公元1644年三月十九日，李自成大軍攻破北京城，崇禎帝在煤山上吊殉國，從此以後大明帝國作為全國合法的統治地位，宣告結束。留守在南京，據有淮河以南半壁江山的大明殘餘勢力，決定擁立朱明宗室中的藩王為帝，以延續大明的國祚，
但是卻在擁立何人的問題上，引發了很大的爭議根據太祖高皇帝朱元璋，制定的‘皇明祖訓’規定，有嫡立嫡、無嫡立長，但是面對崇禎帝和其父親明光宗一脈男性子嗣的或死或失蹤的情況，所以按照‘兄終弟及’的順序，人選最終只能在明神宗的後裔中選擇。而作為目前神宗皇帝在世後裔中，年齡最大的孫子，福王朱由崧成了第一人選。但是以錢謙益為首的東林黨人則由於之前的“國本之爭”事件，對朱由崧心存芥蒂，害怕以後這位福王會秋後算賬。就違心的為自身利益考慮，以‘立賢’為名，要求擁立神宗弟弟朱翊鏐之子潞王朱常淓。而同屬東林黨陣營的南京兵部尚書史可法則主張既要立賢也要立親，他推薦神宗第七子桂王朱常瀛，就在他們鬧得不可開交的時候，福王朱由崧在太監盧九德的幫助下，獲得了高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清以及鳳陽總督馬士英的支持，成為最終勝利者。在五月初三，效仿代宗監國的事情，先在武英殿監國，然後，又玩了一遍群臣再三上奏，他又在三請辭的古老手段，最終在五月十五，正式在南京紫禁城武英殿即位，以次年為弘光元年，其國號依舊為“明”，史稱“南明”。
朱由崧面對著突如其來的皇位，一開始是讓他有種天上掉餡餅，砸到自己的感覺，但是沒多久，他就發現，其實並不簡單。支持他的四鎮軍閥，內心深處，都有著自己的小算盤。他們以朱由崧的恩人自居，擁兵自重，誰都不放到眼裡，因此在朝廷中也沒人能制約了他們。最可悲的是他們經過對朱由崧的反覆試探，發現這個大胖子，跟他的祖父一樣是個酒囊飯袋，他的身上並沒有繼承其先祖，太祖，成祖身上的文韜武略，所以對這位依靠他們取得帝王之位的天子，越來越不當回事。
而弘光帝也確實是個昏聵無能之輩，此時建立的政權，那就像坐在火爐上燒烤一樣，稍有不慎就是國破家亡。外有農民起義軍建立的大順政權和大西政權與之對峙，關外還有滿清攝政王統帥的十幾萬八旗鐵騎，虎視眈眈。內有軍閥割據，朝臣黨政，流民暴亂。但是朱由崧似乎還沒有意識到這一點。面對著艱難時局，並沒有制定出相對應的政策來應對，反而在那些無關緊要的問題上，頗為用心。
比如說在政治上，給自己的父祖以及受到不公平待遇的帝王追尊皇帝諡號，建文帝，明代宗都是他給追封的。又平反了一些殉難大臣，比如，方孝孺，左光斗等，確實也能爭取一些民心，籠絡一些人，但是在那個內憂外患，風雨飄搖的特殊時期，作用也真心不大。在朝臣安排上，不光任命原南京兵部尚書史可法為東閣大學士兼禮部尚書，入閣辦事。而且還任用權奸馬士英為東閣大學士、兵部尚書，並且在執政後期逐漸信任馬士英後，被他把持朝政。朝野大臣之間的爭鬥，越演越烈。在這個政權存在的近一年時間裡，發生的著名的南渡三案，就是圍繞著對朱由崧繼統不滿的政治背景下發生的。也把弘光朝廷搞得烏煙瘴氣
