阿古柏是中亞細亞吉延(浩罕)的政治野心家。1865年乘中國內亂未平，新疆一些地方勢力掀起反清運動的時機，侵入新疆，在血腥鎮壓的基礎上，建立了分裂政權。為了維護其政權，阿氏先後同英國，俄國進行了一系列勾結，非法簽訂商約與協定，大批出賣我國新疆地區的權益，阿氏是個英俄帝國主義的走狗，是新疆各族人民的兇惡敵人。
但阿氏美夢不長，在其統治不到12年，其政權的喪鐘就敲響了，1876年9月清軍突然出現在天山以北，奪取了烏魯木齊，正在緊緊圍攻瑪納斯，當阿氏聽到這個噩耗後，驚得目瞪口呆，不知所措，其實這意味著這個短期的不得人心的分裂政權未日即將到來的警鐘敲響了。
現在就回顧一下忽然出現在新疆天山腳下這支清軍的歷史。清政府在解決了太平天國的起義和捻軍造成的困難，在極度混亂的地方恢復了秩序，把一群烏合之眾整頓成勁旅之後，就把他們的注意力轉向他們從未忘懷的甘肅省外的東干造反者問題，雲南獲勝的軍隊沒有被遣散，而是被調來參加在戈壁以外的新戰役。皇帝的詔書很快到了這些老兵面前：詔書號召所有忠實軍人為維護國家的光榮，和他們被屠殺的兄弟，被褻汙的宗教而討伐阿氏這個分裂的政權，統一大清帝國。象左宗棠統帥及張曜這樣的將領所做的熱情的榜樣很快地為他們的全體士兵所效法。在這樣旺盛士氣之前，這支清軍彷彿回到了當初清軍開拓疆土，創立大清國時所向披靡的時代，那時一個省份的征服就是另一新的勝利的前奏，而參加每一次戰役的隊伍中都有前一戰役的老兵在內。就這樣，這支雲南戰役的勝利的清軍，通過貫穿四川與陝西的長途行軍到達了蘭州府，即甘肅省會，在這裡陝甘總督正在集聚集軍需品並招募新兵以便把那些受過訓練的士兵核心擴大到和一支侵略軍隊相稱的規模。可以說，那些不需要在雲南擔任衛戍工作的部隊，通過一條遠離首都的迂迴曲折的道路被調往西北邊疆城市蘭州，並在那裡為自上一世紀中國收復新疆以來最艱鉅的軍事準備。
1874年底，清軍先頭部隊就開始向西進軍了。在蘭州和哈密之間這個長達數千裡的不毛地帶，為了克服阻礙主力部隊前進的困難耗費了一個冬天的時間。最後，隨著戈壁沙漠平原上春季的出現，總共五萬人的清軍，就沿著貫穿沙漠的長路出發，向著天山南北更為肥沃的長路前進。儘管大家都知道西北有軍事活動，但其目標和規模都是極其保密的。先頭部隊由於必須在沙漠裡構築固定的營舍，或毋寧說是屯居點，種植穀類以便來春能夠進軍，而經過耽延一段時間之後，清軍在沒有受到任何嚴重阻礙的情況下，就出現在烏魯木齊城牆之前，這是東干領袖們決心守衛的地方。
防禦並沒有持久，幾天後守軍就投降了。大部被複仇的清軍滅殺。
9月2日，清軍就在瑪納斯防禦工事前駐紮下了，瑪納斯城比烏魯木齊地勢堅固得多，並且由東干人以全部力量防守著。在清軍出現引起的最初震驚過去以後，瑪納斯的守軍看出這是為他們的生命而戰。烏魯木齊的攻陷，雖是一次軍事上的勝利，但戰役的成敗還必須在瑪納城堡前決定。9月2日清軍的排炮就開始向城牆的東北部分轟擊，對四周城牆進行或重或輕的轟擊達兩個月之久。幾次攻城被擊退，但在八個星期的圍攻以後，清軍的頑強攻擊仍和他們最初到達時一樣。而東干人的糧草儲備則已消耗殆盡了。隨著供應的耗竭，他們的勇氣也就耗竭了，在經過一次沒有成功的突圍後，，守城將領向清軍前哨自首。11月6日守城主力由城裡出來，但人員都是武裝的，並且排列成完整的戰鬥隊形，突圍的意向很明顯，清軍立即採取行動，炮兵，騎兵，步兵馬上發起襲擊，在短時間內被消滅了，他們當中沒有被殺的首領也都被立刻"處以極形"。
