光緒皇帝和袁世凱之間的恩怨，絕非一言兩語就能說得清的，不少史料中都有這樣一個記載：光緒帝臨死曾留下一道遺詔，上面寫了一個半字，還有半個沒寫完就斷氣了。這兩個字就是“斬袁”，其中的“袁”字寫了一半，最後一筆拉的很長。還有說光緒皇帝私下對隆裕太后說：“殺我的是袁世凱”。
隨著光緒皇帝和慈禧的雙雙崩逝，光緒帝的親弟弟載灃和隆裕太后掌握了朝政，一心想為哥哥報仇雪恨的載灃當上攝政王以後，卻沒有殺掉袁世凱，反而放虎歸山，這到底又是為什麼呢？
宣統即位時和大清其他皇帝一樣，自然也是大赦天下，封賞前朝重臣，但是袁世凱在接受封賞時卻提心吊膽，唯恐自己性命不保。這位在朝中權傾一時的重臣，知道自己營造多年的北洋系將要遭到滅頂之災，他顯赫的政治生涯到了最兇險的關口。
當年戊戌變法中，正是因為練兵大臣袁世凱的出賣，才使得光緒皇帝被剝奪了權力，軟禁在瀛臺中度過殘生，而袁世凱卻因此飛黃騰達，成為有清一代最年輕的總督之一，他在北洋大臣、直隸總督任上經營多年，一手打造了權傾一時的北洋集團。
可此時對於袁世凱來說，一切或將成為過眼煙雲，因為他的靠山慈禧死了。慈禧死後，即位的溥儀還是個幼童，最高權力實際掌握在載灃和隆裕太后手中，袁世凱曾極力想向載灃表現自己友好的態度，希望博得載灃的歡心。
但是載灃一心要為光緒皇帝報仇，對袁世凱的態度很冷漠。當時朝中的滿族親貴善耆、載澤、鐵良等人都想除掉袁世凱，因為他掌握著軍政大權，他們想要控制朝中大權，自然要搬掉控制朝政的北洋勢力的頭子。因此載灃一上臺就把袁世凱冷落一旁，載灃處理朝政事務，都和張之洞、世續商議。
很快，載灃在滿族親貴的支持下開始行動了。朝中反袁勢力見時機有利，也乘機彈劾袁世凱，御史江春霖以朝廷優賞不當為名，彈劾奕劻、袁世凱結黨營私；御史趙炳麟也認為袁世凱的勢力在朝中盤根錯節，上疏痛陳用袁的幾大弊端。
不過，載灃的頭腦還是清醒的，他知道袁世凱在朝中黨羽眾多，勢力根深蒂固，為此他特地徵求朝中重臣奕劻和張之洞的意見。
張之洞雖然和袁世凱政見不合，但是他看出載灃要殺袁世凱純屬滿漢之爭，身為漢人，張之洞自然不願見到朝中出現排擠漢人的局面。因此，張之洞力保袁世凱，他說：“主少國疑，未可輕於誅戮大臣而動搖社稷，可否罷斥驅逐出京？”
奕劻早就被袁世凱收買，他反對說：“殺袁世凱不難，不過，北洋軍造反怎麼辦？”這一番話點中了載灃的命門，但他仍然心有不甘，還以軍機處的名義，密電徵詢北洋六鎮統制的意見。可是得到回應卻是：“請將臣等先行革職，以免士卒有變，致辜天恩。”潛臺詞就是說北洋軍會造反。這證實了當時傳言北洋軍“只知袁宮保，不知大清朝”的說法。
性格懦弱的載灃終於不敢斷然下手殺袁世凱，只好按照張之洞的意見處置袁世凱，很快，上諭就到了袁世凱的手中，其內容為：“軍機大臣、外務部尚書袁世凱，夙承先朝屢加擢用，朕御極後復予懋賞。正以其才可用，俾效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任。袁世凱著即開缺回籍養痾，以示體恤之至意。”
袁世凱離開京城時，送行的只有嚴復和楊度，他的門生故舊為了避禍不敢前來送行，昔日威風八面的袁世凱就這樣離開了政壇。
客觀地講，袁世凱的北洋集團雖然結黨營私，但畢竟也幹出了一些政績，所用的人也都有些才幹。而載灃當政之後，在政治上無所作為，他清洗了北洋集團之後，代之以滿洲親貴，這些人將國家重器當成了自己的私家財產，不顧大清江山社稷的危亡。
載灃重用自己的兩個親弟弟載濤和載洵，這是清末著名的兩大貝勒，他們一個膽小怕事，一個貪得無厭，朝政愈加糜爛，直到這時，人們才開始覺得袁世凱其實還是不錯的。
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