糞尿和汙水是養豬場產生的最多的廢棄物，也是病原微生物滋生的主要場所，尤其是在發生傳染病時的豬隻糞汙排洩物中存在大量病原體，是造成養豬場疫病隱患的主要傳染源，必須對養豬場的糞汙進行消毒滅菌或無害化處理。當前大都市和全國發展生態健康養殖的新形勢，對養豬場建設和發展提出了更高的更嚴格的要求，特別是已將糞汙處理系統作為規模化、集約化養豬場規劃佈局建設的重要內容，成為建立養豬場的主要准入條件。所以要高度重視和做好糞汙的規範化和現代化處理工作。
1. 汙水的消毒
養豬場汙水主要包括豬隻尿液、沖洗消毒設備和清理糞便排出的廢液。這些廢液中存在大量的病原微生物。可通過濾過法、沉澱法和化學消毒劑法進行消毒處理。一般先在過濾池中對糞汙進行過濾，除去糞汙水中大部分固形成分和部分病原體。一般情況下沉澱法不常用。大量汙水主要通過過濾後用化學消毒法進行處理：先將汙水集中排入汙水處理池，加入化學消毒劑進行消毒。
2.糞便的消毒
豬糞便的消毒有很多方法，養殖場最常用的是生物熱消毒法，通常有發酵池法和堆糞法。豬糞便中含有一些病原微生物和寄生蟲卵，發病期患病豬的糞便中病原微生物數量更多，必須對糞便進行無害化處理，嚴格消毒。
（1）焚燒 此種方法是消滅一切病原微生物最有效的方法。
（2）掩埋 將汙染的糞便與漂白粉或新鮮的生石灰混合，然後深埋於地下，掩埋深度應達到2m左右。此種方法簡單易行，一般的養豬場都適合。
（3）生物熱消毒 這種方法是養豬場最常用的糞便消毒方式，能殺滅所有非芽孢病原微生物，且能保住糞便肥料的使用價值。
3.發酵池法
此法適用於規模化的大中型豬場，多用於稀薄糞便的發酵。發酵池選在距離豬場200米以外，遠離居民區、河流、水井等區域設施，根據糞便多少挖掘2個或更多適宜數量的發酵池，建造成圓形或方形的池子。池子的邊緣與池底用磚砌而成，再塗抹一層水泥，使其不發生滲漏。如果土質乾涸，地下水位低，也可不用磚和水泥，而是在池底鋪一層幹糞，然後將每天清除的糞便、墊草、汙物等均勻倒入池內，按比例倒入金寶貝微生物發酵劑，將近裝滿糞池時，在上表面鋪一層幹糞或雜草，然後配有專門的翻倒機把這些糞便進行翻倒。再此期間每天清出糞便可倒入另一個發酵池，幾個發酵池可適時輪換使用。
堆糞法
小型豬場多采用這種方法，適用於幹固糞便的發酵消毒。將糞便調整水分，加入一定比例的金寶貝一型有機肥發酵劑，堆積進行好氧發酵，期間要定時翻堆。一般在10度以上的情況下，7-10天即可腐熟完成。
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