汙染源普查清查建庫是汙染源普查工作的關鍵環節，是入戶調查的基礎，直接關係到普查質量。根據省普查辦工作安排，2018年6月21至22日，省普查質量核查第五核查組到玉溪市開展汙染源普查清查質量核查工作。第五核查組組織召開了省級質量核查動員會，玉溪市各縣區普查辦主任及主要工作人員參會。會議聽取了玉溪市普查辦對汙染源普查清查階段的工作彙報，針對各縣區提出的普查清查階段工作中存在的困難和清查系統使用方面的問題進行答疑。會上，第五核查組組長錢文敏就省級質量核查工作進行了部署，他指出，汙染源普查質量核查工作是根據《全國汙染源普查條例》和《國務院關於開展第二次全國汙染源普查的通知》開展，對保障普查工作質量具有重要意義。核查工作要按照三原則進行：一是“全過程核查原則”，覆蓋普查前期準備、兩員選聘和管理、清查、入戶調查與數據採集、數據彙總等全部環節；二是“分級核查原則”，省對州市、州市對縣區分別負責對本行政區域進行質量核查；三是“抽樣核查原則”，採取隨機抽樣的方法對核查區域進行核查。
會後，省第五核查組對玉溪市紅塔區和澄江縣開展了質量核查工作。一是調閱檔案，仔細核查了玉溪市汙染源普查前期準備、清查單位名錄庫增補、兩員選聘及管理、宣傳及檔案管理方面的工作；二是電話回訪，隨機抽取名錄庫中企業電話核查我市清查過程中是否進廠開展實地排查；三是現場核實，隨機抽取我市紅塔區和澄江縣兩個縣區，開展了工業源、生活源鍋爐、農業源、入河排汙口及集中式汙染治理設施核查工作。
在玉溪市紅塔區，省第五核查組組員隨機抽取了紅塔區大營街街道6戶工業企業和產業活動單位、1個農村汙水處理設施、2個入排汙口作為現場核查對象。在澄江縣，省第五核查組以撫仙湖入河排汙口為重點隨機抽取澄江縣龍街街道4家工業企業和產業活動單位及農業汙染源、4個集中式汙染處理設施、2條入湖河道的排汙口作為現場核查對象。我市普查辦相關人員，縣區環保、農業、水利及街道社區，縣區相關普查小區普查指導員、普查員一同參加了現場核查。
通過調取資料、電話回訪和實地核查等方式的全方面質量核查，省質量核查組提出玉溪市仍存在以下問題：一是部分縣區對普查工作重視不夠，各縣區普查員及普查指導員專業素質不強；二是清查過程中工業企業分類不清、重複刪除理由不充分、工業企業及產業活動單位遺漏；三是農村集中式治理設施排查數量不清；四是部分區域入河（湖）排汙口未嚴格按要求進行沿岸排查，排汙口信息存在遺漏情況；五是檔案管理和保密管理工作不健全、不完善等問題。
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按照省質量核查組要求，玉溪市普查辦於6月22日向市政府就此次省級質量核查反饋意見向市政府作了專題彙報。6月25日，市普查辦召集農業、水利部門召開協調工作會，向兩部門反饋了省質量核查組整改要求，要求相關部門和縣區以問題整改為導向於6月28日前完成以下落實整改：一是向省普查辦申請退回我市清查名錄到各縣區，要求縣區開展全覆蓋自查，對工業企業分類不清、重複刪除理由不充分、工業企業及產業活動單位遺漏等問題進行整改式排查；二是要求水利部門對三湖流域沿岸入河（湖）排汙口按照技術規範進行復查，查清遺漏排汙口，補齊相關信息；三是要求農業部門整改農業汙染源信息不全面、不真實的問題，要求查清農村集中式治理設施，補齊缺失信息，確保農業汙染源清查信息全面、真實。四是督促縣區加強汙染源普查工作保障，規範兩員管理，加強培訓提高普查專業素質；五是加強檔案管理和保密工作。
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為確保玉溪市汙染源普查清查工作做到“應查盡查、不重不漏”，普查名錄庫建設科學、全面、準確，為全面入戶普查奠定堅實基礎，確保省普查質量核查組反饋意見全面整改，玉溪市將按照《玉溪市第二次全國汙染源普查質量核查方案》要求，隨即組織開展市級質量核查工作，同時安排各縣區開展全面自查。
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