原理:顯微鏡如何“看到”新型冠狀病毒

引言

17世紀列文虎克第一次看到活細胞以來,顯微成像技術就成了生物學領域的重要工具。

原理:顯微鏡如何“看到”新型冠狀病毒

橙色圓球就是這次的新冠病毒

從組織、細胞、細胞器再到胞內的蛋白,人類在科學的道路上求索依舊,對顯微技術的要求也越來愈高。

可惜,通過簡單地磨製鏡片製作出的光學顯微鏡已經不能滿足需求,科學家們“看到”新型冠狀病毒(後文稱COVID-19)的工具也不是光學顯微鏡。

本文將先說明光學顯微鏡的困局,再介紹兩種能看到COVID-19的顯微鏡。

光學顯微鏡

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黃色的是光路

從光源出來的光“攜帶”樣品信息通過透鏡和小孔,光在這些地方會發生衍射

比如經過小孔時,一束平行光應被視為一列密集的點光源(下圖單縫處),點光源發出的球面波相互疊加後會出現明暗交替的同心圓環(艾裡斑,下圖右上)。

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這個過程類似水波經過狹小的縫隙,體現了光的波動性。

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水波的雙縫衍射

如果我們想在顯微鏡下認出COVID-19,一束光不夠。至少我們要看到病毒和周圍環境的界面。

假如COVID-19和旁邊的環境分別發出一束光,經過顯微鏡光路衍射後會形成兩個艾裡斑,如果它們離太近,那麼就無法分辨病毒和環境的差異。

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原則上,對於包括光學顯微鏡的任何顯微鏡,COVID-19和環境的距離小到一定程度後就無法分辨。這個距離可以用阿貝公式進行數字化說明:

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想讓顯微鏡能辨識更近的兩點,就要縮小Δx。

考慮到照明光波長(λ)要處於人眼可辨範圍(400-760nm),所以要讓Δx最大,λ最小是400nm左右。

n是光路上介質的折射率,一般情況下空氣n=1。另外,α是入射光角度,理想是90°,這個對於任何顯微鏡都一樣,雖然永遠也達不到這個理想情況。帶進阿貝公式計算出,Δx最大值約為200nm。

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考慮到病毒直徑在100nm左右,200nm的分辨率是肯定看不清的。

阿貝公式告訴我們,想減小Δx(增大分辨率),有兩條路,一是把病毒到透鏡間的介質折射率n減小,二是把光的波長減小。

最容易實現的就是把n減小,有一種顯微技術叫“油浸物鏡”。用折射率更大的油來作為傳光介質,可以把n提高到1.4左右,所以,普通光學顯微鏡和油浸物鏡的配合能把分辨率提到約150nm。

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這個分辨率還是遠遠不夠,即便分辨率達到100nm,只能說勉強可以判斷病毒兩端的點,具體想看清病毒到底長啥樣,分辨率不到5nm估計是想都不要想。

所以,要走不同於減小折射率的另一條路:用更短波長的“光源”。

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考慮到普通光學顯微鏡用的是光子,自然會想到能不能用短波長的光子來代替可見光,然後用傳感器收集光信號代替人眼觀察。

X射線波長夠小,比如Cu-Kα射線可以達到0.15個nm,直接把可見光的400nm降了三個數量級,分辨率自然大幅提升。不過,這太理想化。

實際上,X射線的光源強度往往不夠大,傳感器根本測不到足夠數據,而且X射線的光子難以聚焦,精密分析是天方夜譚。

有意思的是,從1895年倫琴用X射線拍攝各種物件開始,科學家就在絞盡腦汁想著用X射線當光源搭顯微鏡。

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左:倫琴妻子的手,右:倫琴

但是,直到它的競爭對手(本文主人公,拍COVID-19病毒的)拿了諾貝爾獎,X射線顯微鏡才算真正被做出來。這還得益於同步輻射光源、高性能檢測器和Fresnel波帶片的運用。

大活人還能讓個尿給憋死了?X射線這條路走不通,當時的科學家乾脆放棄用光子當“光源”!

