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要回答这个问题，首先要了解二人生活的历史背景和对中医学的主要贡献：
东汉末年,屡起大疫.张仲景博览群书,广采众方,系统地总结了汉代 以前的医学精华,根据自己丰富的医疗实践经验,著《伤寒杂病论》合十六卷,后世医学者称张仲景为"医圣\
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说来也很奇怪，华佗和张仲景都是同年代的人，可感觉说起两人，好像隔了好几个时代，给人一种莫名的错位感。
其实华佗只比张仲景大了五岁，在三国时期，华佗是名誉天下的“神医”，而那时的张仲景名声只活跃于长沙郡，他既当太守又当医生。
不比与华佗，张仲景不擅长针灸，这点从他写的《伤寒论》以及散作《金匮要略》里头，就能看出来。
不过这并不影响他成为“医圣”，因为他开创了一方一辩证的理论基础，为后世治病开方打下基石，所以后世人们又称他为“经方之祖”。
再看看，华佗医术虽然高超，但它的东西，说白了人都是前人有的东西，他并没有在此基础上有所继承发展，甚至在他熟悉的外科领域，他都没有著作问世，《脉经》还是张仲景的徒弟王叔和所写。
当他嚷着要替曹操开颅去风诞的时候，实际只能说明华佗只是一名天才级“外科手术”医生，绝不会成为像“医圣”张仲景一样，将自己的临床实践以及毕生所思汇编成作品。
甚至可以好不夸张地讲，即便华佗没有死于曹操的屠刀之下，哪怕他有时间写自己的作品，他依旧没法超越张仲景，因为华佗擅长的针灸，说白了靠的还是个人实践操作能力，这东西靠的是手艺，真的没法教你！
张仲景的辩证搭脉，他的理论会给迷途中医生，突然警醒，突然的顿悟，都有可能来自张仲景的启示。
华佗与张仲景差距有多大，好比一个执行者与指挥者，一个动手能力超强，一个中医思维敏捷，一个执行命令，另一个发布命令。孰强孰弱，不难得知！
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医圣为什么不是华佗，而是张仲景？
要回答这个问题，必须先搞清楚华佗和张仲景各自医学成就对中医临床实践所起作用的大小，所起作用更大者才会被冠之为“医圣”。
华佗(？或公元145年~公元208年)，张仲景(公元150年～公元219年)，他们同为东汉末年人，是“建安三神医”之二，还有一位是董奉。
华佗的医学成就体现在外科领域，可行肿瘤切除及腹部手术，这在一千八百年前是非常了不起的。华佗的著作《青囊经》及所发明的麻醉药“麻沸散”皆已失传，对中医外科而言是损失惨重。
华佗曾阅读张仲景的《伤寒论》，读到十七卷时，拍手叫绝:“此真活人书也”！可见张仲景学说对华佗影响颇大。《后汉书.华佗传》说:“兼通数经，晓养性之术”，“精于方药”，“称为神医”。
华佗的医术虽然传给了徒弟，但随着历史的前进，华佗的医学成就对中医临床所起的作用越来越小。
而张仲景则不然，作为方书之祖的《伤寒论》至今仍发挥很大的作用，并且历朝历代都有很多医家研究《伤寒论》。
张仲景批评当时居世之士:“曾不留神医药，精究方术，上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄，中以保身长全，以养其生。但竞逐荣势，企踵权豪，孜孜汲汲，惟名利是务。”批评当时之庸医:“不念思求经旨，以演其所知，各承家技，始终顺旧。省疾问病，务在口给，相对斯须，便处汤药。”
张仲景在族人大多数死于伤寒后，“感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方”，撰写《伤寒杂病论》合十六卷。
《伤寒杂病论》熔医经和经方为一炉，创立了理法方药相结合的辨证论治体系，从而为中医临床医学的发展奠定了基础，张仲景也因此成为临床医学的奠基人。
仲景在世时没人你他为“医圣”。
下面是西晋至明代对仲景称呼的演变资料:
西晋王叔和《脉经》:“今收采仲景旧论，对病真方”。
西晋皇甫谧《针灸甲乙经序》:“伊尹以亚圣之才撰用《神农本草》，以为《汤液》，仲景论广伊尹《汤液》为数十卷，用之多验”。
唐代孙思邈:“江南诸师秘仲景要方不传”。
唐代王焘《外台秘要》:“引仲景方”。
公元1065年，宋代国家校正医书局校勘刻印《伤寒论序》说:“仲景本伊尹之法，伊尹本神农之经，‘得不谓祖述大圣人之意乎’？”
公元1144年，成无己《注解伤寒论》、《伤寒明理论》说仲景继承了圣人的工作。
公元1182年，金人刘完素所写的《素问玄机原病式》说:“仲景者，亚圣也”。
公元1526年，明代李濂《医史》说:“仲景被论者推为医中亚圣”。
公元1589年，明代方有执《伤寒论条辨》:“...称仲景曰圣”。
公元1632年，明崇祯五年，南阳城东农民挖井时挖到刻有“汉长沙太守医圣张仲景墓”的石碑，现被保存在南阳医圣祠。
从此，张仲景被尊称为“医圣”。