阿氏軍事力量的重要一部分，東干軍隊的消滅，使1862年1863被阿氏主要是東干軍隊屠殺的駐守在新疆的清軍的血得到了抵償，中國人的威望恢復到了本世紀的最高峰。
遠離烏魯木齊與瑪納斯上千裡住在喀什噶爾王宮裡的阿氏是怎麼做的呢?他手下有幾個軍官當時就在這兩個城裡，可清軍攻前都溜之大吉了，為什麼這樣做呢，這是因為阿氏他是通過第一次東干戰爭和攻取庫車之後，就用武力制服了東干族，但他十分不放心東干的軍隊，完全採取了隔岸觀火甚至是漁翁得利的僥倖心理，其實他大錯而又特錯了，在對付清軍方面，他們是唇齒相依的關係。到11月份阿氏無所做為，這使他個人號召力受到的損害比一次戰事失利更為嚴重。它給他部下中的狂熱分子的信心潑了冷水，而且這些人才是他最能幹，最忠實的黨羽，有種種跡象表明，有不滿的並不限於新疆人民的一部分，而是遍及全體人民當中。東干戰爭一直就是不得人心的，而且是一種勞民傷財的血腥的作戰行動，與俄英兩國商貿交易，由於較大的天然障礙，也沒有給當地人民提供在他們眼中認為唯一值得獲得新的貿易的孔道。
由於人民的不滿情緒，阿氏的權力必然會受到削弱，當他稍微清楚地看到這種情緒的時候，清軍回來了，但阿氏已無力組織有效的反擊。在庫車以東的地方，如果還有人居住的話，那也不過是由於阿氏的代表的命令而被屠殺剩下的少數遺孤，這些人不會為他的野心而賣命的。喀什噶爾城的守備隊主要是由被饒命的前清軍士兵組成，要他們跟自己的同胞去戰鬥也不可能。軍隊中大多數都是東干人，然而就連他們當中也有不滿情緒。他們有一切理由懼怕落入清軍之手，那屠殺無辜的清軍的正是他們，對於這種罪行阿氏至少是沒有染手的；清軍的忿怒行動首先是指向他們的。但他們對阿氏也有他們的怨恨。他曾在戰場上打敗了他們，而且他們與其說是受他勸誘，不如說更多地是受他強迫參加了他的軍隊。他們對安集延穆斯林的仇恨只是比對漢人的仇恨略遜一籌罷了；他們也想分裂的野心都被這個阿氏這個更大的野心家給挫敗了。在1862年到1865間，他們曾冒著極大風險參加了分裂的叛亂，當他們完成任務的時候，他們發現自己所取得報酬被阿氏騙走了。所以當清軍收復失地，消滅分裂勢力時，阿氏軍隊的核心的確為數很少，但他所能依仗為他的王冠和宗教進行戰爭的人也只有這少數的核心。
1876年，當他忙於蒐集武器和儲備品的時候，他一定發現自己陷入孤立的境地了，他只有孤注一擲了，於是他把他所有軍隊，包括東干人在內，沿天山南邊集中起來，總部設在吐魯番。
守衛著穿過山脈的主要隘道的達板城堡壘，駐有九百個騎兵，配有滑膛槍和兩尊大炮---一尊後膛炮。在吐魯番和阿氏在一起的有三千騎兵和五百名步兵，有炮五尊，絕大多數是舊產品。托克遜是一個設防的地方，位於往庫爾勒去的大路上，離吐魯番近十里，駐有四千騎兵和二千步兵，有炮五尊。阿長子在這裡指揮。在庫爾勒有一千五百人不久也調往前線去了。阿氏不得不用這些分散在一個很廣泛地區的一萬七千人來抵禦清軍，清軍不但在人數上佔優勢，如結果所示，在指揮上也佔優勢。
