃著野果，然後叫獸們一聽言之有理。
邊疆老哥
這個問題也一直是我最關心的問題，我可以先簡單的回答一下。
這裡的生物進化論應該特指達爾文的生物進化論。達爾文的生物進化論有一個核心:自然選擇。通俗的說就是達爾文認為所有物種都是從一個或幾個極少的原始生物演變而來的。
達爾文生物進化理論從誕生第一刻起，就是不完美的，在達爾文的《物種起源》裡，達爾文自己也說到沒有搞清楚寒武紀生命大爆炸這一現象，並且當年達爾文把初稿送給當時著名的考古學家，古生物學家路易斯.阿加西斯，阿加西斯認為化石記錄尤其是寒武紀生物大爆炸的化石記錄是達爾文理論裡無法逾越的難關。
達爾文的自然選擇產生新物種取決於三個不同因素:隨機產生的變異，變異的遺傳可能性，生存競爭。並且認為新物種的產生是一個漫長的積累過程。
現在所有的化石記錄均不能支持達爾文的觀點，沒有中間形態物種的化石。現實中我們看到的新物種的產生都是一代產生的，植物裡面的月見草，動物裡面兩棲動物的孤雌生殖等現象都是一次突變產生新物種。
從分子生物學角度來看隨機產生的變異的話就更有意思啦，基因個別鹼基產生的突變，大部分是無義突變和有害突變，並且突變一般產生的是新基因型，改變的只是基因的分佈頻度，地理隔離無非造成的是基因的漂移，產生不了新基因，這樣的小變異產生不了新物種，只會豐富物種多樣性。
人和大猩猩的基因同源性在98%以上，但是是兩個物種，唯一的差異是人是23對染色體，而大猩猩是24對，微觀上看感覺是大猩猩和人的共同祖先的兩對染色體融合成一對染色體，即人的第二對染色體，導致人類的產生，但是像染色體級別的突變全部是有害突變，就有些像遺傳物質界發生了一次大的大陸板塊漂移一樣，這樣的發生概率本身非常的低，99.99%概率都是致死突變，如果歷史上真的是在自然的情況下發生的，就需要這樣的假設，第一，在同一個時間點，上下左右不超過20年吧，不然跨代太多啦，第二，同一個地點，不能超過100公里吧，古代有沒有電話什麼高科技，第三，並且是男女同時發生了相同的位點融合;第四，媒婆還必須讓他們看上眼了並結合啦;第五，女方還必須要多子女或者，方圓百里同時產生了好多對這樣的突變才行，不然沒法產生下一代呀。
我假設說完了，大傢什麼感覺，這不像大自然的事件，倒像是實驗室的工作吧。
不知道有沒有提說過最簡機械理論，就是說一個有功能的機械裝置所需要的配件一個都不能少，少一個便不能工作，生命也是這樣由不同的機械裝置做成的，比如細菌的鞭毛，就是一個最簡單的搖動裝置，由如干個不同功能的蛋白組合在一起起到鞭毛擺動的功能，一旦缺少一個蛋白，鞭毛就無法工作，對於細菌來說就是有害突變，並且這幾個蛋白必須同時正確的產生，並且還是有目的性的。大自然有這麼智慧嗎？有沒有感覺有點實驗室的味道呢？
表觀遺傳學的研究越來越熱，隨著研究的深入發現所謂表達蛋白的基因的作用越來越小，基因的調控越來越複雜，如果把遺傳物質(基因)看成一個菜譜的話，我們發現我們還沒有找到廚師，到底是誰在決定什麼時候做什麼菜，什麼時候上菜，菜做多少量，菜譜(基因)裡面並沒有記載。
隨著表觀遺傳學學的深入研究，拉馬克的用進廢退的觀點也並非一無是處，環境或食物對人的影響是可以遺傳的，生命科學的研究越來越進入了玄學，但也越來越清晰啦。
我舉過智能機器人的例子來形容達爾文的進化論，可以參看我的微頭條。
不在多說了，達爾文的進化論現在來看漏洞百出，只能解釋一個物種的演化，解釋不了物種的產生，這也許就是達爾文進化論所面臨的現狀。
天書譯者寒武哥
從小就學進化論，曾經對達爾文的這套理論深信不疑。後來知道遺傳基因了，覺得進化論確實有所遺漏。人類和黑猩猩的基因很相似，於是有人猜測這是“進化”的結果。不過進化幹嘛力量變小了，身上的毛也進化掉了？身上有毛可以抵禦寒冷啊。人類的視力、嗅覺、聽覺都不咋樣，不是說物競天擇、適者生存嗎？還有，人生孩子很吃力，怎麼可以這樣進化呢？還有，熊會冬眠，這種過冬方式挺不錯的，如果有人說這是進化的結果誰信啊？冬天到了，老虎獅子老鼠狐狸和人一起冬眠，不會冬眠的物種都滅絕，那才叫進化論。還有海龜生蛋，這都是什麼落後的繁殖方式，早就該進化了。大象的長鼻子你非要說是進化出來的，我只有呵呵了，看看章魚的觸手那才叫進化，有你進化鼻子的功夫咱進化幾條觸手不好嗎？
遠非71793
達爾文的進化論的缺陷應該是完全否定“用進廢退”，達爾文進化論說萬物的變異是隨機，長頸鹿之所以高是自然選擇讓長得高的鹿吃到了樹葉，餓死了長得矮的，但是這僅僅是一例子，非洲草原的鹿不一定非得吃樹葉，那長得矮的為何不以低矮的草為食呢，若是無矮草，其他的馬、牛又是如何生存至今的呢？還有就是人類，人類可以說是越來越聰明，從達爾文的觀點出發那麼人類世代繁衍必定有聰明人和普通人，在現代醫療和社會條件較好，這兩種人只會一直存在於世界，聰明和普通所佔的比例應該變化不大，但是從整天上來說人類整體上是越來越聰明的，因為人類從小就鍛鍊大腦，獲得積極思考的能力，這樣促進了大腦的發展，並進一步遺傳，這樣下去人類接受知識的能力會越來越快，思考能力越來越強，過了百年科技才會突破，也就是人類總體上是“用進廢退”了。
專屬密令
但我覺得用創造論來解釋是一種懶的表現，這種現象雖然有點不可思議，但並非完全不可能，將來進化論會找到合理解釋。
