公元 13 世紀初，蒙古人先後滅掉北方的西夏和金國，開始了與南宋的對峙局面。蒙軍認為，要滅南宋，首先必須征服西南各族，然後由西南出兵，與自北方南下的蒙古軍兩面夾擊南宋。1255 年，蒙軍攻陷大理，平定了雲南全境。但是，要進攻南宋的心腹地區，就得假道安南。於是，奪取安南就成為蒙軍軍事行動的頭等目標。1257 年，忽必烈命大元帥兀良哈臺準備繞道安南夾擊南宋。兀良哈臺“先遣使二人往諭之”，結果陳朝扣留了蒙古的這兩個使節並將其入獄。蒙軍見二使節未能返回，一怒之下率 3 萬軍，從雲南出兵安南，先後擊敗了安南的水軍和陸軍，於 1258 年初攻下了陳朝京城升龍（今河內），安南國王倉皇逃跑到海島上。蒙軍從監獄中救出兩使節，見其中一人已死，於是大怒，屠其城。蒙軍在升龍停留僅九天後便班師撤回雲南。蒙元第一次徵安南結束。
元朝征討占城借道安南 忽必烈在建立元朝滅南宋統一中國後，加強中央集權，建立行省制度，同時繼續擴張版圖，對外發動戰爭。為控制安南，元朝於 1267 年要求安南履行“六事”。所謂“六事”指：第一，君長親朝；第二，子弟入質；第三，編民數；第四，出軍役；第五，輸納稅賦；第六，仍達魯花赤統治之。安南陳朝不願接受，於 1275 年遣使入貢，乞免“六事”。這導致元朝極為不滿。此外，元朝於 1282 年遠征位於安南南部的占城。占城王曾在戰敗後臣服元朝，但隨後又表示不服。元朝派使節馬八兒赴占城交涉，但被占城王扣留。元世祖震怒，於 1285 年以占城“既臣復叛”為名，先派唆都從水路攻伐占城，又派脫歡經安南從陸路進攻佔城，並要求安南國主“運糧勞軍”。安南當然不從，並派明王陳光啟、興道王陳國峻率軍迎戰。如此，元朝在征討占城期間，不但沒有得到安南的援助，反而遭到安南的阻擊，促成了安南和占城這兩個宿敵的短暫聯合。元軍徵安南初期進展順利，很快直搗安南京城升龍。但至 1285 年 5 月，天氣炎熱，疾疫流行，再加上陳朝軍隊的頑強抵抗，元軍大將唆都、李恆等戰死。6 月，元軍撤回中國境內。
元世祖不甘心在安南的失敗，經過一年多的休整，並取消遠征日本的計劃，於 1287 年再次命脫歡率軍集中力量征討安南。與上次一樣，元軍進軍初期節節勝利，於當年 12 月佔領了安南京城升龍，安南國王再次棄城逃走。但元軍的糧船在向安南進發時，遭到安南軍隊的伏擊，全軍覆沒。如此，元軍事先準備好徵安南的所需糧草無法輸送到安南，元軍糧道被斷。等到春盡夏來，天氣炎熱，脫歡計劃經白藤江撤退時，遇到惡劣天氣，又遭到安南陳國峻的伏擊，“元人溺死，不可勝數，江水為之盡赤”,受到重創敗逃回國。儘管陳朝屢次獲勝，但仍懼怕元軍再來，於是於 1288 年，陳朝派使臣到中國進貢，元朝便與陳朝恢復了正常關係。
元世祖屢次進攻安南都沒達到目的，正在他準備第四次出兵安南時，突然去世。元成宗即位後，考慮到元朝多年對外戰爭，現亟需休養生息，傾力搞建設，且安南多次上表入貢表示臣服，願為藩國，南疆已趨於穩定，於是從此改變了對陳朝的敵對政策，罷徵安南。但從此陳朝則多次寇邊，侵略中國邊界領土。1313 年（元仁宗皇慶二年）正月，交趾軍犯鎮安州雲洞（今廣西德保）；1313 年 4 月，陳朝陳英宗之子親領兵攻廣西養利州（今廣西大新）。1316 年，元政府派人前往安南視察陳朝“侵地界事”。1320 年 11 月，交趾邊官儂志德率兵寇廣西邊鎮。1326 年，安南軍寇思明路（今廣西寧明）。1330 年，北越廣源邊官寇龍州羅回洞（今廣西龍州）。此外，陳朝還包庇中國境內的民族分裂分子。如：1292年，左邊土豪黃勝許（黃聖許）反叛元朝，佔據忠州（今廣西上思西北），並向交趾借兵，聲言將攻取邕州。元朝派兵征討給黃勝許毀滅性打擊。1296 年 6 月，無法在元朝立足的黃勝許接受安南朝招降，“遁入安南”。黃勝許得到陳朝的庇護，還娶陳朝大將陳國峻之女為妻，在安南糾結萬餘人繼續同元軍作戰。1314 年，黃勝許又率陳朝所賜軍隊北上攻陷忠州。1319 年，黃勝許又領兵進犯中國邊地能村、戈村，劫殺歸龍團、皮零洞（今廣西南寧附近）。1323 年，黃勝之婿再攻邕州。在陳朝的庇護下，黃勝許成為擾亂中國南疆的大害。
元朝建立初期，實行極具擴張性的對外政策，先後征討朝鮮、日本、安南和占城。元軍第一次徵安南，儘管是出於其戰略考慮，繞道安南北上攻滅南宋，其目的不是為了佔領，但元軍隨便進入與自己沒有什麼關係的王國境內，似乎有些不妥。元軍撤走後，陳朝向宋朝求援。但此時的南宋已是自身難保，無暇多顧。陳朝也意識到南宋的時日已不多，於是在與南宋保持友好關係的同時，也與蒙元建立關係。1258 年，陳朝“遣使通好於宋。遣黎輔陳、周博覽如元。時元使來索歲幣，增其職貢，紛紜不定。帝命輔陳往，以博覽副之，卒定三年一貢為常例。”
這是陳朝首次遣使向蒙元進貢。 其後，元朝借道安南征討占城並要求提供糧草資助，安南不從，便決定趁機先掃平安南，引發了第二次對安南用兵。這明顯帶有大國欺壓小國的意味。此舉還使安南和占城兩個連年相互攻伐的國家聯合起來一致對抗元軍的進攻。第三次出兵安南是第二次用兵未果的繼續，也是對安南頑強抵抗的報復。因此，元朝後兩次對安南的作戰，更讓人感覺到元軍不可一世的征服欲，不得不承認元朝三次徵安南都帶有侵略的性質。但是，隨著元世祖的謝世，元朝建立之初大規模開疆拓土的戰爭時期結束，元朝很快走進了衰退期。面對陳朝對南疆的屢次襲擾，元朝最多隻能派幾個使臣前往抗議，沒能發動軍事行動予以還擊。
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