除了阿氏在邊境上所集結的多少受過點訓練的一萬七千人以外，還有一萬東干人，這就是說，住在東部地區的東干居民，這些人是出名地不足信任，而且裝備也不好，因而總起來說他們是力量的源泉還不如說他們是軟弱的源泉更為恰當。2月底阿氏就在吐魯番了，他在托克遜和天山一帶構築工事，並給部下打氣，做最後的掙扎。
在這期間清軍也沒閒著。他們戰勝東干人後，就在靠近烏魯木齊的古城設立了司令部，為了保證他們和甘肅之間的交通，已組織了正規的信差往來，武器，後勤補給和人員源源不絕地穿過戈壁流向遠征軍。例如，在蘭州建立了一個儲存武器的大型軍械庫，曾經一次就護送走了步槍達一萬多支。當陝甘總督左宗棠為了在雪融化時即強越過天山而在天山以北進行這些準備的時候，另一個將領張曜，則為了天山以南進行牽制性的突襲以配合主攻而駐紮在哈密。清軍總數約六萬人---五萬人在古城附近，一萬人在哈密。在3月裡清軍已經把進攻阿氏的一切準備都準備好了。從古城到吐魯番並沒有直達的路，因此清軍主攻方向是從烏魯木齊攻擊阿氏已經修築有堡壘的達坂城。但是，儘管較大的一支軍隊是從天山以北活動，實際決定性打擊是由哈密出發的一支小軍隊所做出。而這支部隊的活動並沒有受到阿氏應有的注意。
4月中旬張曜將軍沒有遇到任何嚴重的抵抗就攻取了七臺和鄯善於兩個小城，後者在吐魯番以東約百里，從這裡他和他的上級，左宗棠，開始了那即將粉碎喀什噶爾抵抗的一切的協調一致的行動。位於吐魯番的阿氏，由於受到從烏魯木齊和鄯善前進的兩支隊伍的夾擊，就彷彿陷在兩片火焰當中一樣，如果被打敗的話，他的退路將完全暴露在一個有膽識的敵人面前。清軍一經發現他們的初步行動取得了成功，就下令全面進攻。清軍最初在達板城是遭到頑強抵抗的，在強取天山隘口還未成功的時候，就有消息傳到守軍耳中，說一支清軍把他們的統治者從吐魯番趕走了。於是，阿氏部下的各級官兵亂成了一團；在那疑或和失去理智的驚恐時候，阿氏的大多數士兵或者投向敵方，或者逃往喀喇沙爾。當這絕望的時刻，阿氏仍不甘心失敗，他在吐魯番城外與清軍交鋒，儘管眾寡懸殊而敗走，仍然在吐魯番以西六十里的託可遜繼續頑抗，當再次被擊敗時，又退到喀喇沙爾來抵禦清軍不可阻擋的進攻。在這幾次戰役中，阿氏損失了不下二萬人，這時他只有撤退的份了，這樣阿氏又退到庫爾勒。
阿氏在此之前早一個月曾派使者到塔什干請求俄國干涉，但俄國已斷定阿氏氣數已定，也因為俄國忙於應付歐洲事務，拒絕插手。
清軍進入托克遜以後忽然停止前進，但他們引起恐懼的名聲已經走在他們的前面，喀喇沙爾以東地方很快被居民放棄了。在這五個月的平靜期內，在喀什噶里亞發生了最重要的事情，阿氏突然死去。當清軍得知此消息時，就判定最好和策略是在揮戈西進以前，讓阿氏集團內部的分解因素髮揮其作用。
阿氏之死確實有不同的版本，最可能死於一群陰謀者手中，其實他這次不可避免的失敗就是新的動亂的信號，也是意料中的事了。當阿長子把他父親的死和他自己即位的事通知俄國時，阿氏真的死了，至於到底怎麼死的，對所有的人來說已顯得不那麼重要了。
清軍終於向前挺進了。五個月來，一直在分裂分子頭腦裡懸慮著的危險，已迫在眉睫。長期使人畏懼又叫人等待了很久的清軍，正在以不可抗拒的力量迫進他們最後的大本營；一個被嚇怕了的民族的危懼不安的心情使他們明白，他們的末日就在眼前了。而喀什噶爾的人們卻陷入了近乎黨派策略的陰謀詭計之中。而清軍正在把套索進一步收緊，要絞死這個分裂的政權，使它永世無翻身之日。