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電子顯微鏡

既然要短波長“光源”,那麼不如用電子。短波電子很容易獲得,只需要給足夠大的加速電壓就行,動能上去後,根據德布羅意關係,波長就短了。

它們的波長甚至能達到0.1nm級別,電子顯微鏡的分辨率也可以達到幾個nm,這下有足夠分辨率觀察病毒了。

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電子槍原理

相比匯聚光子,匯聚電子更輕鬆。類比光學的玻璃透鏡,電子顯微鏡用的“透鏡”是電磁透鏡,原理也很簡單,運動的電子會被磁場控制,磁場用通電線圈創造,大小和方向都可控。

另外,考慮到電子的粒子性強,需要在整個“光路”上保持真空環境,不然電子束流不集中。這點也比較容易實現。具體可見

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最後,這些電子和樣品相互作用後會攜帶樣品信息,用傳感器採集放大信號,分析後就可以得出樣品的模樣。剛才那副打著問號的圖其實就是一臺電鏡。

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短波長的電子錶現出明顯的粒子性,電子槍發出的電子經電磁透鏡匯聚後打到樣品上,這些電子和樣品作用後有兩條路:一是“原路返回”,二是“蠻橫穿過”。兩種原理分別對應著兩種電鏡。

掃描電子顯微鏡(SEM)

“原路返回”的電子主要有兩種:背散射線子和二次電子。採集放大並分析這兩種電子的信號,就是SEM的成像原理。

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背散射電子是指被固體樣品原子反射回來的一部分入射電子,對樣品的成分敏感,比如元素的種類。

次電子是指被入射電子轟擊出來的核外電子,對樣品表面形貌敏感,比如病毒和環境間的差異。

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這張圖是最近發佈的關於COVID-19的SEM照片,主要依靠的應該是二次電子信號,可以清晰看出病毒在背景上呼之欲出,很有立體感。

值得一提的是,這張SEM圖是被修圖後的。

據我所知,目前沒有任何一種電子顯微鏡能夠單獨拍出彩色的圖,因為傳感器檢測的主要是電子強度(數量)的信號,這就意味著只能在白和黑之間取個灰,不可能在白和黑之間取個紅黃藍綠。下圖這種才是真實的SEM圖像。

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還是黑白的看著順眼嗷

透射電子顯微鏡(TEM)

除了“原路返回”的電子,還有直接透過樣品的透射電子。

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考慮到有病毒的地方和沒病毒的地方物質組成不一樣,對入射電子的散射能力也各異。

比如重元素的原子核對電子散射能力強,透射電子過不去,圖像偏暗。同樣的元素,樣品越“濃”,透射電子也不易穿過。這會形成

質厚襯度

採集分析透射電子強度信號,就能實現成像。運用這種原理的電鏡是TEM。

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這個也是PS後的


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冠狀病毒看起來還是很可愛的

可以看出,相比採集二次電子的SEM,TEM的圖像不具有立體感,這主要是因為後者採集的是透射電子,樣品沿厚度方向被一視同仁。

無論10nm厚度處還是20nm,只要一個地方有足夠多、足夠重的原子把電子“遮住”,那這個區域在最終呈現的圖像上就是暗的,比如病毒的蛋白質外殼。

當然也有部分原因是要想讓透射電子夠多,採集到足夠的信號成像,樣品太厚的話一團黑,所以必須把樣品減薄到100nm以下,立體感在這個厚度下難以維繫。

說到制樣,不得不說SEM和TEM的制樣是一門大學問,並不是提取病毒後馬上就能拍攝的。

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比如會用到等離子體,給生物樣品鍍金膜

其中的部分操作和做分子料理很像,比如都會用到液氮、真空環境啥的,下篇文章簡單聊聊,感興趣的歡迎點個關注。

結語

"It is very easy to answer many fundamental biological questions; you just look at the thing!" —— 1965年諾貝爾物理學獎得主Richard Feynman

恐懼來源於未知,沒什麼比看到敵人更安心。從目力辨識,光學顯微鏡到能直接看到COVID-19的SEM和TEM,人類的歷史是求索並創造的史詩。

對於病毒,我們已經有比前人更強大的武器,應該有充足的信心,平和而堅定地直面它們。


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