自古以来清君侧可能时用的最多的造反的借口。其本意是《公羊传·定公十三年》中所写的：“此逐君侧之恶人。”
但是从秦汉以来，有太多太多的人用“清君侧”这个口号起兵造反，历史上最出名的“清君侧”当属汉景帝时期的七王之乱和明成祖朱棣的靖难之役。说是“清君侧”实际上就是给自己造反制造一个有利的借口。
借着所谓清除皇帝身边的佞臣，而起兵造反。而正常情况下这些所以的“佞臣”实际上都没有多大的过错，只不过是他们的一些有利于加强皇权的主张损害了这些地方势力的利益。最后奸臣清除了，君王也没了。
但是清君侧总归是哪些乱臣贼子们用的借口，朱元璋却自己立下了一个遗训，让后世的人清君侧又是怎么回事呢？
这件事要从明初的藩王说起，按理说藩王这种有实力的地方派应该是很早就扫尽历史的尘埃里了，但是要考虑到明初特殊的环境。
明初天下虽然安定了，但是元王朝的残余势力依旧在草原虎视眈眈，洪武三年（公元1370年）四月，朱元璋为确保明王朝的长治久安，想方设法加强皇室力量，决定分封诸王。
他把宗室二十五人（二十四个儿子和一个侄孙）封为藩王，分驻北部边境和全国各战略要地，通过他们屏藩皇室。朱元璋说：“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。”从全国来看，这些封藩主要有两类，一是腹里，二是边塞要地。
受封诸王在自己的封地建立王府，设置官属，地位相当高，公侯大臣进见亲王都得伏而拜谒。
明朝初年，每一个藩王食粮万石，并有军事指挥权，于王府设亲王护卫指挥使司，辖军三卫。一卫少者三千人，多者一万九千人。
九位塞王（辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃）因有防御蒙古人侵扰的重任，所以，护卫甲士尤多。北平的第四子燕王朱棣拥兵数万，宁王朱权也是“带甲八万，革车六千”。
他们在边塞负责筑城屯田、训练将兵、巡视要害，可以说俨然是地方实权派，他们虽然保证了朱家对天下的控制，但是也削弱了中央的权利，因此才有了后来的削藩。
同时老朱还在自己的书中规定了藩王拥有清君侧的权利，《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”不过，朱元璋也规定是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后，要五日之内离京。
但是这却给后世留下了遗患。
洪武三十一年（公元1398年）闰五月，朱元璋病故，皇太孙朱允炆即位。临终前，朱元璋立下遗诏，“皇太孙允炆，仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民”、“诸王临国中，毋至京师”。
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。
尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但是，燕王朱棣仍直奔京城建康（今江苏南京），朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京（今北京），对此朱棣十分不悦。
其时，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，宁王朱权“带甲八万，革车六千”。燕王朱棣更握有“节制沿边士马”的重权。朱允炆对这些皇叔们忧心忡忡。
一场改变明王朝走向的大事即将展开。洪武三十一年（公元1398年）七月，建文帝削藩开始。
先削周王朱橚。因周王朱橚是燕王同母兄弟，朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是，决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，建文帝派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化（今云南昆明）。
建文元年（公元1399年）四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王朱柏不堪受辱，为保名节，举家自焚；齐王朱榑被软禁在南京；代王朱桂被软禁在封地大同。两个月后，明廷削岷王朱楩，废为庶人，徙漳州。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，此时，实力最强的燕王，就成了真正的众藩之首。朱允炆与朱棣之间的博弈，亦逐渐激化。
洪武三十一年（公元1398年）十二月，为了提防燕王造反，朱允炆派工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥使谢贵、张信为北平都指挥使。随后，又命都督宋忠，屯兵驻开平，并调走北平原属燕王管辖的军队。
但由于王府长史葛诚叛变，密奏朝廷“燕王装病”。朱棣装疯被发觉。心中早已对自己这个侄子继位不满的朱棣，立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的将臣。
建文元年（公元1399年）七月，朱棣起兵反抗中央政府，轰轰烈烈的靖难之役展开了。
按理说建文帝有着全天下的资源，即使是平推也能推掉朱棣，不可否认朱棣的才华，但是在绝对的实力面前是没有用的。
而最后朱棣之所以成功，最关键的除了建文帝的种种昏招和李景隆这个大将之外，其实就是“清君侧”三个字。
朱元璋规定了藩王可以清君侧，朱棣正是以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。
故而朱棣的口号是“清君侧，靖国难”。这其中，“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。野因此使得朱棣在道义上站住了脚，各地的实权派很多都在观望着这场皇家内部的战争谁胜谁负，并没有参与的想法。
当然估计朱元璋自己也没有想到当初留下的藩王和祖训会以这样一种形式实现，其实老朱的本意还是保住自家的江山。
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