在天山以北，最高權在大帥左宗棠手裡。在天山以南，指揮官是劉錦棠和張曜，前者是圍困瑪納斯城的英雄，後者是對吐魯番和哈密作牽制戰的英雄。前者的基地是瑪納斯，後者的基地是吐魯番，清軍並不熱衷於擴大他們軍隊的規模；而是謀求提高軍隊的效率；同時，在夏季數月的署熱中，他們留在他們最近收復的土地上休息。
第一個行動是在天山以南採取，一位名叫湯仁和的准將，於1877年8月25日，率領前衛部隊，離開托克遜去佔領阿哈布拉的外圍村莊。他的部下似乎不過數百人。兩週後，9月7日，董福袢和張俊帶著1500人的部隊，全部是步兵，隨後跟來。他們推進到曲惠。部隊在這地方集中起來。
這些分遣部隊的首要任務是為主力部隊準備前進的道路，在上述地點貯存燃料和用水，並且建築防禦性工事。這部分任務完成的如此徹底，於是劉錦棠將軍，於9月27日，發佈了總進軍的命令。
步兵走大路，而騎兵在劉將軍的直接命令下，從側道向同一方向前進。10月2日，天山以南的清軍會合於曲惠。人數為15000人。9月24日，喀什阿氏部隊的一支小隊威脅了湯會和將軍的交通，但當清軍出現時，他們便轉身竄逃了，劉錦棠將軍就在他抵達曲惠的次日，又繼續向前推進，同時又委派兩名准將帶領6000兵力去執行對庫爾勒的側擊運動。劉將軍親自領導他的主力攻擊庫爾協，到達海都河，但他的前進道路在這裡被阻止，因為叛軍首領已經阻塞了這條河道，用水淹了這個地區。最深部分滅頂，最淺的部分也達到馬背。清軍於是轉向一個朝北的方向進軍，以便找到這條河的上流，在那裡就較低容易克服敵人所設轉眼的障礙。沿著這些鹼質平原，小心地修建起一道木橋。這一迂迴導致了一些耽擱，然而，10月7日，在劉將軍從曲惠動身後第四天，便到達喀剌沙爾了。
10月9日，清軍從兩側向庫爾勒進軍，就在那一天，發生了一次小規模的騎兵戰，從俘虜的供詞得知阿氏的部隊整個撒退到庫車，並帶走了所有的人和物。同一天清軍開進庫爾勒，發現這個城完全被丟棄了，因為糧草輜重沒有達到，軍隊就有因飢餓而撒退的可能，但劉將軍下令全軍搜索，凡是可能埋藏的地方，都加以挖掘，找到了"好幾萬斤糧食"，解決了暫時的口糧問題，同時他們頒佈一項公告，招當地居民返回他們的家鄉，許多人被招回去了。在這個地區清軍沒有因過分行為而有損聲譽，他們對非武裝居民的和善態度沖淡了當地百姓的敵視態度。
劉將軍聽到阿氏部下要遷散沿途的百姓，毀滅他們的莊稼。他親自出馬，要挫敗這一計劃，帶領1500名騎兵和1500輕裝步兵去保護那些無辜的地方居民，不分白日和夜晚追趕，清軍進軍的神速得到了報償，敵軍帶著大批的居民剛剛走在前邊不遠。由一千騎兵組成的後衛部隊很快趕到，而阿氏部隊因見清軍人人數少而膽壯，因而發起攻擊。然而，以優良的來福槍武裝起來的清軍步兵的沉著應戰，粉碎了他們的襲擊，後由騎兵進行餘下的戰鬥，阿部遺屍上百，12名被俘。從俘虜方面知道，約數萬百姓及2000主力軍的阿部就在不遠處，於是劉將軍發出命令，凡是發現持武器者一律殺掉，其他人則赦免。
這一仗打得很好，劉將軍這支小部隊因有優越的戰術和武器佔了優勢，阿部遭受了重大的損失，在極其混亂中潰退，劉將軍以驚人的速度和不休止的旺盛精力又連連獲勝，阿部即刻逃奔庫車，把居民放棄給清軍。不幸的居民苦苦哀求清軍的寬恕，劉將軍保證了他們的他們的安全，並要他們不必再恐懼。
