崇禎帝殉國不久，多爾袞統率12萬清軍入關，不到一年時間就招降了各地明軍40多萬人，這表明明朝滅亡時並沒有到山窮水盡的地步，還有著不小的家底。清軍中滿洲八旗兵只有七萬人，其他都是漢軍和蒙古八旗，李自成的闖軍雖號稱30萬，除去老弱病殘，真正的壯年士兵也就十多萬人，明朝軍隊在數量上依然佔有優勢，完全有可能東山再起。
如果崇禎不死，大明皇帝就是明朝軍民抗擊外寇的一面旗幟，吳三桂也不會陷入降順還是降清的尷尬之中，清軍也不會輕易入關得了天下。實際上，清朝定鼎中原後，明朝將領擁立的南明小朝廷在清朝的眼皮底下存在了18年之久，期間掌控的軍隊數量一度達到三十萬人。
在南明18年曆史上，最有作為的要屬隆武帝和監國魯王，這兩位都有志於恢復北方失地，也做了很多努力，但魯王政權和隆武政權為了正統性之爭，互相傾軋，最終兵戎相見，南明的實力過多的消耗在內部鬥爭之中。崇禎帝南遷的話，南明政權就不存在正統性問題，對於明朝將領的凝聚力也非皇族支系可比，這樣就能把更多的軍事資源用於北方的抗清戰爭，依託長江天險，最壞的結果也可以與清朝劃江而治。
明太祖朱元璋最開始就是定都南京，朱棣遷都之後，南京一直作為明朝的留都，保留了完整的官吏機構，一切都是現成的，對於崇禎帝來說，完全可以拎包入住，明朝的行政可以很快重新運轉起來。南遷意味著繼續生存的機遇，為何崇禎帝要白白放棄，選擇君王死社稷呢，難道真是為了所謂的名節嗎？顯然不是。
平民百姓尚且惜命，何況帝王，崇禎帝並非不想南遷，而是各方面條件都不允許他南遷。東林黨是遷都的最大阻礙。這些來自江南的地主士紳階層，所考慮的並不是明朝的生死存亡，而是他們自身的利益。江南地區的田畝、工商業基本都被這些官員的宗族把持，如果崇禎帶著龐大的明朝政府南遷，勢必對當地宗族的既得利益產生嚴重衝擊。另外，明朝政府如果繼續在北方抗擊清軍，對於江南士紳來說，可以起到緩衝和保護作用。所以只要有人提議遷都，反對最堅決的一定是東林黨人。
東林黨官員並不擔心明朝滅亡，李自成來了，他們投降了大順，多爾袞來了，他們又投降了清朝，對於他們來說只是老闆換了，給誰打工都一樣。其間也有大臣提議，讓太子前往南京監國，來作為明朝政權的備份機制，但崇禎帝害怕太子在南京自立為帝，自己一不留神成了太上皇，對於太子監國南京的方案，崇禎一開始就拒絕了。
崇禎明顯低估了李自成闖軍的發展勢頭，崇禎十四年時，李自成還被明朝打的找不著北。歷時兩年的松錦之戰，以明朝慘敗結束，明朝傾盡國力打造的九邊精銳損失殆盡，吳三桂帶領明軍殘餘退守寧遠。隨著洪承疇投降清軍，孫傳庭戰死潼關，崇禎一時無將可用，而李自成的大順軍卻發展迅猛，明軍受糧餉制約，無力調動更多軍隊。
崇禎十七年一月，李自成在西安稱帝，接連攻下太原、大同重鎮，三月十一打到張家口，四天後直逼居庸關，兩天後已經兵臨西直門，大順軍完全是破竹之勢。李自成如此順利，很大程度上是明朝未能進行有效的兵力調動和阻截，大順軍一路上都沒有遇到像樣的抵抗。崇禎完全沒有預料到兩個月前還在千里之外的李自成，會這麼快兵臨城下，此時河北一帶已經是李自成的勢力範圍，崇禎再想南遷已經是不可能了。
儘管崇禎帝對於南遷一事優柔寡斷，遲遲下不了決心，但山東官員還是早早的為南遷準備好了近百艘大型海船，北京到南京路途遙遠，陸路行動遲緩，水路是最佳選擇，但遷都並不是簡單的搬家，涉及的人數眾多，遷與不遷的意見短時間內難以統一，路上的食宿、安全問題也需要沿途官員周密籌備，這都需要巨大的財政支出，崇禎帝已經窮到連軍餉都發不出了，哪還有錢搬家，於是南遷只能無限期拖延，直到把明朝拖入滅亡的深淵。
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