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微生物发酵剂发酵好的有机肥，有机质含量高，在发酵过程中既产生很多菌群，又保留了微生物代谢物质，作为底肥使用时，没有必要再加微生物菌剂。如果想使用微生物菌剂，可以在生长期冲施，这样效果更好。
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根据我个人判别这两种肥应该分开使用肥效好。
之因发酵好的有机肥类似于对生面进行激活和开发。促进了有效菌对作物充分吸收的有效利用。但是它的性能和作用只能给作物当饭吃，只能填饱肚子，同时可作底肥追，可大大增强后劲地力。
而微生物菌剂是一种高科技菌肥精品，有粉剂和液体两种主要用于冲施，追施，滴施。其性能相当于农作物的保健品，既能充饥又能抗病保养。比例说：如果你的土壤缺乏哪种元素它就会很快自发补充。据说微生物菌剂含有固氮菌菌剂、促生菌菌剂、菌根菌剂、生物修复菌菌剂等，对农物既有促生、养生作用还有抑制和抗逆有害菌作用。如果用于作物和果蔬可增加果实的蛋、糖、维、氨多种营养成份。因此说来，虽然发酵后的有机肥和微生物菌剂都是用来给作物吸收的，但它们在施用方法上不同，建议在不同时间内分开施用效果最佳。
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微生物菌剂作为新型特肥的代表，包含着太多的优势菌种，而各种菌种又有着不同的具体作用和功能，而同样的功能有多种微生物可以达到，同时，可能用同一种生物菌也可以达到多种功能性。
比如通用芽孢杆菌的抗病、抗虫、促生长功能；巨大和胶东样芽孢杆菌的解磷解钾功能；根瘤菌的固氮功能；淡紫拟青霉的抗线虫功能；包括霉菌中的哈茨木霉菌的抗灰霉病功能等等，我们实际应用则要定向选择，或者选择多功能的生物菌来实际应用。
而发酵有机肥用的微生物发酵菌剂，和平时田里下秸秆使用的发酵菌剂一样，我们称之为有机物料腐熟剂，主要作用就是发酵，就像蒸馒头用的酵母一个道理。
但是给果树施肥，得讲究平衡施肥，不关你施入土壤里多少种肥料，都要靠土壤微生物分解供应果树吸收，特别是有机质，有机质的分子结构特别大，有资料说把分子式展开能绕地球一圈，这种大分子结构果树是不能直接吸收的，需要更多的微生物分解，显然，只靠发酵菌剂里面的微生物是远远不够的。
或者说，发酵菌剂发酵完有机质后，还有多少活性？要知道微生物菌剂不断繁殖后的活性是代减的，更何况，微生物分解有机质的同时，分泌吲哚乙酸 ,赤霉素，各种酶类以促进果树生长，抗病，抗逆，这些远远不是一个发酵菌能够做到的。
不管用什么发酵的有机肥，只能叫做有机肥，完全达不到菌剂所应有的功效，使用有机肥的同时，强烈建议增加有益菌的种类和用量，最好是复合菌，才能达到理想的效果。
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不建议同时使用。
如果有机肥使用的菌种与另外的一种菌剂的生存环境有差异，可能导致菌剂活性降低，造成浪费。
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不需要了。太多了。怕消化不良
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