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医圣书留后，神医民间传，张仲景是医圣，医术不及华佗。华佗是神医，敬赠篇上写的：华佗再世，张仲景活着时医名不如华佗一半，但是，他的著作成了后世经典，华佗可是民间神医，庙宇遍天下，张仲景有吗？没有，说明老百姓不知道张仲景，而知道华佗。只可惜华佗的书籍烧了。华佗留下麻沸散用于治腰间盘突出，外敷疗效还是很好的。
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华佗的医术也很好，但他主要是外科，他生活的年代战乱频发，所以外科的他很有名，但不管怎么说，外科医生总是干不过内科医生，而且华佗没有名人推荐，所以他再厉害也不行。
张仲景当过大官，还有旷世的书籍论文，又有太医院院长王叔和和后来的药学家孙思邈推荐赞美，无论从哪个角度讲张仲景社会地位都远远高于华佗，所以张仲景的荣誉大于华佗很正常。
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因为张仲景确立了辨证论治的模式。至于华佗，则是在除了医术的其他方面有问题。
辨证论治，可谓中医学术的核心，是中医固定的诊疗模式。
张仲景根据错综复杂的病情所表现出的各种证侯，运用古代辩证法思想，加以分析研究，找出其中的属性、部位、邪正消长和病态表现，用阴阳、表里、寒热、虚实概括并区分病证（后人总结为八纲），作为辨识疾病的大纲，又以三阴和三阳来归纳疾病所呈现的不同类型，通过“六经”辨证，全面地把握疾病发展变化的普遍规律和特殊现象，对疾病作出正确诊断。仲景在认真辨证的基础上，根据病变的表里先后和轻重缓急，随证施治，相应地制定出汗、吐、下、和、温、清、补、消等多种治疗方法，使辨证论治体系更加系统完备。
张仲景确立的这套辨证论治体系，是中医的纲领性法则，并成了后代医者遵循的固定模式。就凭张仲景确立了辨证论治的模式，他作为“医圣”，实至名归。
而华佗的问题，正如史书上所载一样，他是自己“作”死的，一个喜欢作妖的家伙，是不配成为医圣的。
《后汉书》记载华佗“为人性恶，难得意，且耻以医见业”这应该是假的，抹黑华佗。
但是《三国志》和《后汉书》书都提到，华佗“因托妻疾，数期不反。操累书呼之，又敕郡县发遣，佗恃能厌事，独不肯至。”——曹操派人去传召华佗，华佗不来，郡、县的人却不敢把华佗硬绑来。
荀彧一语道破天机：“佗方术实工，人命所悬……”
华佗医术高超，这就是他的筹码，乃至曹操手下像荀彧这样的人都开始为华佗说话，看华佗的眼色行事，曹操的指挥失灵了。
曹操亲身经历黄巾起义，又看到东吴孙策被于吉坑死，深知这些家伙恃“医”行凶的危害。换句话说，当时的华佗很有发展成邪教的倾向。所以，曹操宁可不治病了，把华佗宰了。
华佗走上的是与张角、于吉没什么区别的老路，惟一不同的是，在他的势力发展起来以前，就被英明的曹操给灭了。
从医术上来说，华佗是个高手，但是从行为上说，华佗是个混账。混账就算医术再高，也是不配成为医圣的。
皇甫谧在《针灸甲乙经》里，对张仲景、王叔和都有很高的评价，唯独对华佗没什么好评价，而他距离张仲景、王叔和、华佗生活的年代很近，他的话应该有较高的可信度，应该也是一辅证了。
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张仲景和华佗医学造诣上很难说谁高谁低。张仲景能够被封圣，最主要原因是有著作传世。这一点对后世医学的发展，有重大影响。而华佗没有任何医学东西流传下来，流传的只有他的传说。对后世医学发展影响就非常有限。
历史上有很多人在某一方面名气很大，但是没有东西流传下来，最终无法被后人评价定论！华佗就是之一！扁鹊也是之一！
如果华佗有著作传世，谁是医圣，后人自有公论！
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“医圣”，之所以称为医圣，是思想境界超出常人。
“伤寒论”其实并非他一人所成，而是他站在一个高层的境界俯视整个医学界，集众家所长，去伪存真，取其精华去其糟粕，汇集而成。
“伤寒论”相当于当代医学界组方的精华汇编文献。
使分散的精华汇集于一“论”，是对中医组方理论的发展做出了历史性的贡献。
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简单点，不要复杂！多看几遍会懂得为啥那些药方很微妙！有症状自己买来喝看看，克数3克到15克以内，不要太超标！煎药方法里面有，要照着煎，麻黄附子葛根要先煎的原理要懂得！你会懂得为啥他是医圣！
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华佗正史中记载很少的篇幅，而且没有确实的著作留与后世。张仲景则不同，其所著《伤寒杂病论》对后世中医的影响极大。著作中所载一百多药方，被后世医家认为是方药的鼻祖，后世医家所开医方都遵从其方配伍原则，从其方合法化裁而来。因此，称张仲景为医圣一点儿也不为过。张仲景生于东汉末年，因族人多死于伤寒。所以决定攻克伤寒病。在行医过程中不断实践摸索出治疗伤寒病的发汗解表药麻黄汤，桂枝汤。他首次系统的将伤寒外感病整理成以上著作留与后世！可谓居功至伟！医圣之名当之无愧。
