明英宗正統十四年（1449年）秋，由於蒙古瓦剌部侵犯大明江山，英宗採納宦官王振的建議，親自率大軍抵抗，由於組織不周且前線指揮由宦官獨斷，導致明軍在土木堡被瓦剌軍打敗，英宗被俘。這時人心惶惶，于謙挺身而出，力排眾議，堅持“社稷為重，君為輕”的思想，擁立郕王，九月即帝位，為明景泰帝。使瓦剌挾持英宗迫使大明投降計謀不成，後被于謙大敗，明朝取得了京師保衛戰的勝利。
景泰元年（1450年），瓦剌部向大明請和，並歸還英宗。八月，明王朝接回英宗，但是一朝不能有兩個皇帝，於是英宗就成了“太上皇”，由於英宗的歸來，各地政局產生了一些動盪，後都被于謙平定。
景泰八年（1457年），將軍石亨、左副都御史徐有貞等發動宮廷政變，擁立英宗重登大寶，就在當天，于謙就被傳命逮捕。于謙的罪名是迎立外藩，圖謀不軌，罪至當誅。石亨曾是于謙的部下，經于謙提拔才至將軍位，在京師保衛戰中也曾立過戰功，但是此人經常藐視大明律且多行不義，于謙曾就此參劾他，他由此對於謙恨之入骨。徐有貞在京師被圍的時候他就是力勸遷都的一派，京師保衛戰後景泰帝罷免了他的官職，為此他託于謙替自己向景泰帝求情，無奈景泰帝對他極為反感，復官不成，他就將這筆仇怨記在了于謙頭上。
英宗作為這場鬥爭的直接受害者，在飽經瓦剌被俘之苦歸朝後卻被封為“太上皇”，但當石亨等人力主要殺于謙的時候，他卻公正地說，于謙實有功，“不忍心殺害功在社稷之人”。這時力主要殺于謙的人就把當年其“社稷為重，君為輕”，不顧英宗死活的主張告訴了英宗，甚至還強調：“不殺于謙，此舉為無名！”意思是，“我們剛剛擁立你做皇帝，必須要肅清朝野，名不正則言不順，不殺于謙，有誰會承認新皇帝？”這樣英宗才痛下決心殺了于謙。
與于謙同被逮捕的王文受刑時為自己辯解，于謙卻高聲笑道：“亨等意耳，辯何益？”英宗在下令搜查于謙家的時候才發現，于謙的家裡除了打仗用的盔甲和劍器外竟再也沒有值錢的東西了。
據史料記載，于謙“死之日，陰霾四合，天下冤之”，“京郊婦孺，無不泣灑”。石亨、徐有貞等要趕盡殺絕，宦官裴某救于謙的兒子逃過奸黨的追殺，還有人不顧個人生死收斂于謙的遺骸。
成化初年，于謙的兒子于冕被赦免，他上疏為父申冤，這才得以恢復于謙的官職和賜祭。皇帝的誥文裡說：“當國家多難的時候，保衛社稷使其沒有危險，獨自堅持公道，被權臣奸臣共同嫉妒。先帝在時已經知道他的冤，而朕實在憐惜他的忠誠。”這誥文在全國各地傳頌。弘治二年（1489年），採納了給事中孫需的意見，贈給於謙特進光祿大夫、柱國、太傅，諡號肅愍，賜在墓建祠堂，題為“旌功”，由地方有關部門年節拜祭。萬曆中，改諡為忠肅。杭州、河南、山西等地都有祠堂歷代奉拜祭祀不止。其實于謙並不需要皇帝的所謂嘉獎，因為這些所謂的天子似乎並沒有評價于謙的資格，明英宗之前有過無數的皇帝，在他之後還會有很多，而於謙是獨一無二的。
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