不同品種櫻桃種子的出苗率差異很大，相對於其他樹種，普遍的出苗率較低，尤其一些早熟品種，更難出苗。雖然雜交育種可以明確知道父母本，但獲得雜交苗，需要耗費很大的人力、物力。實生選種，可以大批量收集櫻桃種子，增加成苗機率，是櫻桃育種中常用的一種方法。作者根據多年櫻桃育種經驗，介紹櫻桃實生選種中需要注意的事項。
1 母本選擇
優質的父母本出現優良品種的機率比較大，因此，實生育種中，根據不同的育種目標，應選擇綜合性狀優良的母本。選擇好母本後，櫻桃果實儘量晚採，促進種子充分成熟。採集的果實，除標記母本外，附近的櫻桃品種也做好記錄，以備後期通過分子技術鑑定父本。母本樹附近的品種，最好也是優良品種。
2 取種
採集到的櫻桃果實，如時間充足可隨時取種，也可先放冷庫貯存，待所有品種採集齊後，集中取種。取種時果肉務必除淨，用水漂洗乾淨，同時去掉空殼種子。
3 種子沙藏
種子數量多的，取種後，可採用埋土沙藏的方法，選擇乾淨的河沙，過篩，除去大的石塊等雜物，加水拌勻，溼度為60%左右。具體方法為：在陰涼背陰的地方挖坑，坑的深度是埋入種子後，最上層種子離地面約50 cm。不同品種的種子，放入不同的紗網袋中，袋中放入一個標籤，袋口掛上一個標籤。種子用溼沙攪拌均勻，種子和沙比1∶5～10。櫻桃取種後即進行沙藏，來年開春氣溫回升後，及時檢查種子萌發情況。在煙臺，一般3月底4月初種子開始發芽。
種子數量較少的，可放冰箱保鮮層保存，也需要拌入溼度60%左右的沙子，種子和沙比為1∶5～10。放入後，定期檢查，防止過溼、過幹。冰箱儲存，低溫恆定，發芽一般比露地沙藏早，有的10月份左右發芽。不能露地播種，應提前選好播種溫室。
4 播種
櫻桃種子發芽率低，選擇發芽的種子播種，可分批進行播種。為提高成活率，可採取溫室營養缽育苗，營養缽直徑8～10 cm。育苗土可選用草炭土和園土1∶1混合。營養缽中裝入土後，用木棍打孔，櫻桃種子芽朝下放入，再用手按實，澆水。櫻桃苗長到10～15 cm，進行移栽。方法：撕開營養缽，連同穴土，一同移入大田，栽後及時澆水和遮蔭。
如果採集種子太多，也可以直接大田播種，煙臺地區櫻桃發芽的時節，露地溫度偏低，播種後，需覆蓋地膜，出苗後，要及時開孔，使苗葉片露於膜上面。氣溫升高並穩定後，除去覆膜。
5 定植
播種後長出的實生苗，生長1年後，移入育種圃。移栽時間為秋季或第2年春天，移栽時注意做好標記，記錄實生苗木母本、採集地點等信息。
6 觀察記錄
實生苗播種後，一般第3年可零星開花結果，第4年多數實生苗開始結果，第5年結果比較多，根據結果情況，可初選出部分優系進行高接或嫁接繁殖，嫁接苗可栽植到不同地區，進行區域試驗。同時，育種圃的實生苗，繼續觀察。因初結果，性狀可能不穩定。結果後連續觀察3～4年，一直表現不好的實生苗可以去掉。
通過連續幾年觀察、測量果實經濟性狀、抗逆性、嫁接親和性等，表現優良的品系，可利用分子鑑定技術鑑定其父本。綜合性狀優良，抗逆性強，具有特色的優系，才能進行驗收，審定。
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