軍事上，弘光朝廷採取的策略基本就是“聯虜平寇”為主。具體就是聯合滿清，對付農民起義軍的，攘外必先安內的做法。說起這個詞，熟悉近代史的人，肯定都知道。這個政策本身沒有問題，但是在操作上，弘光朝廷的情報系統做的實在差勁，著名漢奸吳三桂都已經投降清廷，被封為平西王了，他們還認為吳三桂是借清兵打闖賊裡，並且還大為讚歎吳三桂。真不知道這幫人除了內訌，還能幹點別的不。在事關爭取人心的大問題上，比如說減免賦稅，救濟災民，興修水利等，弘光朝臣，堅決的貫徹了不作死不會死的做法。他們依然按照崇禎朝竭澤而漁的賦稅政策，財政上除了豢養軍隊以外，收入的另一部分就是供皇帝、宮廷和官僚他們，過著窮奢極侈的生活。治下的百姓生活如同水火。最可氣的是這個混蛋，在這個時候，竟下令為自己和太后修建宮殿，為籌備大婚四出購買珠寶。讓人隱約的看到，煤山上的那顆歪脖樹向他招手，這樣的人，真的能擔當起來，王朝的復興重任嗎？真是可惜了他擁有的淮河以南的遼闊管轄範圍
由於朱由崧在執政期間，沉湎於酒色。掌握朝廷實權的馬士英、阮大鋮等人也是醉生夢死，利用手中的權力鬻官肥家。阮大鋮公然以行賄作為理財妙方。使弘光朝廷剛剛建立便露出亡國之象，讓他們大失民心，文武百官只管發財，不管百姓死活。而這個政權的覆亡也只剩下時間的問題了
1645年，三月，趁弘光政權內訌之時，清廷派豫親王多鐸率領大軍大舉南下攻陷歸德、潁州等地，並且渡過淮河，兵臨揚州城下。駐兵揚州的兵部尚書史可法，急忙向朝廷求援。但是鎮將們個個擁兵自重、意圖觀望，最終揚州在被圍一天後淪陷，史可法殉國。清軍佔領揚州以後，多鐸以不聽招降為由，下令屠殺揚州百姓。製造了震驚中外的，‘揚州十日’事件。隨後清軍繼續南下攻打，一路上官員或逃亡或投降。消息傳到南京後，正在與愛妃飲酒作樂的朱由崧立刻率幾十人棄城逃走，知道朱由崧逃跑的權臣馬士英，趕緊帶領鄒太后跑路，這對滾蛋君臣把滿城可憐的百姓，置身於了清廷的屠刀之下
一路逃跑的朱由崧先到太平府，以按察院為行宮，沒多久就到蕪湖，投奔江北四鎮之一的蕪湖守將靖國公黃得功，當黃得功知道他是張皇失措，棄都而來時。內心不勝感慨，但仍然決定以死報國，對這位新君效忠到底。隨後清軍攻佔南京，尚書錢謙益等文武大臣剃髮降清，獲得大勝的清軍繼續追擊弘光帝，並在蕪湖攻殺了勇猛護國的黃得功後，面對清軍的不斷追擊，朱由崧只好硬起頭皮和清軍作戰，但是卻被總兵田雄、馬得功等人，挾持獻給了清軍。隨後被多鐸關在江寧縣署。l
1646年四月九日，攝政王多爾袞，藉故把他和杭州監國的潞王朱常淓等十七人斬殺於北京的菜市口。
朱由崧被殺的消息傳到南方後，監國魯王朱以海上諡號為赧皇帝，不久又上廟諡為質宗安皇帝。永曆帝朱由榔於永曆十一年四月改朱由崧廟號為安宗，並上諡號奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝簡皇帝 。
弘光政權的覆亡，對當時的抗清大業來說，是一次近乎毀滅性的打擊。因為失去了南京這個號令天下的地理中心位置，使此後的，南方政權四分五裂，而諸多宗室政權之間，為了正統，相互攻伐，極大的削弱了自己的勢力，讓來自關外的滿清勢力，得以各個擊破，使中興大明的希望，越來越渺小
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