有机质是土壤的重要组成部分，通常看作是土壤肥力的代名词，被认为是植物生长的荷尔蒙，是土壤中的万金油，是医治土壤各种问题的灵丹妙药。但土壤有机质与矿物质不一样，它们永远在变动，永远在消耗，其功效的基础就在于为土壤微生物提供了食物来源。
自然土壤一旦被开垦，其有机物质的输入量仅是很少部分的残茬及根系，大为减少。同时，耕作使土壤上下土层充分混合，频繁的干湿交替及土壤通气状况的更为活跃，进一步加剧了土壤有机质的分解与转化。由此，当自然土壤被人为转化为农田后，土壤有机质会急剧减少，应当从以下两个方面做好管理。
一、提高有机物质的输入量
施用有机肥是提高土壤有机物质的前提条件。也就是必须不断添加有机物质才能使土壤有机质，尤其是活性有机质部分保持在适当的水平。而目前农田土壤中最为缺乏的就是这种活性有机质，它们是微生物最喜欢吃的食物，而有机质功能的发挥恰恰离不开微生物对它们的利用。只有这样既能保持土壤良好性能，又能不断供给作物生长的养分。
我们可充分利用有机物料资源，如秸秆、堆肥、绿肥、粪便、饼肥、泥肥、沤肥、厩肥等。当然，施用这些有机物料时也要注意一些问题，如并非所有的秸秆都能还田，有的秸秆还田将产生严重的连作障碍问题；施用C/N比大的有机物料时应补偿无机N肥；也要注意有机物料中有害物质污染问题，如污泥等。
二、调节土壤有机质的分解速率
把一片白菜叶子丢在土壤中，它不腐烂不分解，是发挥不了什么作用的。有机物质进入土壤后必须要动起来才能发挥有机质的作用，但需要调节它们的分解速率，不能太大或太小，太大不利于有机质的积累或养分释放太猛而引起作物倒伏，太小则不利于土壤结构的维持或作物养分的吸收。
可以通过调节土壤温度、湿度、通气状况、土壤反应、施肥等因素影响土壤微生物活性，来调节土壤有机质的分解速率。具体的农艺措施可包括耕作强度（少耕、免耕）、土地利用方式（旱地或水田）、有机无机肥料配施、土壤覆盖等。当然，调节土壤有机质分解速率的物质基础还是土壤中要有合适比例的不同生物活性的有机质组分，让它们各自发挥极不相同的作用，而要保证这种物质基础就必须保证周期性的外源有机物质输入。
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