1891年對國父孫中山先生來說是一個幸運的年份，這一年的十月份，他唯一的兒子孫科誕生，孫科也是孫中山的第一個孩子，同時也是孫中山唯一的兒子。之後孫中山先生又陸續生了幾個孩子，不過全部都是千金。
因為是唯一的兒子，所以孫中山先生對孫科的管教甚為嚴格。孫中山先生常年幹革命，相對來說對子女的管教較少，但是即使這樣他也不忘督促孫科讀書。孫科在孫中山先生的教導下形成了良好的讀書習慣，他時刻以“讀正義書養浩然正氣”，孫科也成為了當時國民政府“行政院”為數不多的喜歡讀書的人。
孫科小時候即被孫中山送到美國讀書，他在美國接受了系統的教育，成年後孫科回到國內，跟隨孫中山先生一起幹革命。他雖然是孫中山先生的兒子，但是卻從來沒有受過特殊對待，相反，孫中山先生更鼓勵孫科從基層幹起，一步一個腳印。
關於孫中山對孫科的嚴厲教誨還有一個流傳甚廣的故事。孫中山成立廣州國民革命政府後於1921年任命孫科為廣州市市長，當時國民革命政府的根據地就是廣州，這個廣州市市長的職位可以說位高權重。
1923年，孫科在市長任上因為籌集軍餉不力被孫中山責罵，當時的孫科以為是國民黨元老胡漢民從中挑撥他與孫中山先生的父子關係，因此就舉起自己的手杖打了胡漢民。這件事被孫中山獲悉，孫中山又驚又怒，認為自己教子無方，一把從衛士手中搶過了衛士的手槍，當場就要槍斃孫科。
好在有人及時攔下了孫中山，避免了慘劇發生。從這件事我們也可以看出孫中山對孫科的教導是很嚴厲的。哪怕孫科是孫中山的兒子，只要他犯錯，孫中山也一樣會對他嚴厲懲罰。
1925年，孫中山去世。孫中山去世後，孫科與汪精衛在廣州成立國民革命政府，對抗蔣介石的南京國民革命政府。不過廣州政府很快就因為經費問題倒閉，之後孫科成為南京國民政府的“行政院長”，但是因為廣州政府的問題，孫科與蔣介石一直面和心不和。
1949年，蔣介石下野時除了桂系軍閥李宗仁的逼迫之外，還有另一個原因就是孫科的參與，當時孫科支持和平談判，在國民黨內部成為了與蔣介石、李宗仁三足鼎立的另一支力量，不過孫科的政治經驗畢竟少，很快就被迫辭職。
也因為這件事，蔣介石在敗退臺灣後孫科並沒有第一時間跟隨蔣介石到臺灣，他先是到了美國，在美國居住了一段時間。孫科身上有個優點，這個優點是繼承了他父親孫中山的，那就是不蓄私財。這導致孫科沒有任何積蓄，他在美國過著清貧的日子。1965年，在蔣介石的同意下，孫科前往臺灣居住。
孫科到臺灣後生活有所改觀，這是因為蔣介石讓孫科出任了臺灣的“考試院院長”，孫科到臺灣後主要從事教育事業，在擔任“考試院院長”後繼續擔任了東吳大學的董事長。
不過晚年的孫科身體一直不好，最終於1973年因心臟病去世，享年82歲。
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