吴三桂无疑是中国历史上最惹眼的人物之一，出尔反尔，反复无常，不过，传奇一生，其最大的不幸是给他的家族带来的灭顶之灾。
因为降清，联合清军击败大顺军，吴三桂父母、妹妹、兄弟及族人38口统统死于李自成刀下。
后因叛清，其子吴应熊和其孙吴世琳均被康熙诛杀，其孙吴世璠被悬首于市，子孙后代被彻底杀光，包括襁褓中的婴儿。
不过，近些年来，很多地方有人自称是吴三桂的后代，这其中包括辽宁省兴城市大寨乡的吴家屯人，而贵州省黔东南州马家寨吴氏族人为吴三桂后裔的说法为更多专家认同。
据清代官方史书记载,“三藩之乱”后,清廷将吴三桂祖、孙“剉其尸骨,传示各省”，其爱妾陈圆圆的下落，有投湖自尽、或逃离、或隐居等说，似乎吴三桂已满门灭绝，无后裔存在。
兴城市大寨乡有一个吴家屯，过去居民几乎都是姓吴的，老人们讲，他们是吴三桂的后代。有当地学者推测吴三桂墓葬也应在兴城。理由是，民国版《兴城县志》记载：“吴氏先茔：在城东北五里窟窿山西北隅，仅存石门一座，有‘骠骑将军吴公先茔’八字横额，余俱湮没，不堪辨识，俗呼吴王坟。又据土人云：鲍官岭下之姚家湾地方，俗称老龙头，亦系吴王坟。父老传闻，因吴三桂在云南犯顺，坟被清室所掘，说亦近理。”
这种说法没有足够的证据支持。在“全国首届贵州·岑巩陈圆圆吴三桂史迹研讨会”上，30余名专家学者基本达成共识，认为马家寨吴氏族人为吴三桂后裔。
马家寨远在贵州省黔东南州。房屋依然保持明清时代的古朴风貌,青砖青瓦,房龄都在百年以上。全寨230多户人家,1300余口人,连同在外人口,大约2000人左右,全都姓吴。寨中无论男女老少,众口一词,都说吴三桂是他们的老祖宗。年岁大的老人还知道家族曾保存有御赐簿、皇伞和大刀等文物,口碑相传,故事多多。
专家称，是后代的话也应该是秘传后代，何谓秘传人?吴氏家族现在的秘传人是谁?原来,吴三桂被清廷定为罪大恶极的“逆臣”之后,其家属必受株连,必被追杀。为生存下去,只有远走他乡,隐姓埋名。这样,不出几年,有关家族的历史,尤其是吴三桂的史事就会烟消云散,完全失传。
约在康熙后期,形势趋于缓和,吴家的人定居马家寨,始立“秘传人”,家族的历史只由他们一代代秘密相传下去；只许口传,不得书之于文字,避免被朝廷发现。
现在,吴三桂家族史已传至第10代,其秘传人名字叫吴永鹏、吴永松。据吴永鹏先生回忆,1962年,他17岁那年,被叔叔选中,做了长房第10代秘传人。
陈圆圆并非不知所终，亦非在云南昆明投湖自尽，而是隐姓埋名逃亡到岑巩县马家寨。她成功保住了自己，也保护了吴三桂的余脉，繁衍至今。陈圆圆墓碑碑文“故先妣吴门聂氏之墓席位”经解读，“吴门聂氏”指的就是陈圆圆。
吴三桂遗体被其大将马宝秘密运到黔东南，最后将其葬在岑巩马家寨。通过对吴三桂墓碑碑文的详细考察与分析，确定其碑文为“受皇恩颐养一次八十五岁吴公号硕甫墓”。经专家考释：其中“受皇恩颐养”指的是“受皇天之恩眷顾，顾养天年”；“一次”指的是创业之主——大周太祖高皇帝，即吴三桂，因为康熙十七年吴三桂之孙吴世璠在云南昆明即位时，追认吴三桂为大周太祖高皇帝；“八十五岁”指的是吴三桂卒年康熙十七年八月十五；“硕甫”为吴三桂的号。
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