《云海玉弓缘》讲述了金世遗（林峰）离开蛇岛来到中原先后遇到厉胜男（叶璇）和谷之华（李彩桦）并且相爱，联手除去武林败类孟神通和西门牧野的江湖武侠故事。
在一个中原人称蛇岛的荒岛上，绝世高手独龙尊者突然因练功而走火入魔，临死前吩咐其抚养孤儿金世遗（林峯饰）带同一信函回中土务必交给邙山派掌门吕四娘（白茵饰），金世遗于是黯然神伤离开蛇岛，自金世遗踏入中土起，便是他命运转变的开始…
金世遗首次踏足中原，遇上的都是好心人，所以对独龙指中原人心险恶存疑。他插手干涉一女子厉胜男与仇家的打斗，却为救她而中毒针，胜男替他疗伤，不料世遗竟无事醒来，令胜男很生气。实际上胜男是西门野派出杀手，为的是暗中挑拨门派纷争。
正当少林和丐帮两派大打出手之际，入世未深之世遗却无意中大显身手，令奉吕四娘之命前往化解纷争之邙山派弟子谷之华惺惺相惜，而江南（陈国邦饰）也自此非要跟随金世遗学武不可，更令李沁梅（罗敏庄饰）视他为白马王子，而厉胜男却因为被他破坏大计而对其恨之入骨。
金世遗因长居蛇岛，纯真善良不懂男女有别，这令谷之华啼笑皆非，不过也让她对金世遗有更深刻认识，二人不知不觉间互生情愫……
厉胜男一心要向金世遗进行报复，于是设法跟金世遗混熟，颠倒是非黑白骗其对付正派人士，令金世遗惹祸却懵然不知，但厉胜男反因此被金世遗之纯真可爱胸无城府，不知不觉间对他孕育出一丝微妙感情来……。胜男怀疑之华的身分，使计令她出丑于世遗眼前。之华因被世遗见其出浴模样，羞愧难当，留书赶回邙山。
金世遗赶到邙山，四娘知道自己大限将至，耗尽内力救世遗，亦在所不惜，之华见四娘吐血，伤心，四娘临终将玄女铁剑及掌门之位传予之华，并嘱咐她继续修练少阳神功心法。四娘圆寂，锦儿认定这是独龙害死四娘的阴谋，再见之华手持玄女铁剑，即指她私通世遗，谋害四娘夺位，仲牟指出四娘确为耗尽真气而亡，着锦儿冷静面对，与晓风等劝她先行替四娘治丧。
谷之华与金世遗百辞莫辩伤心离开，金世遗不住安慰，二人感情大进，决一起闯荡江湖。谷之华虽然离开邙山却担心邙山安危，悄悄返回邙山，遭胜男所阻，世遗决误会她被胜男欺负。心梅知道之华怀疑胜男偷走心法，就使计往胜男房搜寻心法，惊动众人，世遗相信胜男，心梅不忿拂袖而去。之华为此向胜男道歉，胜男却不接受。
十五年前，胜男一家惨遭灭门，金世遗安慰胜男并发现半张藏宝图，他觉得这就是厉家被灭门的关键。胜男担心终有一天被世遗发现自己的真正身分，试探世遗能否接受及原谅自己，世遗答允只要明白她的苦衷，决不怪责她，胜男高兴不已。
而金世遗在救谷之华的过程中，两个人感情升温，这令胜男十分难过。胜男刻意令之华误会自己与世遗亲密，之华难受。谷之华原来是神通的女儿，她的身世被揭穿，可金世遗仍对她维护不已。这更让胜男意难平。之华出走，胜男以找她的理由骗金世遗出海。
胜男用计策撇下之华和金世遗单独出海，在岛上遇到胜男的叔婆，胜男为保世遗性命，讹称他是其未婚夫，阿英逼着二人当晚成亲，世遗吃惊。世遗无奈与胜男拜堂成亲，世遗强调一切只是做戏，气坏胜男。胜男得到北冥神功，却被随之赶来的孟神通用之华的性命威胁，胜男指出之华是其女儿，神通半信半疑。世遗交出半部秘籍，胜男难过。世遗走火入魔，狂性大发，众愕然。
为救金世遗胜男不断输真气给世遗，终令他苏醒过来。被孟神通带走的之华却在醒后失去了记忆。 世遗担心之华安危，做木伐准备离开海岛，胜男不悦，更指出木伐不能抵挡海上强风。世遗冷静下来亦明白胜男话中有理，决定暂居海岛。胜男与世遗于海岛上相处三个月后，感情渐浓。
世遗为胜男庆祝生辰，却无意中发现她偷偷藏起之华所赠的香囊，大表不满，胜男难过。翌日，胜男带世遗到北冥当年所预备的小艇，并决定与他回中原，好让世遗于二女之间作出抉择。
之华发现孟神通是不会为了自己放下屠刀的，金世遗及时将险遭赤符污辱的之华救出。世遗对众人说出与胜男于海岛上的经历，胜男刻意在众人面前说出已跟世遗拜堂成亲，之华闻言神伤。世遗欲向之华解释拜堂一事，之华不理。
孟神通终于死去，此时，牧野出现说出与胜男关系，世遗感受骗，怒掴胜男，胜男驳斥后痛心离去。 之华拜祭神通后，为胜男向世遗说好话，世遗却恼一直被其蒙骗，不肯接受。牧野练成北冥神功，欲称霸武林，命胜男杀世遗以除后患，胜男乘机要求事成后要回复自由。
胜男送上神通首级恭贺之华荣升邙山派掌门，之华晕倒，却原来中了胜男所下的毒。 世遗找胜男求解药，胜男即要胁要与他成亲，世遗为救之华无奈答允。
世遗跟胜男拜堂后，问她取解药，才知胜男根本没有加害之华之意，并惊悉她练成北冥神功最后一章的「天魔解体大法」来对付牧野。胜男达成心愿与世遗合卺交杯后，祝福他与之华白头到老，便死于他怀中。世遗因胜男之死，终日茶饭不思，经之华开解后，世遗决为胜男做最后一件事情。他带着胜男的尸体出海,给她一个属于两个人的家……
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