這時候清軍已經從後方得到增援而大為加強，戰事到了更為艱鉅的部分，攻打庫車城。當清軍兵臨城下時，他們發現阿氏士兵和拒絕跟他們向西再後撒的市民之間正在進行一場戰鬥。但一見清軍到來，阿部便撒離城市，同時，於庫車西邊和清軍接戰。清軍立即攻擊他們，開頭沒有多少進展，而為數約四千多人的騎兵發動的襲擊也被擊退。但是清軍用大炮轟擊阿部，卻收到顯著的效果，同時，清軍的後援部隊不斷進入陣地。最後，在密集炮火的掩護下，步兵奉命衝鋒，同時，騎兵抓住最恰當的時刻發起突擊。阿部全軍潰敗，並在無可挽回的混亂中逃走，丟下1000多名士兵在戰場上。無疑地，這是整個戰爭中一場最殘酷和激烈的戰鬥。參戰各方都約一萬；贏得這場戰鬥要靠戰術和技巧，同樣也要靠蠻力和勇猛。清軍所有的軍事行動都有他們將領的非凡才幹，也表明他的士兵的服從，勇敢和忍耐力。從曲惠向喀喇迅速的推進，從那裡向佈告爾急行軍，佔領庫車，清軍對待平民的寬容，這一切對清軍官兵們，特別是劉將軍，是值得欽佩的。
清軍在庫車設立了一個司令部，並把一支龐大的軍隊作為駐防部隊留在那裡；但是他們的主要行政措施則旨在改善當地居民的處境。他們建立了一個行政部門，目的在於為居貧民提供生計手段和為整個社會利益分配谷種。這個部門也監督道路的修築和渡般，驛站的設立，用民便利商業和旅行的活動，以及加速郵件的傳遞。給所有的城市任命了行政長官和治安長官，並採取預防措施迅速地並以最實際方式實施了，這一切對穩定當地局勢以及未來走向都是有深遠影響的。
10月19日，劉將軍又繼續向前進軍，沒有遭遇嚴重的抵抗。並在一個叫著拜城的城鎮上，等待後衛部隊的到達。這支兵力10月底之前到達，接著又繼續向阿克蘇推進。
而左宗棠直接指揮下北邊軍隊的行動，絕密地在北部行動，穿過那些由特克斯河和裕勒都河形成的罕這人知的小道而入喀什噶爾；兩支軍隊是在拜城會師的。由於左宗棠這一戰略的成功，清軍才能以壓倒優勢出現在阿克蘇城下，當地守軍一看見這支軍隊，便從內心深處消失了所有抵抗念頭。阿克喀什噶爾東邊的屏障，左宗棠一出現在城前，守軍頭目就驚惶失措，丟職逃官。他後來被阿氏的長子拘捕，並被處死。清軍於是向烏什挺進，它也是不經一擊便投降了。
在12月初，清軍開始了攻打阿氏最後大本營喀什這最後一著，並於該月17日以奇襲的方式予以攻克。，繼位的阿長子伯克先撒退到葉爾城，當他聽到喀什陷落時，便從那裡逃往俄國領土。，隨著喀什的收復，清軍重新統一新疆的事業便告完成。其他城市也迅速解放，清軍再沒有碰到抵抗，剩下的只需要開展重新組織的任務就行了。當喀什被清軍攻克時，大部分阿部認為他們他們在清軍手中不能期望寬恕，他們逃亡俄國領土，並散佈關於清軍又進行屠殺的謠言，這只是他們自己想象的屠殺。毫無疑問，清軍的勝利是徹底的，在今後許多年裡，分裂勢力已沒有能力也無法讓人們在跟他們起來從事分裂活動了，清軍統一的行動也得到當地人民的擁護，沒有什麼人什麼勢力敢向清王朝的中央權威提出挑戰和有什麼異議了。
在清朝覆滅，軍閥割劇，國民黨當政期間，新疆也沒有大的動亂，因為新疆人民通過左宗棠收復新疆的壯舉，認清服從中央政府，在中華民族這個大家庭裡才能給新疆帶來無限的前途!
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