上清派作为道家修行内外转化时期的一个重要门派，不但承接了太清派的理论，奠定了后世三洞四辅的道家格局基础，同时将天人合一的思想融会贯通，创造出了自身独有的一整套丹道理论与体系。并且与藏象学有着密不可分的关系。
藏象学说是关于人体脏器于阴阳五行形象化的学说。比如：肝有病了，要考虑肾；因为肝的象是木，肾的象是水，而水生木。那么这样的中医学说又与上清派有着什么样的关系呢？
上清派是道教的一个重要流派。该派主要以存思、守神、行气、 服食为主要修炼手段，本质上来说就是盗取天地万物的“生机”与发觉培育自己的“先天一气”，从而培育出真我，与大道合二为一，返回先天境界的过程。而这种盗取生机以求内养的方式，自然也就离不开藏象，所以上清派可说对道学及中医学都有着深远的影响。
何谓藏象？明代张景岳认为象是形象之义，脏腑居于内而形见于外,所以叫藏象。故“象”是“藏”的外在反映，“藏”是“象” 所反映的内在本质,二者是现象与本质的关系。因此，藏象实质是以五脏为中心的人体内外环境的系统联系。
而藏象学就是讨论五脏的功能、特性及其功能外在征象为主要内容。从一定程度上来说，比起中医学的人体生理学，其内涵更为丰富。而上清派在炼养术范畴认为炼形易质应以五脏为核心，正应对了藏象学。
如上清派经典《黄庭经》、《真诰》都记载了丰富的上清派存思之法,且主要以存思五脏之神为主，有不少关于五脏包括五脏神灵形色、生理功能等方面的描述。其中《黄庭内景经》还分篇章对心、肺、肝、肾、脾、胆五脏一腑都有讨论。
上清派之所以重视五脏在炼养术中的重要作用，有其理论依据。五脏是人体组织器官的核心，周身之气、血、津、液、 经络都以五脏为中心，五脏安和，人即不病。上清派基于这样一种认识，大力推崇五脏炼养术。
而《真诰》中，则更多针对五脏炼养的方法是存思和行气。其实存思法，所存的对象皆为“人体身神”。所谓“身神”是道教对于人体结构与内部组织的一种十分独特的看法，在道教养生与医学中占有相当重要的位置。修道之士试图通过对身神的存思内观，以达强身健体、治病祛疾，乃至长生不老的目的。
具体的方法主要有几种，首先是意守黄庭。《黄庭外景经》说：“黄庭中人衣朱衣，关元茂籥阖两扉，幽阙侠之高巍巍，丹田之中精气微。”即以心神注守黄庭，心色本赤，故曰衣朱衣；闭口屈舌，冥目内视，即为阖扉。内炼家以意守黄庭，积精累气为基本功夫。
《上清大洞真经》曰：“谨请命门下一黄庭元王始明精，字符阳昌，常守兆两胯之间，车轴之户死炁之门，使兆百血凝结，神炁不散，拔出地户，超度八难。真思命门下一黄庭元王始明精真炁，月光之色，罩于顶上。默微咒曰：下一真元王，号曰始明精，三皇把符命，金契度仙庭，上招景中炁，炁布灌我形，羽车曜云罗，令我升上清。次思月光从兆泥丸中入，兆乃口吸神云，咽津三过，结作三神，一神状如月帝，黄衮冕，二神亦黄衣，侍立，下入绛宫；下真元王下入大肠，出悬于空中，二神入两膀胱，穿两腿髓内，下至涌泉穴，出两脚根，二神各负半月，倒上合于虚中元王，上充腰间车轴之户，合为圆月，月形无穷，映了身形，顺时吐息。”
与《黄庭外景经》不同，《黄庭内景经》更为精微，是将五脏六腑分属上中下三部，每部八种器官，即所谓“八景二十四真”；又各赋予每一种身神的名称、形象，指出其在体内相应之关窍地位，逐一阐述其功用与炼养方法，使人知所守而身体力行。所谓“治生之道了不烦，但修洞玄与玉篇，兼行行中八景神，二十四真出自然。”
综上而言，魏晋时期的上清派道教在炼养术上重视以脏腑为本，吸纳了中医藏象学说的内容，以具体的养生修炼印证了藏象学说的深刻内涵。这不仅对后世道教的发展影响深远，也对中医藏象学说理论的发展起到了一定促进作用。
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