日本首相安倍於1月31日，在召開的“第三回新型冠狀病毒肺炎感染對策”本部上表示，日本將從2月1日起，禁止以下人士入境日本：
①提出赴日申請14日之前，曾在中國武漢逗留或居住過
②持有中國湖北省發行的護照，且沒有得到特別許可者
③已經感染新型冠狀病毒肺炎的患者
據專家稱，受到影響的大致是半月之前回到武漢的在日華人，另外就是中國湖北省居民赴日被禁。
另外，對於已經入境日本，但由於新型冠狀病毒肺炎不能回家鄉的湖北延長簽證。該項措施將持續到當地疫情轉好為止，並將妥善處理相關人員的在留問題。
據悉，短期簽證如無特殊原因一般不能延長，到期後必須離境。但日本入國管理局於2009年新型流感爆發時採取過延長簽證的做法。日本出入國在留管理廳稱，此次決定延長湖北遊客簽證也是針對疫情爆發而出現的特例。中國人在日短期簽證分為三種：15天，30天，90天。目前，滯留在日本的湖北人持有15天旅遊簽證，他們基本都是於湖北封城前來到日本的。
據日本媒體報道，日本目前確診新型冠狀病毒肺炎患者有15人。千葉縣一名20歲的日本人女性導遊，因為1月17-22日作為導遊，與中國的團體遊客同乘一輛大巴。
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